Perhimpunan Genom berasaskan Hi-C
Kelebihan Perkhidmatan
Gambaran keseluruhan Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Sains, 2009)
● Tidak perlu membina populasi genetik untuk berlabuh bersambung;
● Ketumpatan penanda yang lebih tinggi membawa kepada nisbah penambat contigs yang lebih tinggi pada melebihi 90%;
● Membolehkan penilaian dan pembetulan pada himpunan genom sedia ada;
● Masa pusingan yang lebih pendek dengan ketepatan yang lebih tinggi dalam pemasangan genom;
● Pengalaman yang melimpah dengan lebih 1000 perpustakaan Hi-C yang dibina untuk lebih 500 spesies;
● Lebih 100 kes berjaya dengan faktor impak terbitan terkumpul melebihi 760;
● Pemasangan genom berasaskan Hi-C untuk genom poliploid, kadar penambat 100% telah dicapai dalam projek sebelumnya;
● Paten dalaman dan hak cipta perisian untuk eksperimen Hi-C dan analisis data;
● Perisian penalaan data visual yang dibangunkan sendiri, membolehkan blok manual mengalih, membalikkan, membatalkan dan membuat semula.
Spesifikasi Perkhidmatan
|
Jenis Perpustakaan
|
Platform | Panjang Baca | Mengesyorkan Strategi |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analisis bioinformatik
● Kawalan kualiti data mentah
● Kawalan kualiti perpustakaan Hi-C
● Pemasangan genom berasaskan Hi-C
● Penilaian selepas pemasangan
Keperluan Sampel dan Penghantaran
Keperluan Sampel:
| Haiwan | Kulat | Tumbuhan
|
| Tisu beku: 1-2g setiap perpustakaan Sel: 1x 10^7 sel setiap perpustakaan | Tisu beku: 1g setiap perpustakaan | Tisu beku: 1-2g setiap perpustakaan
|
| *Kami amat mengesyorkan menghantar sekurang-kurangnya 2 aliquot (1 g setiap satu) untuk percubaan Hi-C. | ||
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Untuk kebanyakan sampel, kami mengesyorkan agar tidak disimpan dalam etanol.
Pelabelan sampel: Sampel perlu dilabel dengan jelas dan sama dengan borang maklumat sampel yang diserahkan.
Penghantaran: Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg terlebih dahulu dan dikebumikan dalam ais kering.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Contoh penghantaran
Pengekstrakan DNA
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
*Keputusan demo yang ditunjukkan di sini semuanya daripada genom yang diterbitkan dengan Biomarker Technologies
1. Peta haba interaksi Hi-C bagiCamptotheca acuminatagenom.Seperti yang ditunjukkan pada peta, keamatan interaksi dikaitkan secara negatif dengan jarak linear, yang menunjukkan pemasangan tahap kromosom yang sangat tepat.(Nisbah berlabuh: 96.03%)
Kang M et al.,Komunikasi Alam Semula Jadi, 2021
2.Hi-C memudahkan pengesahan penyongsangan antaraGossypium hirsutumL. TM-1 A06 danG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Komunikasi Alam Semula Jadi, 2019
3.Pembezaan pemasangan dan dwialelik genom ubi kayu SC205.Peta haba Hi-C menunjukkan perpecahan jelas dalam kromosom homolog.
Hu W et al.,Loji Molekul, 2021
4.Peta haba Hi-C pada dua pemasangan genom spesies Ficus:F.mikrokarpa(nisbah berlabuh: 99.3%) danF.hispida (nisbah berlabuh: 99.7%)
Zhang X et al.,sel, 2020
Kes BMK
Genom Pokok Beringin Dan Tebuan Pendebunga Memberi Cerapan Terhadap Koevolusi Tebuan Ara
Diterbitkan: sel, 2020
Strategi urutan:
F. mikrokarpa genom: Lebih kurang.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: Lebih kurang.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Lebih kurang.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Keputusan utama
1.Dua genom pokok beringin dan satu genom tebuan pendebunga telah dibina menggunakan penjujukan PacBio, Hi-C dan peta kaitan.
(1)F. mikrokarpagenom: Perhimpunan 426 Mb (97.7% daripada anggaran saiz genom) telah ditubuhkan dengan contig N50 sebanyak 908 Kb, skor BUSCO sebanyak 95.6%.Sejumlah 423 Mb jujukan telah berlabuh kepada 13 kromosom oleh Hi-C.Anotasi genom menghasilkan 29,416 gen pengekodan protein.
(2)F. Hispidagenom: Perhimpunan 360 Mb (97.3% daripada anggaran saiz genom) telah menghasilkan hasil dengan contig N50 sebanyak 492 Kb dan skor BUSCO sebanyak 97.4%.Sejumlah 359 Mb jujukan telah berlabuh pada 14 kromosom oleh Hi-C dan sangat serupa dengan peta pautan berketumpatan tinggi.
(3)Eupristina verticillatagenom: Perhimpunan 387 Mb (Anggaran saiz genom: 382 Mb) telah ditubuhkan dengan contig N50 sebanyak 3.1 Mb dan skor BUSCO sebanyak 97.7%.
2. Analisis genomik perbandingan mendedahkan sejumlah besar variasi struktur antara duaFicusgenom, yang menyediakan sumber genetik yang tidak ternilai untuk kajian evolusi penyesuaian.Kajian ini, buat pertama kalinya, memberikan pandangan tentang coevolution Fig-wasp pada peringkat genomik.
 Gambar rajah Circos mengenai ciri genom duaFicusgenom, termasuk kromosom, penduaan segmen (SD), transposon (LTR, TE, DNA TE), ekspresi gen dan sintetik |  Pengenalpastian kromosom Y dan gen calon penentuan jantina |
Zhang, X. , et al."Genom Pokok Beringin dan Tebuan Pendebunga Memberi Cerapan tentang Koevolusi Tebuan Ara."Sel 183.4(2020).
