10x Transkriptom Spatial Visium Genomics
ciri-ciri
● Resolusi: 100 µM
● Diameter Titik: 55 µM
● Bilangan tempat: 4992
● Kawasan tangkapan: 6.5 x 6.5 mm
● Setiap tempat berkod bar dimuatkan dengan primer yang terdiri daripada 4 bahagian:
- ekor poli(dT) untuk penyebuan mRNA dan sintesis cDNA
- Pengecam Molekul Unik (UMI) untuk membetulkan bias amplifikasi
- Kod bar ruang
- Jujukan pengikatan buku asas jujukan 1 bacaan separa
● pewarnaan H&E bahagian
Kelebihan
●Perkhidmatan sehenti: menyepadukan semua pengalaman dan langkah berasaskan kemahiran, termasuk pembahagian krio, pewarnaan, pengoptimuman tisu, pengekodan bar spatial, penyediaan perpustakaan, penjujukan dan bioinformatik .
● Pasukan teknikal yang berkemahiran tinggi: dengan pengalaman dalam lebih 250 jenis tisu dan 100+ spesies termasuk manusia, tikus, mamalia, ikan dan tumbuhan.
●Kemas kini masa nyata pada keseluruhan projek: dengan kawalan penuh kemajuan eksperimen.
●Bioinformatik standard yang komprehensif:pakej termasuk 29 analisis dan 100+ angka berkualiti tinggi.
●Analisis dan visualisasi data tersuai: tersedia untuk permintaan penyelidikan yang berbeza.
●Analisis bersama pilihan dengan penjujukan mRNA sel Tunggal
Spesifikasi
| Keperluan Sampel | Perpustakaan | Strategi urutan | Data disyorkan | Kawalan kualiti |
| Sampel cryo terbenam OCT, sampel FFPE (Diameter optimum: lebih kurang 6x6x6 mm3) 3 blok setiap sampel | 10X Visium cDNA perpustakaan | Illumina PE150 | 50K bacaan PE setiap tempat ( 60Gb ) | RIN>7 |
Untuk butiran lanjut tentang panduan penyediaan sampel dan aliran kerja perkhidmatan, sila hubungi aPakar BMKGENE
Aliran Kerja Perkhidmatan
Dalam fasa penyediaan sampel, percubaan pengekstrakan RNA pukal awal dilakukan untuk memastikan RNA berkualiti tinggi boleh diperolehi.Dalam peringkat pengoptimuman tisu bahagian diwarnakan dan divisualisasikan dan keadaan permeabilisasi untuk pelepasan mRNA daripada tisu dioptimumkan.Protokol yang dioptimumkan kemudiannya digunakan semasa pembinaan perpustakaan, diikuti dengan penjujukan dan analisis data.
Aliran kerja perkhidmatan yang lengkap melibatkan kemas kini masa nyata dan pengesahan pelanggan untuk mengekalkan gelung maklum balas yang responsif, memastikan pelaksanaan projek yang lancar.
Termasuk analisis berikut:
Kawalan Kualiti Data:
o Output data dan taburan skor kualiti
o Pengesanan gen setiap tempat
o Liputan tisu
Analisis sampel dalaman:
o Kekayaan gen
o Pengelompokan titik, termasuk analisis dimensi yang dikurangkan
o Analisis ekspresi pembezaan antara kelompok: pengenalpastian gen penanda
o Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
Analisis antara kumpulan
o Gabungan semula tompok daripada kedua-dua sampel (cth. berpenyakit dan kawalan) dan kelompok semula
o Pengenalpastian gen penanda bagi setiap kelompok
o Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
o Ungkapan Berbeza bagi kelompok yang sama antara kumpulan
Analisis sampel dalaman
Pengelompokan titik
Pengenalpastian gen penanda dan pengedaran spatial
Analisis Antara Kumpulan
Gabungan data daripada kedua-dua kumpulan dan kelompok semula
Gen penanda kluster baharu
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan transkriptomi spatial BMKGene oleh 10X Visium Dalam penerbitan pilihan ini:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, homolog Drosophila yang berpotensi bagi GPCR lekatan mamalia, terlibat dalam tindak balas antitumor terhadap sel onkogenik yang disuntik dalam lalat', Prosiding Akademi Sains Kebangsaan Amerika Syarikat, 120(30), hlm.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL membolehkan persempadanan tinggi data transkriptik spatiotemporal', Taklimat dalam Bioinformatik, 24(2), ms 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'A atlas spatiotemporal organogenesis dalam pembangunan bunga orkid', Penyelidikan Asid Nukleik, 50(17), ms 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Mengintegrasikan Transkriptik Spatial dan Penjujukan RNA Nukleus Tunggal Mendedahkan Strategi Terapeutik Berpotensi untuk Leiomyoma Rahim', Jurnal Sains Biologi Antarabangsa, 19(8), ms 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
