Penjujukan bukan pengekodan panjang-Illumina

RNA bukan pengekodan panjang (lncRNAs) ialah sejenis molekul RNA dengan panjang melebihi 200 nt, yang dicirikan oleh potensi pengekodan yang sangat rendah.LncRNA, sebagai ahli utama dalam RNA bukan pengekodan, terutamanya terdapat dalam nukleus dan plasma.Perkembangan dalam teknologi penjujukan dan bioinformtik membolehkan pengenalpastian pelbagai lncRNA novel dan mengaitkan mereka yang mempunyai fungsi biologi.Bukti terkumpul menunjukkan bahawa lncRNA terlibat secara meluas dalam peraturan epigenetik, peraturan transkripsi dan peraturan pasca transkripsi.

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Bioinformatik

Keputusan Demo

Kajian kes

Kelebihan Perkhidmatan

● Kelebihan Perkhidmatan

● Khusus sel dan tisu

● Peringkat khusus menyatakan dan mempersembahkan perubahan ekspresi dinamik

● Corak ekspresi masa dan ruang yang tepat

● Analisis bersama dengan data mRNA.

● Penghantaran hasil berasaskan BMKCloud: Perlombongan data tersuai tersedia pada platform.

● Perkhidmatan selepas jualan sah selama 3 bulan selepas projek siap

Keperluan Sampel dan Penghantaran

Perpustakaan	Platform	Data yang disyorkan	QC Data
pengurangan rRNA	Illumina PE150	10 Gb	S30≥85%

Conc.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kesucian

Integriti

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel.

Untuk tumbuhan: RIN≥6.5;

Untuk haiwan: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

terhad atau tiada ketinggian garis dasar

Nukleotida:

Tisu: Berat (kering): ≥1 g

*Untuk tisu yang lebih kecil daripada 5 mg, kami mengesyorkan untuk menghantar sampel tisu beku kilat (dalam nitrogen cecair).

Penggantungan sel: Kiraan sel = 3×10⁷
*Kami mengesyorkan untuk menghantar lisat sel beku.Sekiranya bilangan sel itu lebih kecil daripada 5×10⁵, kilat beku dalam nitrogen cecair adalah disyorkan.

Sampel darah:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol dan 2mL darah(TRIzol:Blood=3:1)

Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Pelabelan sampel: Kumpulan+replikasi cth A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Penghantaran:
1.Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.
2.Tiub RNAstable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA(cth RNAstable®) dan dihantar dalam suhu bilik.

Aliran Kerja Perkhidmatan

Reka bentuk eksperimen

Contoh penghantaran

Pengekstrakan RNA

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: Penjujukan RNA kecil-Illumina

Seterusnya: Penjujukan mRNA berasaskan bukan Rujukan-Illumina

Bioinformatik

1. Klasifikasi LncRNA

LncRNA yang diramalkan oleh empat perisian di atas dikelaskan kepada 4 kategori: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;rasa-LncRNA.Klasifikasi LncRNA ditunjukkan dalam histogram di bawah.

Klasifikasi LncRNA

2.Cis-sasar gen analisis pengayaan DE-lncRNA

ClusterProfiler digunakan dalam analisis pengayaan GO pada gen sasaran cis bagi lncRNA (DE-lncRNA) yang dinyatakan secara berbeza, dari segi proses biologi, fungsi molekul dan komponen selular.Analisis pengayaan GO ialah satu proses untuk mengenal pasti istilah GO yang diperkaya dengan ketara yang diarahkan DEG berbanding dengan keseluruhan genom.Istilah yang diperkaya telah dibentangkan dalam histogram, carta gelembung, dsb. seperti yang ditunjukkan di bawah.

Cis-sasar-gen-analisis-pengayaan-DE-lncRNA--Carta-Bubble Gen disasarkan cis analisis pengayaan DE-lncRNA -Carta buih

3. Dengan membandingkan panjang, nombor ekson, ORF dan jumlah ekspresi mRNA dan lncRNA, kita boleh memahami perbezaan dalam struktur, jujukan dan sebagainya di antara mereka, dan juga mengesahkan sama ada lncRNA novel yang diramalkan oleh kami mematuhi ciri umum.

Kes BMK

Profil ekspresi lncRNA yang tidak dikawal dalam adenokarsinoma paru-paru tikus dengan mutasi KRAS-G12D dan kalah mati P53

Diterbitkan:Jurnal Perubatan Selular dan Molekul，2019

Strategi urutan

Illumina

Koleksi sampel

Sel NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) dan sel kawalan negatif (sh-Scr) diperoleh pada hari ke-6 jangkitan virus tertentu.

Keputusan utama

Kajian ini menyiasat lncRNA yang dinyatakan secara menyimpang dalam adenokarsinoma paru-paru tikus dengan kalah mati P53 dan mutasi KrasG12D.
1.6424 lncRNA dinyatakan secara berbeza (≥ perubahan 2 kali ganda, P <0.05).
2. Antara kesemua 210 lncRNA(FC≥8), 11 ekspresi lncRNA dikawal oleh P53, 33 lncRNA oleh KRAS dan 13 lncRNA oleh hipoksia dalam sel KP primer, masing-masing.
3.NONMMUT015812, yang sangat dikawal selia dalam adenokarsinoma paru-paru tikus dan dikawal secara negatif oleh ekspresi semula P53, telah dikesan untuk menganalisis fungsi selularnya.
4. Penghancuran NONMMUT015812 oleh shRNA mengurangkan kebolehan percambahan dan penghijrahan sel KP.NONMMUT015812 ialah onkogen yang berpotensi.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Analisis laluan KEGG bagi gen yang dinyatakan secara berbeza dalam sel KP NONMMUT015812-knockdown

Analisis Ontologi Gen bagi gen yang dinyatakan secara berbeza dalam sel KP NONMMUT015812-knockdown

Rujukan

Profil ekspresi lncRNA yang tidak dikawal dalam adenokarsinoma paru-paru tikus dengan mutasi KRAS-G12D dan kalah mati P53 [J].Jurnal Perubatan Selular dan Molekul, 2019, 23(10).DOI： 10.1111/jcmm.14584