उत्पादने

गैर-संदर्भ आधारित mRNA सिक्वेन्सिंग-इलुमिना

गैर-संदर्भ आधारित mRNA सिक्वेन्सिंग-इल्युमिना वैशिष्ट्यीकृत प्रतिमा

काही विशेष कार्ये सक्रिय होत असलेल्या विशिष्ट कालावधीत मेसेंजर RNA(mRNA) फॉर्म युकेरियोट कॅप्चर करण्यासाठी mRNA सिक्वेन्सिंग नेक्स्ट-जनरेशन सिक्वेन्सिंग तंत्र (NGS) अवलंबते.कापलेल्या सर्वात लांब प्रतिलिपीला 'युनिजीन' असे म्हणतात आणि त्यानंतरच्या विश्लेषणासाठी संदर्भ अनुक्रम म्हणून वापरले जाते, जे संदर्भाशिवाय प्रजातींच्या आण्विक यंत्रणा आणि नियामक नेटवर्कचा अभ्यास करण्यासाठी एक प्रभावी माध्यम आहे.

ट्रान्सक्रिप्टम डेटा असेंब्ली आणि युनिजीन फंक्शनल एनोटेशन नंतर

(1)एसएसआर विश्लेषण, सीडीएस अंदाज आणि जनुकांची रचना पूर्वनिर्मित केली जाईल.

(2)प्रत्येक नमुन्यातील युनिजीन अभिव्यक्तीचे प्रमाणीकरण केले जाईल.

(३) नमुने (किंवा गट) दरम्यान भिन्नपणे व्यक्त केलेले युनिजीन युनिजीन अभिव्यक्तीच्या आधारे शोधले जातील

(४) क्लस्टरिंग, फंक्शनल एनोटेशन आणि विभेदकपणे व्यक्त केलेल्या युनिजीन्सचे संवर्धन विश्लेषण केले जाईल

आमच्याशी संपर्क साधा

सेवा तपशील

बायोइन्फॉरमॅटिक्स

डेमो परिणाम

केस स्टडी

वैशिष्ट्ये

● कोणत्याही संदर्भ जीनोमपासून स्वतंत्र,

● डेटाचा वापर प्रतिलेखांची रचना आणि अभिव्यक्तीचे विश्लेषण करण्यासाठी केला जाऊ शकतो

● व्हेरिएबल क्लिपिंग साइट्स ओळखा

सेवा फायदे

● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: BMKCloud प्लॅटफॉर्मद्वारे परिणाम डेटा फाइल आणि परस्परसंवादी अहवाल म्हणून वितरित केले जातात, जे वापरकर्त्यासाठी जटिल विश्लेषण आउटपुटचे वाचन आणि मानक बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषणाच्या आधारावर सानुकूलित डेटा मायनिंग करण्यास अनुमती देते.

● विक्रीनंतरच्या सेवा: प्रकल्प पूर्ण झाल्यानंतर 3 महिन्यांसाठी विक्रीपश्चात सेवा वैध आहेत, ज्यात प्रकल्पांचा पाठपुरावा, समस्या निवारण, परिणाम प्रश्नोत्तरे इ.

नमुना आवश्यकता आणि वितरण

नमुना आवश्यकता:

न्यूक्लियोटाइड्स:

Conc.(ng/μl)

रक्कम (μg)

पवित्रता

सचोटी

≥ २०

≥ ०.५

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

जेलवर मर्यादित किंवा कोणतेही प्रथिने किंवा डीएनए दूषित नाही.

वनस्पतींसाठी: RIN≥6.5;

प्राण्यांसाठी: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

मर्यादित किंवा बेसलाइन उंची नाही

ऊती: वजन (कोरडे): ≥1 ग्रॅम
*5 मिग्रॅ पेक्षा लहान टिश्यूसाठी, आम्ही फ्लॅश फ्रोझन (द्रव नायट्रोजनमध्ये) ऊतक नमुना पाठविण्याची शिफारस करतो.

सेल निलंबन: सेल संख्या = 3×10⁷
*आम्ही फ्रोझन सेल लाइसेट पाठवण्याची शिफारस करतो.त्या सेलची संख्या 5×10 पेक्षा लहान असल्यास⁵, द्रव नायट्रोजनमध्ये फ्लॅश गोठविण्याची शिफारस केली जाते.

रक्ताचे नमुने:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol आणि 2mL रक्त(TRIzol:Blood=3:1)

शिफारस केलेले नमुना वितरण

कंटेनर:
2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
नमुना लेबलिंग: गट+प्रतिकृती उदा. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

शिपमेंट:
1.ड्राय-बर्फ: नमुने पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
2.RNAstable tubes: RNA नमुने RNA स्थिरीकरण ट्यूब (उदा. RNAstable®) मध्ये वाळवले जाऊ शकतात आणि खोलीच्या तापमानात पाठवले जाऊ शकतात.

सेवा कार्य प्रवाह

प्रयोग डिझाइन

नमुना वितरण

आरएनए काढणे

ग्रंथालय बांधकाम

अनुक्रम

डेटा विश्लेषण

विक्रीनंतर सेवा

मागील: लांब नॉन-कोडिंग अनुक्रम-इलुमिना

पुढे: युकेरियोटिक एमआरएनए सिक्वेन्सिंग-इलुमिना

बायोइन्फॉरमॅटिक्स

1.mRNA(denovo) असेंब्लीचे तत्व

ट्रिनिटीद्वारे, रीड्स लहान तुकड्यांमध्ये विभागले जातात, ज्यांना के-मेर म्हणतात.या K-mers नंतर contigs मध्ये विस्तारित करण्यासाठी बियाणे म्हणून वापरले जातात आणि नंतर contig overlappings वर घटक आधारित.शेवटी, घटकांमधील प्रतिलेख ओळखण्यासाठी डी ब्रुइझन येथे लागू केले गेले.

mRNA-(De-novo)-विहंगावलोकन-ऑफ-ट्रिनिटी

mRNA (De novo) ट्रिनिटीचे विहंगावलोकन

2.mRNA (De novo) जनुक अभिव्यक्ती पातळीचे वितरण

RNA-Seq जनुक अभिव्यक्तीचा अत्यंत संवेदनशील अंदाज प्राप्त करण्यास सक्षम आहे.सामान्यतः, प्रतिलेख अभिव्यक्ती FPKM ची शोधण्यायोग्य श्रेणी 10^-2 ते 10^6 पर्यंत असते

mRNA-(De-novo)-प्रत्येक-नमुन्यात-FPKM-घनता-चे-वितरण

mRNA (De novo) प्रत्येक नमुन्यात FPKM घनतेचे वितरण

3.mRNA (De novo) GO डीईजीचे संवर्धन विश्लेषण

GO (जीन ऑन्टोलॉजी) डेटाबेस ही एक संरचित जैविक भाष्य प्रणाली आहे ज्यामध्ये जनुक आणि जनुक उत्पादनांच्या कार्यांचे मानक शब्दसंग्रह आहे.यात अनेक स्तर असतात, जेथे पातळी जितकी कमी असेल तितकी फंक्शन्स अधिक विशिष्ट असतात.

mRNA-(De-novo)-GO-वर्गीकरण-DEGs-एट-सेकंड-लेव्हल

mRNA (De novo) GO दुसऱ्या स्तरावर DEGs चे वर्गीकरण

बीएमके केस

कांद्यामध्ये बल्ब सूज आणि विकास दरम्यान सुक्रोज मेटाबॉलिझमचे ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण (अॅलियम सेपा एल.)

प्रकाशित: वनस्पती विज्ञान मध्ये सीमा,2016

अनुक्रम धोरण

Illumina HiSeq2500

नमुना संकलन

या अभ्यासात Utah Yellow Sweet Spain cultivar “Y1351” चा वापर करण्यात आला.संकलित नमुन्यांची संख्या होती
बल्ब (2-सेमी व्यास आणि 3-4 ग्रॅम वजन) सूजल्यानंतर 15 व्या दिवशी, 30व्या डीएएस (5-सेमी व्यास आणि 100-110 ग्रॅम वजन), आणि 40व्या डीएएस (7-सेमी व्यास) वर ∼3 260-300 ग्रॅम).

मुख्य परिणाम

1. व्हेन आकृतीमध्ये, विकासाच्या सर्व तीन जोड्यांमध्ये एकूण 146 डीईजी आढळले.
2. "कार्बोहायड्रेट वाहतूक आणि चयापचय" फक्त 585 युनिजीन (म्हणजे, एनोटेड COG च्या 7%) द्वारे दर्शविले गेले.
3. GO डेटाबेसवर यशस्वीरित्या भाष्य केलेल्या युनिजेन्सचे बल्ब विकासाच्या तीन वेगवेगळ्या टप्प्यांसाठी तीन प्रमुख श्रेणींमध्ये वर्गीकरण करण्यात आले."जैविक प्रक्रिया" मुख्य श्रेणीमध्ये सर्वात जास्त प्रतिनिधित्व "चयापचय प्रक्रिया" होते, त्यानंतर "सेल्युलर प्रक्रिया"."मॉलेक्युलर फंक्शन" च्या मुख्य श्रेणीमध्ये "बंधनकारक" आणि "उत्प्रेरक क्रियाकलाप" या दोन श्रेणी सर्वात जास्त प्रतिनिधित्व केल्या गेल्या.

ऑर्थोलॉजस ग्रुप्स (COG) वर्गीकरणाच्या क्लस्टर्सचा हिस्टोग्राम

तीन विकासात्मक टप्प्यांमध्ये बल्बमधून मिळणाऱ्या युनिजीनसाठी जीन ऑन्टोलॉजी (GO) वर्गीकरणाचा हिस्टोग्राम

कांद्याच्या बल्बच्या विकासाच्या कोणत्याही दोन टप्प्यांमध्ये जीन्स भिन्नपणे दर्शविणारी वेन आकृती

संदर्भ

झांग सी, झांग एच, झॅन झेड, इ.कांद्यामध्ये बल्ब सूज आणि विकास दरम्यान सुक्रोज मेटाबॉलिझमचे ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण (अॅलियम सेपा एल.)[जे].फ्रंटियर्स इन प्लांट सायन्स, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425