2021 मध्ये, BMKGENE ने 31 डी नोव्हो जीनोम संशोधन यशस्वीरित्या उच्च-प्रभाव जर्नल्समध्ये 320 पेक्षा जास्त प्रभाव घटकांसह प्रकाशित केले. 15 लेख सह-लेखक होते त्यापैकी 4 BMKGENE द्वारे प्रथम लेखक म्हणून सह-लेखक होते.
2022 च्या सुरुवातीनंतर, "नॅचरल जेनेटिक्स" आणि "मॉलिक्युलर प्लांट" या जर्नलवर अनुक्रमे दोन संशोधन लेख प्रकाशित झाले आहेत.ते आहेत, "अत्यंत विषम लिची जीनोममधील दोन भिन्न हॅप्लोटाइप लवकर आणि उशीरा-पक्व होणाऱ्या जातींसाठी स्वतंत्र घरगुती घटना सुचवतात" (लीची जीनोम संशोधन, कॉलेज ऑफ हॉर्टिकल्चर, साउथ चायना अॅग्रीकल्चरल युनिव्हर्सिटी, आणि वैज्ञानिक सहयोगी, नॅचरल जीनवर प्रकाशित. ), आणि “एजिलॉप्सच्या पाच सिटोप्सिस प्रजातींचे जीनोम अनुक्रम आणि पॉलीप्लॉइड गहू बी-सबजेनोमचे मूळ” (पाच सिटोप्सिस प्रजाती जीनोम, ईशान्य नॉर्मल युनिव्हर्सिटीच्या प्रोफेसर बाओ लिऊ यांच्या संशोधन पथकाने आयोजित केले.).आम्ही या दोन लेखांचे पुनरावलोकन देखील करू आणि आमच्या वाचकांसह सामायिक करू.
आता, BMK द्वारे सह-लेखक आणि आमच्या सहयोगी सुविधा 2021 रोजी प्रकाशित केलेल्या उत्कृष्ट संशोधन लेखांवर एक नजर टाकूया.
वनस्पती जीनोम - बहु-प्रजातींवर प्रगती.
1. उच्च-गुणवत्तेची जीनोम असेंब्ली राई जीनोमिक वैशिष्ट्ये आणि कृषीदृष्ट्या महत्त्वपूर्ण जीन्स हायलाइट करते
सहयोगी सुविधा: हेनान कृषी विद्यापीठ
जर्नल: नैसर्गिक आनुवंशिकी
प्रभाव घटक: 38.31
या प्रकल्पात, वेनिंग राई या उच्चभ्रू चायनीज राई जातीचा जीनोम अनुक्रमित करण्यात आला.असेंबल केलेले कॉन्टिग्ज (7.74 Gb) अंदाजित जीनोम आकाराच्या (7.86 Gb) 98.47% आहेत, 93.67% कॉन्टिग्ज (7.25 Gb) सात गुणसूत्रांना नियुक्त केले आहेत.पुनरावृत्ती घटक एकत्रित केलेल्या जीनोमच्या 90.31% बनतात.वेनिंग असेंब्लीच्या पुढील विश्लेषणाने जीनोम-व्यापी जीन डुप्लिकेशन्स आणि स्टार्च बायोसिंथेसिस जनुकांवर त्यांचा प्रभाव, कॉम्प्लेक्स प्रोलामिन लोकी, जीन एक्स्प्रेशन वैशिष्ट्ये अंतर्निहित प्रारंभिक हेडिंग वैशिष्ट्य आणि पोटेटिव्ह डोमेस्टिकेशन-संबंधित क्रोमोसोमल प्रदेश आणि राईमधील लोकी यावर नवीन प्रकाश टाकला.हा जीनोम क्रम राई आणि संबंधित तृणधान्य पिकांमध्ये जीनोमिक आणि प्रजनन अभ्यासाला गती देण्याचे वचन देतो.
2. काटेशिवाय गुलाब: ओलावा अनुकूलतेशी संबंधित जीनोमिक अंतर्दृष्टी
सहयोगी सुविधा: कुनमिंग इन्स्टिट्यूट ऑफ बॉटनी, चायनीज एकेडमी ऑफ सायन्सेस
जर्नल: राष्ट्रीय विज्ञान पुनरावलोकन
प्रभाव घटक: 17.273
या प्रकल्पात, 'Basye's Thornless' (BT, Rosa wichuraiana ची एक काटेरी नसलेली लागवड), 'ओल्ड ब्लश' (OB, गुलाब पाळीव प्राण्याचे संस्थापक जीनोटाइप), त्यांचे F1 संकरित आणि BCF1 यांचे नमुने गोळा करण्यात आले.आणि स्टेम प्रिकल डेव्हलपमेंटशी संबंधित अनुवांशिक घटक ओळखण्यासाठी उच्च-गुणवत्तेचा संदर्भ जीनोम असेंब्ली तयार केली गेली.जीनोम आकार सुमारे 530.6 Mb आहे.एकत्रित केलेल्या जीनोमची गुणवत्ता सत्यापित करण्यासाठी, अनुवांशिक नकाशा तुलना, BUSCO, NGS रीड असेंब्ली, OB हॅप्लोटाइपशी तुलना, अनुक्रम आधार त्रुटी दर नियंत्रण आणि जीनोम-व्यापी LTR असेंब्ली इंडेक्स मूल्य तपासणी (LAI=20.03) सारखे विश्लेषण आयोजित केले गेले.या संशोधनामुळे स्टेम प्रिकल्सची जटिल वारसा पद्धत आणि नियामक यंत्रणा प्रकट झाली आणि आम्हाला गुलाब जीवशास्त्र आणि महत्त्वाच्या वैशिष्ट्यांशी संबंधित माइन मॉलिक्युलर मार्करचा अभ्यास करण्यासाठी एक पाया आणि नवीन संसाधने प्रदान केली.
3. कुकुमिसमधील संश्लेषित अॅलोपोलिप्लॉइड्सचा संपूर्ण-जीनोम अनुक्रम अॅलोपोलिप्लोइडायझेशनच्या जीनोम उत्क्रांतीची अंतर्दृष्टी प्रकट करतो
सहयोगी सुविधा: नानजिंग कृषी विद्यापीठ
जर्नल: प्रगत विज्ञान
प्रभाव घटक: 16.801
या अभ्यासाने काकडी (C. sativus, 2n = 14) आणि त्याच्या जंगली सापेक्ष प्रजाती (C. hystrix, 2n = 24) आणि त्यानंतरच्या क्रोमोसोम डुप्लिकेशनमधील आंतरविशिष्ट संकरीकरण वापरून प्राप्त केलेल्या सिंथेटिक अॅलोटेट्राप्लॉइडच्या उच्च-गुणवत्तेच्या जीनोमची नोंद केली आहे, जी प्रथम आहे. पूर्णपणे क्रमबद्ध सिंथेटिक अॅलोपोलिप्लॉइड.जीनोमच्या असेंब्लीने “PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina” अनुक्रमाचा वर्कफ्लो लागू केला, परिणामी जीनोमचा आकार 530.8Mb झाला आणि N50 = 6.5Mb झाला.वाचन 19 स्यूडोक्रोमोसोम्स आणि सबजीनोम्सना नियुक्त केले गेले.परिणामांनी सूचित केले आहे की जीनोम डुप्लिकेशन ऐवजी संकरीकरणामुळे आण्विक आणि सीपी जीनोममध्ये बहुतेक जीनोमिक बदल होतात.हे सुचवले की स्थिर विषमता वाढीव ताण अनुकूलतेसह C.×हायटिव्हस प्रदान करते.परिणाम वनस्पती पॉलीप्लॉइडी उत्क्रांतीबद्दल नवीन अंतर्दृष्टी प्रदान करतात आणि भविष्यातील पिकांसाठी संभाव्य प्रजनन धोरण देतात.
4.तुलनात्मक जीनोमचे विश्लेषण ट्रान्सपोसॉन मेडिएटेड जीनोम विस्तार आणि कॉटनमधील 3D जीनोमिक फोल्डिंगची उत्क्रांती वास्तुकला हायलाइट करते
सहयोगी सुविधा: हुआझोंग कृषी विद्यापीठ
जर्नल: आण्विक जीवशास्त्र आणि उत्क्रांती
प्रभाव घटक: 16.242
या प्रकल्पाने तीन कापूस प्रजातींचे जीनोम एकत्र करण्यासाठी नॅनोपोर सिक्वेन्सिंगचा वापर केला: गॉसिपियम रोटुंडिफोलियम (K2, जीनोम आकार = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, जीनोम आकार = 1.62Gb, contigN0 = 1915), आणि. G. raimondii (D5, जीनोम आकार = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).सर्व तीन जीनोमपैकी 99% पेक्षा जास्त हाय-सी द्वारे एकत्र केले गेले.BUSCO विश्लेषणाचे परिणाम अनुक्रमे 92.5%, 93.9% आणि 95.4% आहेत.या सर्व आकड्यांवरून असे दिसून येते की तीन असेंबली जीनोम संदर्भ-दर्जाचे आहेत.तुलनात्मक जीनोम विश्लेषणाने वंश-विशिष्ट TE प्रवर्धनाचे तपशील दस्तऐवजीकरण केले जे मोठ्या जीनोम आकारातील फरकांना हातभार लावतात.हा अभ्यास वनस्पतींमध्ये उच्च-क्रम क्रोमॅटिन संरचनेच्या उत्क्रांतीमध्ये ट्रान्सपोसॉन-मध्यस्थ जीनोम विस्ताराच्या भूमिकेवर प्रकाश टाकतो.
5. क्रोमोसोम-स्केल असेंबली आणि बायोमास पिकाचे विश्लेषण मिसकॅन्थस ल्युटारियोरिपेरियस जीनोम
सहयोगी सुविधा: CAS सेंटर फॉर एक्सलन्स इन मॉलिक्युलर प्लांट सायन्सेस
जर्नल: नेचर कम्युनिकेशन्स
प्रभाव घटक: 14.912
या प्रकल्पाने ऑक्सफर्ड नॅनोपोर सिक्वेन्सिंग आणि हाय-सी तंत्रज्ञान एकत्र करून मिसकॅन्थस ल्युटारियोरिपेरियस जीनोमचे गुणसूत्र-स्केल असेंबली नोंदवली.2.07Gb असेंब्ली जीनोमच्या 96.64% कव्हर करते, 1.71 Mb च्या कंटिग N50 सह.एकूण अनुक्रमांपैकी सुमारे 94.30% 19 स्यूडोक्रोमोसोममध्ये अँकर केले गेले.BAC अनुक्रम, LAI मूल्यांकन, BUSCO मूल्यमापन, NGS डेटासह पुन्हा असेंब्ली, ट्रान्सक्रिप्टोम डेटाचे पुन: असेंब्ली यांच्याशी तुलना करून, जीनोमचे उच्च-गुणवत्ता आणि सातत्य म्हणून मूल्यांकन केले गेले.M. lutarioriparius च्या Allotetraploid मूळची सेंट्रोमेरिक उपग्रह पुनरावृत्ती वापरून पुष्टी केली जाते.M. lutarioriparius चे टॅन्डम डुप्लिकेट जीन्स केवळ तणावाच्या प्रतिसादाशी संबंधित नसून पेशीभिंतीच्या जैवसंश्लेषणाच्या दृष्टीने कार्यशील समृद्ध आहेत.जीन डुप्लिकेट कदाचित C4 प्रकाशसंश्लेषणात भूमिका बजावतात आणि कमी तापमानात Miscanthus C4 प्रकाशसंश्लेषणात योगदान देतात.संशोधनाने बारमाही वनस्पतींचा अभ्यास करण्यासाठी महत्त्वपूर्ण संदर्भ प्रदान केले.
6.एक गुणसूत्र-स्तरीय कॅम्पटोथेका एक्युमिनाटा जीनोम असेंब्ली कॅम्पटोथेसिन बायोसिंथेसिसच्या उत्क्रांतीच्या उत्पत्तीबद्दल अंतर्दृष्टी प्रदान करते
सहयोगी सुविधा: सिचुआन विद्यापीठ
जर्नल: नेचर कम्युनिकेशन्स
प्रभाव घटक: 14.912
या प्रकल्पाने उच्च-गुणवत्तेची, गुणसूत्र-स्तरीय C. एक्युमिनाटा जीनोम असेंबली नोंदवली, जीनोम आकार 414.95Mb आणि contingN50 1.47Mb.आम्हाला आढळले की C. acuminata एक स्वतंत्र संपूर्ण-जीनोम डुप्लिकेशन अनुभवते आणि त्यातून निर्माण झालेली असंख्य जीन्स कॅम्पटोथेसिन बायोसिंथेसिसशी संबंधित आहेत.LAMT जनुकाचे कार्यात्मक विचलन आणि दोन SLAS जनुकांची सकारात्मक उत्क्रांती, म्हणून, दोन्ही C. acuminata मधील कॅम्पटोथेसिन बायोसिंथेसिसमध्ये खूप योगदान देतात.परिणामांनी दुय्यम मेटाबोलाइटच्या उत्क्रांतीच्या उत्पत्तीमध्ये अनुवांशिक बदल ओळखण्यासाठी उच्च-गुणवत्तेच्या जीनोम असेंबलीच्या महत्त्वावर जोर दिला.
7. अ‍ॅलेल-परिभाषित जीनोम कसावा उत्क्रांती दरम्यान बायलेलिक भिन्नता प्रकट करते
सहयोगी सुविधा: चिनी अकादमी ऑफ ट्रॉपिकल अॅग्रिकल्चरल सायन्सेस
जर्नल: आण्विक वनस्पती
प्रभाव घटक: 13.162
या प्रकल्पाने पॅसिफिक बायोसायन्सेस (PacBio) सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मचा वापर करून contigN50 1.1Mb सह कसावासाठी संदर्भ जीनोम एकत्र केले.BUSCO, LAI निर्देशांक आणि उच्च-घनता अनुवांशिक नकाशाद्वारे मूल्यमापन केल्यानंतर, एकत्रित केलेल्या जीनोमची संदर्भ-श्रेणी म्हणून पुष्टी केली जाते.रिडंडंट प्रदेश ओळखले गेले आणि हाय-सी लिंक्स वापरून 18 स्यूडोक्रोमोसोमवर कॉन्टिग्ज अँकर केले गेले.कसावासाठी हा उच्च-गुणवत्तेचा आणि अ‍ॅलील-परिभाषित संदर्भ जीनोम समलिंगी गुणसूत्रांवर भिन्न द्वि-अ‍ॅलेल्स ओळखण्यासाठी मौल्यवान आहे, ज्यामुळे द्वि-अ‍ॅलील आणि त्यांच्या अंतर्निहित उत्क्रांती प्रेरक शक्तींचे भेदभाव आणि अभिव्यक्ती वर्चस्व शोधता येते.याने कसावा आणि इतर अत्यंत विषम पिकांमध्ये नवनवीन प्रजनन धोरणे सुलभ केली.
8.पॉलोनियाच्या जलद वाढ आणि पॉलोव्हनिया चेटकिणींच्या झाडूच्या निर्मितीबद्दल जीनोमिक अंतर्दृष्टी
सहयोगी सुविधा: हेनान कृषी विद्यापीठ
जर्नल: आण्विक वनस्पती
प्रभाव घटक: 13.162
या प्रकल्पाने 511.6 Mb आकारमानाचा पॉलोनिया फॉर्च्युनेईचा उच्च-गुणवत्तेचा आण्विक जीनोम एकत्र केला, ज्यामध्ये 93.2% अनुक्रम 20 स्यूडोक्रोमोसोम्सवर अँकर केले गेले.C3 प्रकाशसंश्लेषण आणि क्रॅसुलेशियन ऍसिड चयापचय मार्ग एकत्रित करून उच्च प्रकाशसंश्लेषण कार्यक्षमता प्राप्त केली जाते, ज्याने पौलोनिया झाडांच्या अत्यंत जलद वाढीच्या सवयीमध्ये योगदान दिले असावे.PaWB फायटोप्लाझ्माचे अतिरिक्त जीनोम अनुक्रम, कार्यात्मक विश्लेषणासह एकत्रित, असे सूचित करते की प्रभावक PaWB-SAP54 थेट Paulownia PfSPla शी संवाद साधतो, ज्यामुळे ubiquitin-मध्यस्थ मार्गाने PfSPLa ची झीज होते आणि witches च्या निर्मितीस कारणीभूत ठरते.डेटाने पॉलोनिअसच्या जीवशास्त्र आणि PaWB च्या निर्मितीसाठी नियामक यंत्रणेमध्ये महत्त्वपूर्ण अंतर्दृष्टी प्रदान केली.
प्राणी जीनोम - प्रजातींच्या उत्क्रांतीची खोल अंतर्दृष्टी
1.नॉटिलस पोम्पिलियसचा जीनोम डोळ्यांच्या उत्क्रांती आणि जैवखनिजीकरणास प्रकाशित करतो
सहयोगी सुविधा: साउथ चायना सी इन्स्टिट्यूट ऑफ ओशनोलॉजी, CAS
जर्नल: नैसर्गिक पर्यावरणशास्त्र आणि उत्क्रांती
प्रभाव घटक: 15.462
या प्रकल्पाने नॉटिलस पॉम्पिलियससाठी संपूर्ण जीनोम सादर केला.त्यात अनुक्रमित सेफॅलोपॉड्समध्ये किमान जीनोम आहे, जो 730.58Mb सह contigN50 = 1.1Mb आहे.BUSCO मूल्यांकनाचा निकाल 91.31% आहे.ट्रान्सक्रिप्टोम, प्रोटीओम, जीन फॅमिली आणि फिलोजेनेटिक विश्लेषणासह एकत्रित, या जीनोमने पिनहोल आय आणि बायोमिनेरलायझेशन सारख्या सेफॅलोपॉड नवकल्पनांवर एक मूलभूत संदर्भ प्रदान केला.संशोधनाने सूचित केले आहे की हॉक्स जनुक क्लस्टरच्या पूर्णतेवर होणारे नुकसान मोलस्कच्या शेलच्या गायब होण्याशी संबंधित असू शकते.महत्त्वाचे म्हणजे, जनुकांचे नुकसान, स्वतंत्र आकुंचन आणि विशिष्ट जनुक कुटुंबांचे विस्तार आणि त्यांच्याशी संबंधित नियामक नेटवर्कसह अनेक जीनोमिक नवकल्पनांमुळे नॉटिलस पिनहोल डोळ्याच्या उत्क्रांतीमध्ये बदल होण्याची शक्यता आहे.नॉटिलस जीनोमने उत्क्रांतीवादी परिस्थिती आणि जीनोमिक नवकल्पनांची पुनर्रचना करण्यासाठी मौल्यवान संसाधन तयार केले जे विद्यमान सेफॅलोपॉड्सला आकार देतात.
2.सीड्रॅगन जीनोम विश्लेषण त्याच्या फिनोटाइप आणि लिंग निर्धारण लोकसमध्ये अंतर्दृष्टी प्रदान करते
सहयोगी सुविधा: साउथ चायना सी इन्स्टिट्यूट ऑफ ओशनोलॉजी, CAS
जर्नल: सायन्स अॅडव्हान्सेस
प्रभाव घटक: 14.132
सामान्य सीड्रॅगन (फिलोप्टेरिक्स टेनिओलाटस) आणि त्याच्या जवळच्या संबंधित प्रजाती, अॅलिगेटर पाइपफिश (सिंग्नाथोइड्स बायक्युलेटस) च्या नोव्हो-अनुक्रमित नर आणि मादी जीनोम्सचा हा प्रकल्प आहे.Phyllopteryx taeniolatus साठी जीनोम आकार ~659 Mb（♂）आणि ~663 Mb（♀） आहे, 10.0Mb आणि 12.1mb च्या contigN50 सह.Phyllopteryx taeniolatus साठी जीनोम आकार 637 Mb（♂）आणि ~648 Mb（♀） आहे, 18.0Mb आणि 21.0Mb च्या contigN50 सह.फायलोजेनेटिक विश्लेषणाद्वारे, सामान्य सीड्रॅगन आणि अॅलिगेटर पाइपफिश हे सिन्ग्नाथिनेचे सिस्टर टॅक्सन आहेत आणि सुमारे 27.3 Ma पूर्वी वेगळे झाले आहेत.उत्क्रांतीवादी नवीनतेतील ट्रान्सक्रिप्शन प्रोफाइल, पानांसारखे परिशिष्ट, दर्शविते की सामान्यत: पंख विकासामध्ये गुंतलेल्या जनुकांचा संच तसेच संभाव्य ऊतक दुरुस्ती आणि रोगप्रतिकारक संरक्षण जनुकांसाठी ट्रान्स-स्क्रिप्टचे संवर्धन केले गेले आहे.कॉमन सीड्रॅगन आणि अॅलिगेटर पाइपफिशद्वारे सामायिक केलेल्या पुरुष-विशिष्ट amhr2y जनुकाचे एन्कोडिंग करणारे पुटेटिव्ह लिंग-निर्धारित लोकस ओळखले गेले.या प्रकल्पाने अनुकूली उत्क्रांतीच्या अभ्यासासाठी महत्त्वपूर्ण पुरावे प्रदान केले.
पोस्ट वेळ: सप्टेंबर-19-2022