हीटमॅप
मॅट्रिक्स डेटा फाइल हीट मॅप ड्रॉइंगसाठी वापरली जाते, जी मॅट्रिक्स डेटा फिल्टर, सामान्य आणि क्लस्टर करू शकते.हे मुख्यतः वेगवेगळ्या नमुन्यांमधील जनुक अभिव्यक्ती पातळीच्या क्लस्टर विश्लेषणासाठी वापरले जाते.
जीन भाष्य
जीन फंक्शन एनोटेशन विविध डेटाबेसच्या विरूद्ध FASTA फाइलमधील अनुक्रम मॅपिंगद्वारे केले जाते.
जीन भाष्य
मूलभूत स्थानिक संरेखन शोध साधन
CDS_UTR_अंदाज
हे साधन ज्ञात प्रथिने डेटाबेस आणि ORF अंदाज विरुद्ध ब्लास्टिंगवर आधारित दिलेल्या ट्रान्सक्रिप्ट अनुक्रमांमध्ये कोडिंग क्षेत्रे (CDS) आणि नॉन-कोडिंग क्षेत्र (UTR) अंदाज करण्यासाठी डिझाइन केलेले आहे.
मॅनहॅटन प्लॉट
मॅनहॅटन प्लॉट मोठ्या संख्येने डेटा पॉइंट्ससह डेटा प्रदर्शित करण्यास सक्षम करते.हे सामान्यतः जीनोम-वाइड असोसिएशन स्टडीज (GWAS) मध्ये वापरले जाते.
सर्कस
CIRCOS आकृती जीनोमवर SNP, InDeL, SV, CNV वितरणांचे थेट सादरीकरण सक्षम करते.
GO_संवर्धन
TopGO हे कार्यात्मक संवर्धनासाठी डिझाइन केलेले साधन आहे.TopGO-Bioconductor पॅकेजमध्ये भिन्न अभिव्यक्ती विश्लेषण, GO संवर्धन विश्लेषण आणि परिणामांचे व्हिज्युअलायझेशन समाविष्ट आहे.हे "ग्राफ" नावाचे आउटपुट असलेले फोल्डर तयार करेल, ज्यामध्ये topGO_BP, topGO_CC आणि topGO_MF साठी परिणाम आहेत.
WGCNA
WGCNA ही जनुक सह-अभिव्यक्ती मॉड्यूल्स शोधण्यासाठी मोठ्या प्रमाणावर वापरलेली डेटा मायनिंग पद्धत आहे.हे मायक्रोएरे डेटा आणि पुढील पिढीच्या अनुक्रमातून उद्भवलेल्या जनुक अभिव्यक्ती डेटासह विविध अभिव्यक्ती डेटासेटवर लागू आहे.
इंटरप्रोस्कॅन
इंटरप्रो प्रोटीन अनुक्रम विश्लेषण आणि वर्गीकरण
GO_KEGG_संवर्धन
हे साधन GO एनरिचमेंट हिस्टोग्राम, केईजीजी एनरिचमेंट हिस्टोग्राम आणि केईजीजी एनरिचमेंट पाथवे प्रदान केलेल्या जनुक सेट आणि संबंधित भाष्यावर आधारित आहे.