लहान RNAs हे miRNA, siRNA आणि piRNA सह सरासरी 18-30 nt लांबीचे शॉर्ट नॉन-कोडिंग RNA आहेत.हे लहान आरएनए मोठ्या प्रमाणावर विविध जैविक प्रक्रिया जसे की mRNA डिग्रेडेशन, ट्रान्सलेशन इनहिबिशन, हेटरोक्रोमॅटिन तयार करणे इत्यादींमध्ये गुंतलेले असल्याचे नोंदवले गेले आहे. प्राणी/वनस्पती विकास, रोग, विषाणू इत्यादीवरील अभ्यासांमध्ये लहान आरएनए अनुक्रमिक विश्लेषण मोठ्या प्रमाणावर लागू केले गेले आहे. अनुक्रम विश्लेषण प्लॅटफॉर्ममध्ये मानक विश्लेषण आणि प्रगत डेटा मायनिंगचा समावेश आहे.RNA-seq डेटाच्या आधारावर, मानक विश्लेषण miRNA ओळख आणि अंदाज, miRNA लक्ष्य जनुक अंदाज, भाष्य आणि अभिव्यक्ती विश्लेषण साध्य करू शकते.प्रगत विश्लेषण सानुकूलित miRNA शोध आणि निष्कर्षण, Venn आकृती निर्मिती, miRNA आणि लक्ष्य जनुक नेटवर्क बिल्डिंग सक्षम करते.