अनुक्रम मोड | लायब्ररीचा आकार | सैद्धांतिक डेटाउत्पन्न (प्रति सेल) | सिंगल-बेसअचूकता | अर्ज |
CLR | 20Kb, 30Kb, इ. | 80 Gb ते 130 Gb | अंदाजे८५% | डी नोव्हो, SV कॉलिंग इ. |
CCS | 15-20 Kb | 14 ते 40 Gb/सेल (सिक्वेल II) 70 ते 110 Gb/सेल (Revio) नमुन्यांवर अवलंबून असते | अंदाजे९९% | डी नोव्हो, SNP/Indel/SV कॉलिंग, Iso-Seq, |
अटी | सिक्वेल II प्रणाली | Revio प्रणाली | वाढवा |
जास्त घनता | 8 दशलक्ष ZMWs | 25 दशलक्ष ZMW | 3x |
स्वतंत्र टप्पे | 1 | 4 | 4x |
धावण्याच्या कमी वेळा | 30 तास | 24 तास | 1.25x |
30X HiFi मानवी जीनोम / वर्ष | 88 | १,३०० | 1एकूण 5x |
● PacBio सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मवर विविध प्रजातींसह हजारो बंद प्रकल्पांसह 8 वर्षांचा अनुभव.
● अद्ययावत PacBio सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मसह पूर्णपणे सुसज्ज आहे, पुरेशा सिक्वेन्सिंग थ्रूपुटची हमी देण्यासाठी Revio.
● जलद टर्न-अराउंड वेळ, उच्च डेटा उत्पन्न आणि अधिक अचूक डेटा.
● शेकडो उच्च-प्रभाव PacBio-आधारित प्रकाशनांमध्ये योगदान दिले.
नमुना प्रकार | रक्कम | एकाग्रता (Qubit®) | खंड | पवित्रता | इतर |
जीनोमिक डीएनए | डेटा आवश्यकता अवलंबून | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; 260 nm वर स्पष्ट शिखर,कोणतेही प्रदूषण नाही | एकाग्रता क्यूबिट आणि क्यूबिट/नॅनोपोर = ०.८-२.५ द्वारे मोजली जाणे आवश्यक आहे |
एकूण आरएनए | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;कोणतेही प्रदूषण नाही | RIN मूल्य ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
1. घरातील डेटा उत्पन्न
63 CCS पेशींमधून (26 प्रजातींमधून) डेटा व्युत्पन्न
डेटा-PacBio-CCS-15 Kb | सरासरी | कमाल | मि | मध्यक |
उत्पन्न - सबरीड (Gb) | ४२१.१२ | ५४४.२७ | 221.38 | ४२६.५८ |
Yiled - CCS(Gb) | २५.९३ | ३८.५९ | १०.८६ | २५.४३ |
पॉलिमरेझ एन 50 | १४५,६५१ | १७५,४३० | 118,118 | १४४,६८९ |
सबब्रेड N50 | १७,५०९ | २३,९२४ | १२,४८५ | १७,५८४ |
CCS N50 | १४,४९० | १९,०३४ | ९,८७६ | १४,७४७ |
सरासरी लांबी-पॉलिमरेझ | ६७,९९५ | ८९,३७९ | ४९,६६४ | ६६,४३३ |
सरासरी लांबी-सबब्रेड्स | १५,८६६ | २१,०३६ | 11,657 | १६,०१२ |
सरासरी लांबी-CCS | १४,४८९ | १९,०७४ | ८,५७५ | १४,६५५ |
16 CLR पेशींमधून व्युत्पन्न केलेला डेटा (76 प्रजातींमधून)
DATA-PacBio-CLR-30Kb | सरासरी | कमाल | मि | मध्यक |
उत्पन्न - सबरीड (Gb) | 142.20 | २९१.४० | ५०.५५ | १४२.४९ |
पॉलिमरेझ एन 50 | ३९,४५६ | १२१,१९१ | १५,३८९ | 35,231 |
सबब्रेड N50 | २८,४९० | ४१,०१२ | १४,४३० | २९,०६३ |
सरासरी लांबी-पॉलिमरेझ | २२,०६३ | ४८,८८६ | ८,७४७ | २१,५५५ |
सरासरी लांबी-सबब्रेड्स | १७,७२० | २७,२२५ | ८,२९३ | १७,७७९ |
2. डेटा QC - डेमोडेटा उत्पन्नावरील आकडेवारी
नमुना | ccs वाचन संख्या | एकूण सीसीएस बेस (बीपी) | ccs रीड्स N50 (bp) | ccs सरासरी लांबी (bp) | ccs सर्वात लांब वाचन (bp) | सबरीड बेस (bp) | सीसीएस दर(%) |
PB_BMKxxx | ३,४४४,१५९ | ५४,१६४,१२२,५८६ | १५,७२८ | १५,७२६ | 36,110 | ८६३,३२६,३३०,४६५ | ६.२७ |