Penjujukan mRNA berasaskan bukan Rujukan-Illumina

Penjujukan mRNA mengguna pakai teknik penjujukan generasi akan datang (NGS) untuk menangkap RNA(mRNA) utusan Eukariota pada tempoh tertentu yang diaktifkan oleh beberapa fungsi khas.Transkrip terpanjang yang disambungkan dipanggil 'Unigene' dan digunakan sebagai urutan rujukan untuk analisis seterusnya, yang merupakan cara yang berkesan untuk mengkaji mekanisme molekul dan rangkaian pengawalseliaan spesies tanpa rujukan.

Selepas pemasangan data transkrip dan anotasi fungsi unigene

(1)Analisis SSR, ramalan CDS dan struktur gen akan dibentuk terlebih dahulu.

(2) Kuantifikasi ekspresi unigen dalam setiap sampel akan dilakukan.

(3) Unigen yang dinyatakan secara berbeza antara sampel (atau kumpulan) akan ditemui berdasarkan ekspresi unigen

(4) Pengelompokan, anotasi berfungsi dan analisis pengayaan bagi unigen yang dinyatakan secara berbeza akan dilakukan

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Bioinformatik

Keputusan Demo

Kajian kes

ciri-ciri

● Bebas daripada sebarang genom rujukan,

● Data boleh digunakan untuk menganalisis struktur dan ekspresi transkrip

● Kenal pasti tapak keratan berubah-ubah

Kelebihan Perkhidmatan

● Penyampaian hasil berasaskan BMKCloud: Keputusan dihantar sebagai fail data dan laporan interaktif melalui platform BMKCloud, yang membolehkan pembacaan mesra pengguna bagi output analisis kompleks dan perlombongan data tersuai berdasarkan analisis bioinformatik standard.

● Perkhidmatan selepas jualan: Perkhidmatan selepas jualan sah selama 3 bulan selepas projek siap, termasuk projek susulan, penyelesaian masalah, keputusan Soal Jawab, dsb.

Keperluan Sampel dan Penghantaran

Keperluan Sampel:

Nukleotida:

Conc.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kesucian

Integriti

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel.

Untuk tumbuhan: RIN≥6.5;

Untuk haiwan: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

terhad atau tiada ketinggian garis dasar

Tisu: Berat (kering): ≥1 g
*Untuk tisu yang lebih kecil daripada 5 mg, kami mengesyorkan untuk menghantar sampel tisu beku kilat (dalam nitrogen cecair).

Penggantungan sel: Kiraan sel = 3×10⁷
*Kami mengesyorkan untuk menghantar lisat sel beku.Sekiranya bilangan sel itu lebih kecil daripada 5×10⁵, kilat beku dalam nitrogen cecair adalah disyorkan.

Sampel darah:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol dan 2mL darah(TRIzol:Blood=3:1)

Penghantaran Sampel yang Disyorkan

Bekas:
2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Pelabelan sampel: Kumpulan+replikasi cth A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Penghantaran:
1.Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.
2.Tiub RNAstable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA(cth RNAstable®) dan dihantar dalam suhu bilik.

Aliran Kerja Perkhidmatan

Reka bentuk eksperimen

Contoh penghantaran

Pengekstrakan RNA

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: Penjujukan bukan pengekodan panjang-Illumina

Seterusnya: Penjujukan mRNA Eukariotik-Illumina

Bioinformatik

1.mRNA(denovo) Prinsip Perhimpunan

Oleh Trinity, bacaan dipecahkan kepada kepingan yang lebih kecil, dikenali sebagai K-mer.K-mers ini kemudiannya digunakan sebagai benih untuk dilanjutkan ke contigs dan kemudian komponen berdasarkan pertindihan contig.Akhirnya, De Bruijn digunakan di sini untuk mengenali transkrip dalam komponen.

mRNA-(De-novo)-Tinjauan-Triniti

mRNA (De novo) Gambaran Keseluruhan Trinity

2.mRNA (De novo) Taburan Tahap Ekspresi Gen

RNA-Seq mampu mencapai anggaran ekspresi gen yang sangat sensitif.Biasanya, julat transkrip ekspresi FPKM yang boleh dikesan adalah antara 10^-2 hingga 10^6

mRNA-(De-novo)-Taburan-ketumpatan-FPKM-dalam-setiap-sampel

mRNA (De novo) Taburan ketumpatan FPKM dalam setiap sampel

3.mRNA (De novo) Analisis Pengayaan GO DEG

Pangkalan data GO (Gene Ontology) ialah sistem anotasi biologi berstruktur yang mengandungi perbendaharaan kata standard fungsi gen dan produk gen.Ia mengandungi pelbagai peringkat, di mana semakin rendah tahapnya, semakin spesifik fungsinya.

mRNA-(De-novo)-GO-klasifikasi-DEGs-di-peringkat kedua

mRNA (De novo) GO klasifikasi DEG pada tahap kedua

Kes BMK

Analisis Transkriptom Metabolisme Sukrosa semasa Pembengkakan Mentol dan Perkembangan dalam Bawang (Allium cepa L.)

Diterbitkan: sempadan dalam sains tumbuhan，2016

Strategi urutan

Illumina HiSeq2500

Koleksi sampel

Kultivar Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" digunakan dalam kajian ini.Bilangan sampel yang dikumpul ialah
Hari ke-15 selepas bengkak (DAS) mentol (diameter 2 cm dan berat 3–4 g), DAS ke-30 (diameter 5 cm dan berat 100–110 g), dan ~ 3 pada DAS ke-40 (diameter 7 cm dan 260–300 gram).

Keputusan utama

1. dalam rajah Venn, sejumlah 146 DEG telah dikesan merentas ketiga-tiga pasang peringkat perkembangan
2. "Pengangkutan dan metabolisme karbohidrat" hanya diwakili oleh 585 unigen (iaitu, 7% daripada COG beranotasi).
3. Unigenes yang berjaya dianotasi pada pangkalan data GO telah diklasifikasikan kepada tiga kategori utama untuk tiga peringkat pembangunan mentol yang berbeza.Kebanyakan yang diwakili dalam kategori utama "proses biologi" ialah "proses metabolik", diikuti dengan "proses selular".Dalam kategori utama "fungsi molekul" dua kategori yang paling banyak diwakili ialah "mengikat" dan "aktiviti pemangkin".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Histogram klasifikasi kumpulan orthologous (COG).

Histogram klasifikasi ontologi gen (GO) untuk unigen yang diperoleh daripada mentol dalam tiga peringkat perkembangan

Gambar rajah Venn menunjukkan gen yang dinyatakan secara berbeza dalam mana-mana dua peringkat perkembangan mentol bawang

Rujukan

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Analisis Transkriptom Metabolisme Sukrosa semasa Pembengkakan Mentol dan Perkembangan dalam Bawang (Allium cepa L.)[J].Sempadan dalam Sains Tumbuhan, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425