GWAS
शीर्षक: संपूर्ण-जीनोम रिक्वेंसिंग ब्रॅसिका नेपस मूळ आणि अनुवांशिक लोकी त्याच्या सुधारणेत गुंतलेली असल्याचे प्रकट करते
जर्नल: निसर्ग संप्रेषण
NGS |WGS |अनुगमन |GWAS |ट्रान्सक्रिप्टोम |RNAseq |ब्रासिका नॅपस |उत्क्रांती |घरगुती
या अभ्यासात, बायोमार्कर टेक्नॉलॉजीजने एनजीएस सिक्वेन्सिंगवर सेवा, तसेच सिक्वेन्सिंग डेटावरील बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषणासाठी तांत्रिक सहाय्य प्रदान केले.
पार्श्वभूमी
ब्रासिका नॅपस(रेपसीड) हे एक महत्त्वाचे तेलबिया पीक आहे आणि पॉलीप्लॉइड स्पेशिएशन, उत्क्रांती आणि निवड प्रक्रिया तपासण्यासाठी एक उत्कृष्ट मॉडेल आहे.तथापि, वन्य प्रजाती किंवा पाळीव दाते हे पालकांचे पूर्वज होते आणि रेपसीडमध्ये पाळीव आणि सुधारणेस हातभार लावणारी जीन्स अद्याप अज्ञात आहेत.
साहित्य आणि पद्धती
साहित्य:५८८B. नॅपसआशियातील 466, युरोपमधील 102, उत्तर अमेरिकेतील 13 आणि ऑस्ट्रेलियातील 7 जणांचा समावेश या अभ्यासात समावेश होता.वाढीच्या सवयींच्या नोंदींवर आधारित, ही सामग्री तीन इकोटाइपमध्ये विभागली गेली;वसंत ऋतु (86 प्रवेश), हिवाळा (74 प्रवेश), आणि अर्ध-हिवाळा (428 प्रवेश).
अनुक्रम:सरासरी अंदाजे.5× (3.37× ते 7.71× पर्यंत)
अनुक्रम प्लॅटफॉर्म:इलुमिना हिसेक 4000
डेटा उत्पादन:4.03 Tb स्वच्छ डेटा
SNP कॉलिंग:BWA + GATK.5,294,158 SNPs आणि 1,307,151 InDels प्राप्त झाले.
परिणाम
बी नॅपसची उत्पत्ती
B. नॅपसयुरोपियन सलगमच्या पूर्वजापासून एक उपजीनोम विकसित झाला.युरोपियन सलगम ते द. पर्यंत जनुक प्रवाह घटनाB. napus एक सबजीनोम ~ 106-1170 वर्षांपूर्वी आला.B. नॅपससी सबजीनोम या वंशांच्या सामान्य पूर्वजापासून उत्क्रांत झाला असावा.चे पूर्वजB. नॅपसचार बी. ओलेरेसिया उपप्रजातींच्या सामान्य पूर्वजापासून विभक्त, अलीकडील जनुक प्रवाहासहB. नॅपस~ 108-898 वर्षांपूर्वी.B. नॅपससी सबजीनोमची उत्पत्ती ए सबजीनोमपेक्षा अधिक जटिल आहे.दरम्यान दोन्ही दोन सबजीनोममध्ये एक मजबूत अडथळे विकसित झालेB. नॅपसउत्क्रांतीहिवाळा आणि अर्ध-हिवाळाB. नॅपसइकोटाइप ~60 वर्षांपूर्वी वळले, तर हिवाळा आणि वसंत ऋतुB. नॅपस~ 416 वर्षांपूर्वी, आणि तेलबिया आणि गैर-तेलबियाB. नॅपस~ 277 वर्षांपूर्वी वळवले.
अंजीर. 2 लोकसंख्येची रचना 588 B. नॅपस ऍक्सेसन्स आणि 199 B. rapa ऍक्सेसन्स.
अंजीर. 3 588 B. नॅपस ऍक्सेसन्सची लोकसंख्या संरचना आणि B. oleracea ऍक्सेसन्सची 119
निवड सिग्नल आणि जीनोम-व्यापी असोसिएशन अभ्यास.
सुधारणेच्या पहिल्या टप्प्यात (FSI), A सबजीनोमपेक्षा B. नॅपस सी सबजीनोममध्ये अधिक अनुवांशिक विविधता नष्ट झाली.सुधारणेच्या दुसऱ्या टप्प्याच्या (SSI) तुलनेत FSI दरम्यान कमी अनुवांशिक भेदभाव झाला.SSI-निवड सिग्नल क्षेत्रांमधील जीन्स तणाव सहिष्णुता, विकास आणि चयापचय मार्गांमध्ये समृद्ध होते.10 लक्ष्य वैशिष्ट्यांसह 60 स्थाने लक्षणीयरीत्या संबंधित आहेत, ज्यात 5 बियाणे उत्पादनाशी संबंधित आहेत, 3 ते सिलिक लांबी, 4 तेल सामग्री आणि 48 बियाणे गुणवत्तेशी संबंधित आहेत.
अंजीर. 4 बी. नॅपसच्या SSI दरम्यान जीनोम-व्यापी स्कॅनिंग आणि निवडलेल्या प्रदेशांचे भाष्य
ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण
ग्लुकोसिनोलेट बायोसिंथेटिक प्रक्रियेशी संबंधित उच्च-तेल-सामग्री आणि दुहेरी-कमी कल्टिव्हर आणि कमी-तेल-सामग्री आणि दुहेरी-उच्च कल्टिव्हर ओळखलेल्या जीन्समधील 11 टिश्यूचा RNAseq डेटा लक्षणीयरीत्या जास्त प्रमाणात दर्शविला गेला.
अंजीर. 5 बी. नॅपसच्या इकोटाइप सुधारणेच्या निवडी अंतर्गत फुलांच्या वेळेच्या नियमनाचे विहंगावलोकन
चर्चा
या अभ्यासाने ची उत्पत्ती आणि सुधारणा इतिहास समजून घेण्यासाठी एक मौल्यवान संसाधन प्रदान केलेB. नॅपसआणि महत्त्वाच्या कृषीशास्त्रीय जटिल वैशिष्ट्यांच्या अनुवांशिक पायाचे विच्छेदन सुलभ करेल.अनुकूल रूपे, निवड संकेत आणि उमेदवार जीन्स यांच्याशी संबंधित महत्त्वपूर्ण SNPs भविष्यात मोठ्या प्रमाणावर योगदान देतील, विशेषत: या अलीकडील अॅलोपॉलीप्लॉइड पीक आणि त्याच्या नातेवाईकांचे उत्पादन, बियाणे गुणवत्ता, तेल सामग्री आणि अनुकूलता सुधारण्यात.
संदर्भ
संपूर्ण-जीनोम रिक्वेंसिंग ब्रॅसिका नेपस मूळ आणि अनुवांशिक लोकी त्याच्या सुधारणेमध्ये सामील असल्याचे प्रकट करते[J].निसर्ग संप्रेषण, 2019, 10(1).
बातम्या आणि ठळक बातम्या बायोमार्कर टेक्नॉलॉजीजसह नवीनतम यशस्वी प्रकरणे सामायिक करणे, नवीन वैज्ञानिक कामगिरी तसेच अभ्यासादरम्यान लागू केलेली प्रमुख तंत्रे कॅप्चर करणे हे उद्दिष्ट आहे.
पोस्ट वेळ: जानेवारी-05-2022