उच्च-थ्रूपुट जीनोटाइपिंग, विशेषत: मोठ्या प्रमाणावरील लोकसंख्येवर, अनुवांशिक संबंध अभ्यासातील एक मूलभूत पायरी आहे, जी कार्यात्मक जनुक शोध, उत्क्रांती विश्लेषण इत्यादीसाठी अनुवांशिक आधार प्रदान करते. संपूर्ण जीनोम री-सिक्वेंसिंगऐवजी, कमी प्रतिनिधित्व जीनोम अनुक्रम (RRGS) ) अनुवांशिक मार्कर शोधावर वाजवी कार्यक्षमता राखून, प्रति नमुना अनुक्रम खर्च कमी करण्यासाठी सादर केला आहे.हे सामान्यतः दिलेल्या आकाराच्या श्रेणीमध्ये प्रतिबंध तुकडा काढण्याद्वारे प्राप्त केले जाते, ज्याला कमी प्रतिनिधित्व लायब्ररी (RRL) असे नाव दिले जाते.स्पेसिफिक-लोकस अॅम्प्लीफाइड फ्रॅगमेंट सिक्वेन्सिंग (SLAF-Seq) हे मोठ्या लोकसंख्येच्या डी नोव्हो SNP शोध आणि SNP जीनोटाइपिंगसाठी एक स्वयं-विकसित धोरण आहे.
तांत्रिक कार्यप्रवाह
SLAF वि विद्यमान RRL पद्धती
SLAF चे फायदे
उच्च अनुवांशिक मार्कर शोध कार्यक्षमता- उच्च-थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग तंत्रज्ञानासह, SLAF-Seq संदर्भ जीनोमसह किंवा त्याशिवाय विविध संशोधन प्रकल्पांची विनंती पूर्ण करण्यासाठी संपूर्ण जीनोममध्ये शोधलेले शेकडो हजारो टॅग मिळवू शकते.
सानुकूलित आणि लवचिक प्रायोगिक डिझाइन- भिन्न संशोधन ध्येय किंवा प्रजातींसाठी, सिंगल-एंझाइम, ड्युअल-एंझाइम आणि मल्टी-एंझाइम पचनासह भिन्न एन्झाइमॅटिक पचन धोरण उपलब्ध आहेत.इष्टतम एन्झाइम डिझाइनची खात्री देण्यासाठी सिलिकोमध्ये पचन धोरणाचे पूर्व-मूल्यांकन केले जाईल.
एंजाइमॅटिक पचन मध्ये उच्च कार्यक्षमता- पूर्व-डिझाइन केलेले एंजाइमॅटिक पचन गुणसूत्रावर अधिक समान रीतीने वितरित SLAF प्रदान करते.तुकड्यांचे संकलन कार्यक्षमतेने 95% पेक्षा जास्त साध्य करू शकते.
पुनरावृत्तीचा क्रम टाळा– SLAF-Seq डेटामधील पुनरावृत्ती अनुक्रमाची टक्केवारी 5% पेक्षा कमी केली आहे, विशेषत: उच्च स्तरावरील पुनरावृत्ती घटक असलेल्या प्रजातींमध्ये, जसे की गहू, मका इ.
स्वयं-विकसित जैव सूचनात्मक कार्यप्रवाह- अंतिम आउटपुटची विश्वासार्हता आणि अचूकता सुनिश्चित करण्यासाठी BMK ने SLAF-Seq तंत्रज्ञानाला लागू होणारा एकात्मिक बायोइन्फॉर्मेटिक वर्कफ्लो विकसित केला आहे.
SLAF चा अर्ज
अनुवांशिक लिंकेज नकाशा
उच्च-घनता अनुवांशिक नकाशाचे बांधकाम आणि क्रायसॅन्थेमम (क्रिसॅन्थेमम एक्स मोरिफोलियम रॅमट.) मधील फ्लॉवर-प्रकारचे वैशिष्ट्य नियंत्रित करणारे लोकी ओळखणे.
जर्नल: फलोत्पादन संशोधन प्रकाशित: 2020.7
GWAS
जीनोम-वाइड असोसिएशन आणि लिंकेज मॅपिंग वापरून सोयाबीन बियाण्यांमध्ये आयसोफेव्होन सामग्रीशी संबंधित उमेदवार जनुकाची ओळख
जर्नल: प्लांट जर्नल प्रकाशित: 2020.08
उत्क्रांती आनुवंशिकी
लोकसंख्येचे जीनोमिक विश्लेषण आणि डे नोव्हो असेंबली एक उत्क्रांतीवादी खेळ म्हणून तणयुक्त तांदूळाचे मूळ प्रकट करते
जर्नल: आण्विक वनस्पती प्रकाशित: 2019.5
बल्केड सेग्रेगंट अॅनालिसिस (BSA)
GmST1, जे सल्फोट्रान्सफेरेस एन्कोड करते, सोयाबीन मोज़ेक व्हायरस स्ट्रेन G2 आणि G3 ला प्रतिकार देते
जर्नल: वनस्पती, सेल आणि पर्यावरण प्रकाशित: 2021.04
संदर्भ
सन एक्स, लिऊ डी, झांग एक्स, इ.SLAF-Seq: उच्च-थ्रूपुट अनुक्रम वापरून मोठ्या प्रमाणात डी नोवो SNP शोध आणि जीनोटाइपिंगची कार्यक्षम पद्धत[J].प्लॉस एक, 2013, 8(3):e58700
गाणे X, Xu Y, Gao K, et al.उच्च-घनता अनुवांशिक नकाशाचे बांधकाम आणि क्रायसॅन्थेमम (क्रिसॅन्थेमम × मोरिफोलियम रॅमट.) मधील फ्लॉवर-प्रकारचे गुणधर्म नियंत्रित करणार्‍या लोकींची ओळख.हॉर्टिक रा.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.जीनोम-वाइड असोसिएशन आणि लिंकेज मॅपिंग वापरून सोयाबीन बियाण्यांमधील आयसोफ्लाव्होन सामग्रीशी संबंधित उमेदवार जनुकाची ओळख.प्लांट जे. 2020;104(4): 950-963.
सन जे, मा डी, तांग एल, इ.लोकसंख्या जीनोमिक विश्लेषण आणि डी नोव्हो असेंब्ली उत्क्रांतीवादी खेळ म्हणून विडी राइसचे मूळ प्रकट करते.मोल प्लांट.2019;12(5):632-647.मोल प्लांट.2018;11(11):1360-1376.
झाओ X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, जे सल्फोट्रान्सफेरेस एन्कोड करते, सोयाबीन मोज़ेक व्हायरस स्ट्रेन G2 आणि G3 ला प्रतिकार देते.वनस्पती सेल वातावरण.2021;10.1111/pce.14066
पोस्ट वेळ: जानेवारी-०४-२०२२