Produk

Penjujukan Genom Tumbuhan/Haiwan De Novo

De Novopenjujukan merujuk kepada pembinaan genom keseluruhan spesies menggunakan teknologi penjujukan, contohnya PacBio, Nanopore, NGS, dsb., tanpa genom rujukan.Peningkatan yang luar biasa dalam panjang bacaan teknologi penjujukan generasi ketiga telah membawa peluang baharu dalam memasang genom kompleks, seperti yang mempunyai heterozigositi tinggi, nisbah kawasan berulang yang tinggi, poliploid, dsb. Dengan panjang bacaan pada tahap berpuluh-puluh kilobase, bacaan penjujukan ini membolehkan menyelesaikan elemen berulang, kawasan dengan kandungan GC abnormal dan kawasan lain yang sangat kompleks.

Platform： PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Platform Illumina NovaSeq

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Keputusan Demo

Kajian kes

Kelebihan Perkhidmatan

1Pembangunan-penjujukan-dan-bioinformatik-dalam-de-novo-genom-himpunan

Pembangunan platform penjujukan dan bioinformatik dalamde novoperhimpunan genom

(Amarasinghe SL et al.,Biologi Genom, 2020)

● Membina genom baru dan menambah baik genom rujukan sedia ada untuk spesies yang diminati.

● Ketepatan, kesinambungan dan kesempurnaan yang lebih tinggi dalam pemasangan

● Membina sumber asas untuk penyelidikan dalam polimorfisme jujukan, QTL, penyuntingan gen, pembiakan, dsb.

● Dilengkapi dengan spektrum penuh platform penjujukan generasi ketiga: penyelesaian pemasangan genom sehenti

● Strategi penjujukan dan pemasangan yang fleksibel memenuhi genom yang pelbagai dengan ciri yang berbeza

● Pasukan bioinformatika berkemahiran tinggi dengan pengalaman hebat dalam pemasangan genom kompleks, termasuk poliploid, genom gergasi, dsb.

● Lebih 100 kes berjaya dengan faktor impak terbitan terkumpul melebihi 900

● Masa pusingan sepantas 3 bulan untuk pemasangan genom peringkat kromosom.

● Sokongan teknikal padu dengan satu siri paten dan hak cipta perisian dalam kedua-dua bahagian percubaan dan bioinformatik.

Spesifikasi Perkhidmatan

Kandungan

Platform

Panjang Baca

Liputan

Tinjauan Genom

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 50X

Penjujukan Genom

PacBio Revio

Bacaan HiFi 15 kb

≥ 30X

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥100X

Aliran kerja

Keperluan Sampel dan Penghantaran

Keperluan Sampel:

Spesies	Tisu	Untuk PacBio	Untuk Nanopore
Haiwan	Organ viseral (hati, limpa, dll.)	≥ 1.0 g	≥ 3.5 g
	otot	≥ 1.5 g	≥ 5.0 g
	Darah mamalia	≥ 1.5 mL	≥ 5.0 mL
	Darah ikan atau burung	≥ 0.2 mL	≥ 0.5 mL
Tumbuhan	Daun segar	≥ 1.5 g	≥ 5.0 g
	Kelopak atau batang	≥ 3.5 g	≥ 10.0 g
	Akar atau biji	≥ 7.0 g	≥ 20.0 g
sel	Kultur sel	≥ 3×10⁷	≥ 1×10⁸

Penghantaran Sampel yang Disyorkan

Bekas: 2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Untuk kebanyakan sampel, kami mengesyorkan agar tidak disimpan dalam etanol.
Pelabelan sampel: Sampel perlu dilabel dengan jelas dan sama dengan borang maklumat sampel yang diserahkan.
Penghantaran: Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg terlebih dahulu dan dikebumikan dalam ais kering.

Aliran Kerja Perkhidmatan

Reka bentuk eksperimen

Contoh penghantaran

Pengekstrakan DNA

Pembinaan perpustakaan

Urutan

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: Penjujukan Exome Seluruh Manusia

Seterusnya: Perhimpunan Genom berasaskan Hi-C

*Hasil demo yang ditunjukkan di sini semuanya daripada genom yang diterbitkan dengan Biomarker Technologies

1.Circos pada pemasangan genom peringkat kromosomG. rotundifoliumoleh platform penjujukan Nanopore

3Circos-on-genomic-ciri-of-kapas-genom

Wang M et al.,Biologi Molekul dan Evolusi, 2021

2. Statistik pemasangan dan anotasi genom rai Weining

4Statistik-pemasangan-dan-anotasi-genom

Li G et al.,Genetik Alam Semula Jadi, 2021

3. Ramalan gen bagiSechium edulegenom, diperoleh daripada tiga kaedah ramalan:De novoramalan, ramalan berasaskan homologi dan ramalan berasaskan data RNA-Seq

5Ramalan gen

Fu A et al.,Penyelidikan Hortikultur, 2021

4. Pengenalpastian ulangan terminal panjang yang utuh dalam tiga genom kapas

6Pengenalpastian-elemen-berulang-ulang

Wang M et al.,Biologi Molekul dan Evolusi, 2021

5. Peta haba Hi-C bagiC. acuminatagenom menunjukkan interaksi semua-oleh-semua genom.Keamatan interaksi Hi-C adalah berkadar dengan jarak linear antara contigs.Garis lurus yang bersih pada peta haba ini menunjukkan penambat contigs yang sangat tepat pada kromosom.(Nisbah berlabuh Contig: 96.03%)

7Peta-panas-Hi-C-pada-penjujukan-dipasang-berlabuh

kang M et al.,Komunikasi Alam Semula Jadi,2021

Kes BMK

Pemasangan genom berkualiti tinggi menyerlahkan ciri genomik rai dan gen penting dari segi agronomik

Diterbitkan: Genetik Alam Semula Jadi, 2021

Strategi urutan:

Pemasangan genom: Mod PacBio CLR dengan perpustakaan 20 kb (497 Gb, lebih kurang 63×)
Pembetulan jujukan: NGS dengan pustaka DNA 270 bp (430 Gb, lebih kurang 54×) pada platform Illumina
Penambat Contigs: Perpustakaan Hi-C(560 Gb, lebih kurang 71×) pada platform Illumina
Peta optik: (779.55 Gb, lebih kurang 99×) pada Bionano Irys

Keputusan utama

1. Himpunan genom rai Weining telah diterbitkan dengan jumlah saiz genom 7.74 Gb(98.74% anggaran saiz genom mengikut sitometri aliran).Perancah N50 pemasangan ini mencapai 1.04 Gb.93.67% contigs berjaya berlabuh pada 7 pseudo-kromosom.Perhimpunan ini dinilai oleh peta pautan, LAI dan BUSCO, yang menghasilkan markah tinggi dalam semua penilaian.

2. Kajian lanjut mengenai genomik perbandingan, peta kaitan genetik, kajian transkriptomi telah dilakukan berdasarkan genom ini.Satu siri ciri genom berkaitan ciri telah didedahkan termasuk pertindihan gen seluruh genom dan kesannya terhadap gen biosintesis kanji;organisasi fizikal lokus prolamin kompleks, ciri ekspresi gen yang mendasari sifat tajuk awal dan kawasan kromosom dan lokus yang berkaitan dengan domestikasi dalam rai.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Gambar rajah Circos mengenai ciri genom genom rai Weining

PB-penuh-panjang-RNA-alternatif-splicing

Analisis sintetik evolusi dan kromosom genom rai

Rujukan

Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Pemasangan genom berkualiti tinggi menyerlahkan ciri genomik rai dan gen penting dari segi agronomik.Nat Genet 53,574–584 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z