Platform | Saiz Perpustakaan | Hasil Data Teoritis (Setiap Sel) | Ketepatan asas tunggal | Aplikasi |
Nanopore | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/Sel | 85-92% | Panggilan SV, De novo, Penjujukan penuh, Iso-Seq, Anotasi gen, Pengesanan metilasi DNA |
● Pengalaman lebih 5 tahun pada platform penjujukan PacBio dengan beribu-ribu projek tertutup dengan pelbagai spesies.
● BMKGENE ialah rakan kongsi rasmi Oxford Nanopore, dengan pensijilan RNA/DNA dwi platform.
● Terdapat model arus perdana penjujukan dengan peralatan lengkap dan daya pemprosesan penjujukan yang mencukupi.
● Berdasarkan platform Nanopore, lebih daripada 10 penyelidikan Denovo haiwan dan tumbuhan telah diterbitkan dalam jurnal terkenal di peringkat antarabangsa.
Jenis Sampel | Jumlah | Kepekatan (Qubit ®) | Kelantangan | Kesucian | Lain-lain |
DNA genomik | Bergantung pada Keperluan Data | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; Puncak jelas pada 260 nm,tiada pencemaran | Kepekatan perlu diukur dengan Qubit dan Qubit/Nanopore ≤ 2 |
Jumlah RNA | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;tiada pencemaran | Nilai RIN ≥7.5 |
Penilaian Kualiti Data Sampel DNA
Jadual 1. Statistik data bersih.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | bersihN50Len | bersihN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Penilaian Kualiti Data Sampel RNA
Jadual 1. Statistik data bersih.
Nama fail | ClientID | ReadNum | BaseNum | N50 | Panjang Min | Panjang maksimum | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | S12 |
Rajah 1. Baca taburan panjang
Rajah 2. Taburan skor kualiti data bersih
Rajah 3. Taburan skor panjang dan kualiti data bersih