पूर्ण-लांबीचे mRNA अनुक्रम-नॅनोपोर
सेवा फायदे
● कमी क्रम पूर्वाग्रह
● पूर्ण-लांबीचे cDNA रेणू प्रकट करणे
● समान संख्येतील प्रतिलेख कव्हर करण्यासाठी कमी डेटा आवश्यक आहे
● प्रति जनुक अनेक आयसोफॉर्म्सची ओळख
● isoform पातळी मध्ये अभिव्यक्ती परिमाण
सेवा तपशील
| लायब्ररी | प्लॅटफॉर्म | शिफारस केलेले डेटा उत्पन्न (Gb) | गुणवत्ता नियंत्रण |
| cDNA-PCR(पॉली-ए समृद्ध) | नॅनोपोर प्रोमेथिओन P48 | 6 Gb/नमुना (प्रजातींवर अवलंबून) | पूर्ण-लांबीचे प्रमाण＞70% सरासरी गुणवत्ता स्कोअर: Q10
|
बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषण
●रॉ डेटा प्रोसेसिंग
● उतारा ओळख
● पर्यायी स्प्लिसिंग
● जनुक पातळी आणि आयसोफॉर्म पातळीमध्ये अभिव्यक्ती प्रमाणीकरण
● विभेदक अभिव्यक्ती विश्लेषण
● कार्य भाष्य आणि संवर्धन (DEGs आणि DETs)
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
नमुना आवश्यकता:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| Conc.(ng/μl) | रक्कम (μg) | पवित्रता | सचोटी |
| ≥ १०० | ≥ ०.६ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलवर मर्यादित किंवा कोणतेही प्रथिने किंवा डीएनए दूषित नाही. | वनस्पतींसाठी: RIN≥7.0; प्राण्यांसाठी: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; मर्यादित किंवा बेसलाइन उंची नाही |
ऊती: वजन (कोरडे): ≥1 ग्रॅम
*5 मिग्रॅ पेक्षा लहान टिश्यूसाठी, आम्ही फ्लॅश फ्रोझन (द्रव नायट्रोजनमध्ये) ऊतक नमुना पाठविण्याची शिफारस करतो.
सेल निलंबन: सेल संख्या = 3×106- 1×107
*आम्ही फ्रोझन सेल लाइसेट पाठवण्याची शिफारस करतो.त्या सेलची संख्या 5×10 पेक्षा लहान असल्यास5, द्रव नायट्रोजनमध्ये फ्लॅश गोठविण्याची शिफारस केली जाते, जे सूक्ष्म निष्कर्षणासाठी श्रेयस्कर आहे.
रक्ताचे नमुने: मात्रा≥1 मिली
शिफारस केलेले नमुना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
नमुना लेबलिंग: गट+प्रतिकृती उदा. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
शिपमेंट: 2、ड्राय-बर्फ: नमुने पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
- RNAstable tubes: RNA नमुने RNA स्थिरीकरण ट्यूब (उदा. RNAstable®) मध्ये वाळवले जाऊ शकतात आणि खोलीच्या तापमानात पाठवले जाऊ शकतात.
सेवा कार्य प्रवाह
न्यूक्लियोटाइड्स:
नमुना वितरण
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
सेवा कार्य प्रवाह
ऊती:
प्रयोग डिझाइन
नमुना वितरण
आरएनए काढणे
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
1.विभेदक अभिव्यक्ती विश्लेषण - ज्वालामुखी प्लॉट
विभेदक अभिव्यक्ती विश्लेषणाची प्रक्रिया भिन्नपणे व्यक्त केलेली जीन्स (DEGs) ओळखण्यासाठी जनुक स्तरावर आणि भिन्न ओळखण्यासाठी isoform स्तरावर केली जाऊ शकते.
व्यक्त प्रतिलेख (डीईटी)
2.श्रेणीबद्ध क्लस्टरिंग हीटमॅप
3. पर्यायी स्प्लिसिंग ओळख आणि वर्गीकरण
पाच प्रकारच्या पर्यायी स्प्लिसिंग इव्हेंट्सचा अंदाज अस्टलाविस्टाद्वारे केला जाऊ शकतो.
4.पॉली-ए च्या 50 bp वर पर्यायी पॉली-एडेनिलेशन (APA) इव्हेंट ओळख आणि मोटिफ
बीएमके केस
नॅनोपोर पूर्ण-लांबीच्या ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमाद्वारे पर्यायी स्प्लिसिंग ओळख आणि आयसोफॉर्म-स्तरीय प्रमाणीकरण
प्रकाशित:नेचर कम्युनिकेशन्स, २०२०
अनुक्रम धोरण:
गटबद्धता: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E उत्परिवर्तन);3. सामान्य बी-पेशी
सिक्वेन्सिंग स्ट्रॅटेजी: MinION 2D लायब्ररी सिक्वेन्सिंग, PromethION 1D लायब्ररी सिक्वेन्सिंग;समान नमुन्यांवरील शॉर्ट-रीड डेटा
सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्म: नॅनोपोर मिनियन;नॅनोपोर प्रोमेथिओन;
मुख्य परिणाम
1.Isoform-स्तरीय पर्यायी स्प्लिसिंग ओळख
लांब-वाचलेले अनुक्रम उत्परिवर्ती SF3B1 ओळखण्यास सक्षम करतातK700E-आयसोफॉर्म-स्तरावर स्प्लिस साइट्स बदलल्या.35 पर्यायी 3′SSs आणि 10 पर्यायी 5′SSs SF3B1 मध्ये लक्षणीयरीत्या विभक्त केलेले आढळले.K700Eआणि SF3B1WT.35 पैकी 33 फेरफार दीर्घ-वाचलेल्या अनुक्रमांद्वारे नव्याने शोधण्यात आले.
2.Isoform-स्तरीय पर्यायी स्प्लिसिंग प्रमाणीकरण
SF3B1 मध्ये इंट्रोन रिटेन्शन (IR) isoforms ची अभिव्यक्तीK700Eआणि SF3B1WTSF3B1 मधील IR isoforms चे जागतिक डाउन-रेग्युलेशन उघड करून, नॅनोपोर सीक्वेन्सच्या आधारे परिमाण ठरविण्यात आले.K700E.
संदर्भ
तांग एडी, सॉलेट सीएम, बेरेन एमजेव्ही, इ.क्रॉनिक लिम्फोसाइटिक ल्युकेमियामधील SF3B1 उत्परिवर्तनाचे पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेखन, राखून ठेवलेल्या इंट्रोन्सचे डाउनरेग्युलेशन प्रकट करते[J].निसर्ग संप्रेषण.
