Berita

Penguatan elemen transposable (TE) telah diiktiraf sebagai daya penggerak yang mengantara pengembangan dan evolusi saiz genom, tetapi akibat untuk membentuk seni bina genom 3D masih tidak diketahui sebahagian besarnya dalam tumbuhan.Di sini, kami melaporkan perhimpunan genom gred rujukan untuk tiga spesies kapas dengan saiz genom tiga kali ganda, iaituGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), danG. raimondii(D5), menggunakan Oxford Nanopore Technologies.Analisis genom perbandingan mendokumenkan butiran penguatan TE khusus keturunan yang menyumbang kepada perbezaan saiz genom yang besar (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), dan menunjukkan kandungan gen yang agak terpelihara dan hubungan sintetik antara genom.Kami mendapati bahawa kira-kira 17% gen sintenik mempamerkan perubahan status kromatin antara petak aktif (“A”) dan tidak aktif (“B”), dan penguatan TE dikaitkan dengan peningkatan perkadaran petak A dalam kawasan gen (~ 7,000 gen ) dalam K2 dan A2 berbanding D5.Hanya 42% daripada sempadan domain bersekutu topologi (TAD) telah dipelihara di antara tiga genom.Data kami membabitkan penguatan TE baru-baru ini berikutan pembentukan sempadan TAD khusus keturunan.Kajian ini memberi penerangan tentang peranan pengembangan genom pengantara transposon dalam evolusi struktur kromatin peringkat tinggi dalam tumbuhan.