16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Kelebihan Perkhidmatan
● Pengecaman komposisi mikrob tanpa pengasingan dan pantas dalam sampel persekitaran
● Resolusi tinggi dalam komponen rendah yang banyak dalam sampel persekitaran
● Aliran analisis QIIME2 terkini dengan analisis yang pelbagai dari segi pangkalan data, anotasi, OTU/ASV.
● Kapasiti tinggi, ketepatan yang lebih tinggi
● Berkenaan dengan kajian komuniti mikrob yang pelbagai
● BMK memiliki pengalaman luas dengan lebih 100,000 sampel/tahun，meliputi tanah, air, gas, enap cemar, najis, usus, kulit, sup penapaian, serangga, tumbuhan, dsb.
● BMKCloud memudahkan tafsiran data yang mengandungi 45 alat analisis yang diperibadikan
Spesifikasi Perkhidmatan
| SequencingPlatform | Perpustakaan | Hasil data yang disyorkan | Anggaran masa pusing balik |
| Platform Illumina NovaSeq | PE250 | Teg 50K/100K/300K | 30 hari |
Analisis bioinformatik
● Kawalan kualiti data mentah
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● anotasi OTU
● Kepelbagaian alfa
● Kepelbagaian beta
● Analisis antara kumpulan
● Analisis persatuan terhadap faktor eksperimen
● Ramalan gen fungsi
Keperluan Sampel dan Penghantaran
Keperluan Sampel:
Untukekstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | penumpuan | Kesucian |
| ekstrak DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Untuk sampel persekitaran:
| Jenis sampel | Prosedur persampelan yang disyorkan |
| tanah | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Baki bahan layu perlu dikeluarkan dari permukaan;Kisar kepingan besar dan lalui penapis 2 mm;Sampel Aliquot dalam tiub EP steril atau cyrotube untuk tempahan. |
| najis | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan. |
| kandungan usus | Sampel perlu diproses di bawah keadaan aseptik.Basuh tisu yang dikumpul dengan PBS;Sentrifuge PBS dan kumpulkan pemendakan dalam tiub-EP. |
| Enapcemar | Jumlah pensampelan: lebih kurang.5 g;Kumpul dan aliquot sampel enap cemar dalam tiub EP steril atau tiub krio untuk tempahan |
| Badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikrob yang terhad, seperti air paip, air perigi, dsb., Kumpul sekurang-kurangnya 1 L air dan lalui penapis 0.22 μm untuk memperkayakan mikrob pada membran.Simpan membran dalam tiub steril. |
| kulit | Berhati-hati mengikis permukaan kulit dengan kapas steril atau bilah pembedahan dan letakkan dalam tiub steril. |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekukan sampel dalam nitrogen cecair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cecair atau -80 darjah untuk tempahan jangka panjang.Sampel penghantaran dengan ais kering diperlukan.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
1.Taburan spesies
2.Peta haba: Pengelompokan kekayaan spesies
3. Keluk puak yang jarang berlaku
4.Analisis NMDS
5.Analisis Lefse
Kes BMK
Individu Obes dengan dan tanpa Diabetes Jenis 2 menunjukkan kapasiti dan komposisi fungsi mikrob usus yang berbeza
Diterbitkan:Hos Sel & Mikrob, 2019
Strategi urutan:
Kurus bukan diabetes (n=633);Obesiti bukan diabetes (n=494);Diabetes Jenis 2 Obes (n=153);
Kawasan sasaran: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (jujukan amplikon berasaskan NGS)
Subset ekstrak DNA tertakluk kepada penjujukan metagenomik pada Illumina Hiseq
Keputusan utama
Profil mikrob penyakit metabolik ini berjaya dibezakan.
Dengan membandingkan ciri mikrob yang dijana oleh penjujukan 16S, obesiti didapati dikaitkan dengan perubahan dalam komposisi mikrob, ciri individu, terutamanya penurunan ketara dalam Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, dll. Selain itu, T2D didapati dikaitkan dengan peningkatan Escherichia/shigella .
Rujukan
Thingholm, LB, et al."Individu Obes dengan dan tanpa Diabetes Jenis 2 Menunjukkan Kapasiti Fungsi dan Komposisi Mikrob Usus Yang Berbeza."Hos Sel & Mikrob26.2(2019).
