मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग नैसर्गिक वातावरणात (जसे की माती, पाणी, समुद्र, विष्ठा आणि आतडे.) सूक्ष्मजंतू (युकेरियोट्स आणि प्रोकेरियोट्स दोन्ही) च्या जनुक अभिव्यक्तीची ओळख पटवते. विशेषत: या सेवा आपल्याला जटिल सूक्ष्मजीव समुदायांचे संपूर्ण जीन अभिव्यक्ती प्रोफाइलिंग प्राप्त करण्यास अनुमती देते, वर्गीकरणानुसार. प्रजातींचे, वेगळ्या पद्धतीने व्यक्त केलेल्या जनुकांचे कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण आणि बरेच काही.