-
क्रोमॅटिन इम्युनोप्रेसिपिटेशन सिक्वेन्सिंग (ChIP-seq)
ChIP-Seq हिस्टोन बदल, ट्रान्सक्रिप्शन घटक आणि इतर डीएनए-संबंधित प्रथिनांसाठी डीएनए लक्ष्यांचे जीनोम-व्यापी प्रोफाइलिंग प्रदान करते.हे विशिष्ट प्रोटीन-डीएनए कॉम्प्लेक्स पुनर्प्राप्त करण्यासाठी क्रोमॅटिन इम्युनो-पर्सिपिटेशन (ChIP) च्या निवडकतेला एकत्रित करते, पुनर्प्राप्त केलेल्या डीएनएच्या उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमासाठी नेक्स्ट-जनरेशन सिक्वेन्सिंग (NGS) च्या सामर्थ्यासह.याव्यतिरिक्त, प्रथिने-डीएनए कॉम्प्लेक्स जिवंत पेशींमधून पुनर्प्राप्त केल्यामुळे, बंधनकारक साइटची तुलना वेगवेगळ्या पेशी प्रकार आणि ऊतकांमध्ये किंवा भिन्न परिस्थितींमध्ये केली जाऊ शकते.अनुप्रयोगांमध्ये ट्रान्सक्रिप्शनल रेग्युलेशनपासून डेव्हलपमेंटल पॅथवेजपासून ते रोगाच्या यंत्रणेपर्यंत आणि त्याही पलीकडे असतात.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq प्लॅटफॉर्म
-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग -एनजीएस
मेटाजेनोम म्हणजे पर्यावरणीय मेटाजेनोम, मानवी मेटाजेनोम इ. अशा मिश्रित जीवांच्या एकूण अनुवांशिक सामग्रीचा संग्रह आहे. यामध्ये लागवडीयोग्य आणि लागवडीयोग्य नसलेल्या सूक्ष्मजीवांचे जीनोम असतात.मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग हे एक आण्विक साधन आहे जे पर्यावरणीय नमुन्यांमधून काढलेल्या मिश्रित जीनोमिक सामग्रीचे विश्लेषण करण्यासाठी वापरले जाते, जे प्रजाती विविधता आणि विपुलता, लोकसंख्येची रचना, फायलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन्स आणि पर्यावरणीय घटकांसह परस्परसंबंध नेटवर्कची तपशीलवार माहिती प्रदान करते.
प्लॅटफॉर्म:इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म
-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग-नॅनोपोर
मेटाजेनॉमिक्स हे एक आण्विक साधन आहे जे पर्यावरणीय नमुन्यांमधून काढलेल्या मिश्रित जीनोमिक सामग्रीचे विश्लेषण करण्यासाठी वापरले जाते, जे प्रजाती विविधता आणि विपुलता, लोकसंख्येची रचना, फायलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन्स आणि पर्यावरणीय घटकांसह सहसंबंध नेटवर्क इत्यादींची तपशीलवार माहिती प्रदान करते. नॅनोपोर सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मने अलीकडेच सादर केले आहे. मेटाजेनोमिक अभ्यासासाठी.वाचन लांबीमध्ये त्याची उत्कृष्ट कामगिरी मोठ्या प्रमाणात डाउन स्ट्रीम मेटाजेनोमिक विश्लेषण, विशेषत: मेटाजेनोम असेंब्ली वाढवते.वाचन-लांबीचा फायदा घेऊन, नॅनोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक अभ्यास शॉट-गन मेटाजेनोमिक्सच्या तुलनेत अधिक सतत असेंब्ली प्राप्त करण्यास सक्षम आहे.हे प्रकाशित झाले आहे की नॅनोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक्सने मायक्रोबायोम्स (मॉस, ईएल, इ. अल.नेचर बायोटेक, 2020)
प्लॅटफॉर्म:नॅनोपोर प्रोमेथिओन P48
-
संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रम
सायटोसिन (5-mC) मध्ये पाचव्या स्थानावर असलेल्या डीएनए मेथिलेशनचा जीन अभिव्यक्तीवर आणि सेल्युलर क्रियाकलापांवर मूलभूत प्रभाव आहे.असामान्य मेथिलेशन पॅटर्न कर्करोगासारख्या अनेक परिस्थिती आणि रोगांशी संबंधित आहेत.सिंगल बेस रिझोल्यूशनवर जीनोम-वाइड मेथिलेशनचा अभ्यास करण्यासाठी WGBS हे सुवर्ण मानक बनले आहे.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq प्लॅटफॉर्म
-
उच्च थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग (ATAC-seq) सह ट्रान्सपोसेस-अॅक्सेसिबल क्रोमॅटिनसाठी परख
ATAC-seq ही जीनोम-व्यापी क्रोमॅटिन प्रवेशयोग्यतेच्या विश्लेषणासाठी उच्च-थ्रूपुट अनुक्रम पद्धत आहे, जी जनुक अभिव्यक्तीच्या जागतिक एपिजेनेटिक नियंत्रणासाठी महत्त्वपूर्ण आहे.हायपरएक्टिव्ह Tn5 ट्रान्सपोसेस द्वारे सिक्वेन्सिंग अडॅप्टर्स खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्रांमध्ये घातले जातात.पीसीआर प्रवर्धनानंतर, एक अनुक्रमिक लायब्ररी बांधली जाते.सर्व खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्र एका विशिष्ट स्पेस-टाइम स्थितीनुसार मिळू शकतात, केवळ ट्रान्सक्रिप्शन घटकाच्या बंधनकारक साइट्सपुरते मर्यादित नाही, किंवा विशिष्ट हिस्टोन सुधारित प्रदेश.
-
16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-PacBio
16S आणि 18S rRNA वरील सबयुनिट ज्यामध्ये उच्च संरक्षित आणि हायपर-व्हेरिएबल दोन्ही प्रदेश आहेत हे प्रोकेरियोटिक आणि युकेरियोटिक जीव ओळखण्यासाठी एक परिपूर्ण आण्विक फिंगरप्रिंट आहे.सिक्वेन्सिंगचा फायदा घेऊन, हे अॅम्प्लिकॉन संरक्षित भागांच्या आधारे लक्ष्यित केले जाऊ शकतात आणि सूक्ष्मजीव ओळखण्यासाठी हायपर-व्हेरिएबल क्षेत्र पूर्णपणे वैशिष्ट्यीकृत केले जाऊ शकतात जे सूक्ष्मजीव विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फायलोजेनी इत्यादींचा समावेश असलेल्या अभ्यासांमध्ये योगदान देतात. सिंगल-मॉलिक्युल रिअल-टाइम(SMRT) ) PacBio प्लॅटफॉर्मचे अनुक्रम अत्यंत अचूक लांब रीड्स प्राप्त करण्यास सक्षम करते, जे पूर्ण-लांबीचे amplicons (अंदाजे 1.5 Kb) कव्हर करू शकते.अनुवांशिक क्षेत्राच्या विस्तृत दृश्यामुळे जीवाणू किंवा बुरशी समुदायातील प्रजाती भाष्यातील रिझोल्यूशन मोठ्या प्रमाणात वाढले.
प्लॅटफॉर्म:PacBio सिक्वेल II
-
16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-एनजीएस
16S/18S/ITS अॅम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंगचा उद्देश मायक्रोबियल समुदायामध्ये फिलोजेनी, वर्गीकरण आणि प्रजातींचे विपुलता प्रकट करणे हे हाऊसकीपिंग अनुवांशिक मार्करच्या पीसीआर उत्पादनांची तपासणी करून आहे ज्यामध्ये उच्च संभाषण आणि हायपरव्हेरिएबल दोन्ही भाग असतात.Woeses et al, (1977) द्वारे या परिपूर्ण आण्विक फिंगरप्रिंटचा परिचय आयसोलेशन-फ्री मायक्रोबायोम प्रोफाइलिंगला सामर्थ्य देते.16S (बॅक्टेरिया), 18S (बुरशी) आणि अंतर्गत लिप्यंतरित स्पेसर (ITS, बुरशी) च्या अनुक्रमाने मुबलक प्रजाती तसेच दुर्मिळ आणि अनोळखी प्रजाती दोन्ही ओळखता येतात.हे तंत्रज्ञान मानवी तोंड, आतडे, विष्ठा इत्यादी विविध वातावरणात विभेदक सूक्ष्मजीव रचना ओळखण्यासाठी मोठ्या प्रमाणावर लागू केलेले आणि प्रमुख साधन बनले आहे.
प्लॅटफॉर्म:इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म
-
जिवाणू आणि बुरशीजन्य संपूर्ण जीनोम री-सिक्वेंसिंग
ज्ञात जीवाणू आणि बुरशीचे जीनोम पूर्ण करण्यासाठी, तसेच अनेक जीनोमची तुलना करण्यासाठी किंवा नवीन जीवांचे जीनोम मॅप करण्यासाठी बॅक्टेरिया आणि बुरशीजन्य संपूर्ण जीनोम री-सिक्वेंसिंग हे एक महत्त्वपूर्ण साधन आहे.अचूक संदर्भ जीनोम तयार करण्यासाठी, सूक्ष्मजीव ओळखण्यासाठी आणि इतर तुलनात्मक जीनोम अभ्यास करण्यासाठी जीवाणू आणि बुरशीचे संपूर्ण जीनोम अनुक्रमित करणे खूप महत्वाचे आहे.
प्लॅटफॉर्म: इलुमिना नोव्हासेक प्लॅटफॉर्म
-
PacBio-पूर्ण-लांबीचे 16S/18S/ITS अॅम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंग
Amplicon (16S/18S/ITS) प्लॅटफॉर्म मायक्रोबियल विविधता प्रकल्प विश्लेषणाच्या अनेक वर्षांच्या अनुभवासह विकसित केले आहे, ज्यामध्ये प्रमाणित मूलभूत विश्लेषण आणि वैयक्तिक विश्लेषण समाविष्ट आहे: मूलभूत विश्लेषणामध्ये सध्याच्या सूक्ष्मजीव संशोधनाच्या मुख्य प्रवाहातील विश्लेषण सामग्रीचा समावेश आहे, विश्लेषण सामग्री समृद्ध आणि व्यापक आहे, आणि विश्लेषण परिणाम प्रकल्प अहवाल स्वरूपात सादर केले जातात;वैयक्तिक विश्लेषणाची सामग्री वैविध्यपूर्ण आहे.वैयक्तिक गरजा लक्षात घेऊन नमुने निवडले जाऊ शकतात आणि मूलभूत विश्लेषण अहवाल आणि संशोधन उद्देशानुसार पॅरामीटर्स लवचिकपणे सेट केले जाऊ शकतात.विंडोज ऑपरेटिंग सिस्टम, साधी आणि जलद.
-
PacBio-पूर्ण-लांबीचे ट्रान्सक्रिप्टोम (संदर्भ नसलेले)
पॅसिफिक बायोसायन्सेस (PacBio) Isoform अनुक्रम डेटा इनपुट म्हणून घेऊन, हे अॅप पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेख अनुक्रम (असेंबलीशिवाय) ओळखण्यास सक्षम आहे.संदर्भ जीनोमच्या विरूद्ध पूर्ण-लांबीच्या अनुक्रमांचे मॅपिंग करून, प्रतिलिपी ज्ञात जीन्स, प्रतिलेख, कोडिंग क्षेत्र इत्यादींद्वारे ऑप्टिमाइझ केली जाऊ शकतात. या प्रकरणात, mRNA संरचनांची अधिक अचूक ओळख, जसे की पर्यायी स्प्लिसिंग इ. साध्य करता येते.एनजीएस ट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग डेटासह संयुक्त विश्लेषण ट्रान्सक्रिप्ट स्तरावर अभिव्यक्तीमध्ये अधिक व्यापक भाष्य आणि अधिक अचूक परिमाण सक्षम करते, जे मुख्यत्वे डाउनस्ट्रीम विभेदक अभिव्यक्ती आणि कार्यात्मक विश्लेषणास लाभ देते.
-
रिड्युस्ड रिप्रेझेंटेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (RRBS)
डीएनए मेथिलेशन संशोधन हा रोग संशोधनात नेहमीच चर्चेचा विषय राहिला आहे आणि जनुक अभिव्यक्ती आणि फिनो-टाइपिक वैशिष्ट्यांशी जवळून संबंधित आहे.RRBS ही DNA मेथिलेशन संशोधनासाठी अचूक, कार्यक्षम आणि किफायतशीर पद्धत आहे.प्रवर्तक आणि CpG बेट क्षेत्रांचे एन्झाईमॅटिक क्लीवेज (Msp I) द्वारे संवर्धन, Bisulfite अनुक्रमासह, उच्च रिझोल्यूशन DNA मेथिलेशन शोध प्रदान करते.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq प्लॅटफॉर्म
-
प्रोकेरियोटिक एमआरएनए अनुक्रम
mRNA अनुक्रमणिका विशिष्ट परिस्थितीत पेशींमधील सर्व mRNA प्रतिलेखांच्या सर्वसमावेशक प्रोफाइलिंगला सक्षम करते.हे अत्याधुनिक तंत्रज्ञान एक शक्तिशाली साधन म्हणून काम करते, विविध जैविक प्रक्रियांशी संबंधित जटिल जनुक अभिव्यक्ती प्रोफाइल, जनुक संरचना आणि आण्विक यंत्रणा उघड करते.मूलभूत संशोधन, क्लिनिकल डायग्नोस्टिक्स आणि ड्रग डेव्हलपमेंटमध्ये व्यापकपणे स्वीकारले गेलेले, mRNA अनुक्रम सेल्युलर डायनॅमिक्स आणि अनुवांशिक नियमनाच्या गुंतागुंतीमध्ये अंतर्दृष्टी देते.आमची प्रोकेरियोटिक mRNA नमुना प्रक्रिया प्रोकेरियोटिक ट्रान्सक्रिप्टोमसाठी तयार केली आहे, ज्यामध्ये आरआरएनए कमी होणे आणि दिशात्मक लायब्ररी तयार करणे समाविष्ट आहे.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq X
