उत्पादने

16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-PacBio

16S/18S/ITS Amplicon अनुक्रमण-PacBio वैशिष्ट्यीकृत प्रतिमा

16S आणि 18S rRNA वरील सबयुनिट ज्यामध्ये उच्च संरक्षित आणि हायपर-व्हेरिएबल दोन्ही प्रदेश आहेत हे प्रोकेरियोटिक आणि युकेरियोटिक जीव ओळखण्यासाठी एक परिपूर्ण आण्विक फिंगरप्रिंट आहे.सिक्वेन्सिंगचा फायदा घेऊन, हे अॅम्प्लिकॉन संरक्षित भागांच्या आधारे लक्ष्यित केले जाऊ शकतात आणि सूक्ष्मजीव ओळखण्यासाठी हायपर-व्हेरिएबल क्षेत्र पूर्णपणे वैशिष्ट्यीकृत केले जाऊ शकतात जे सूक्ष्मजीव विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फायलोजेनी इत्यादींचा समावेश असलेल्या अभ्यासांमध्ये योगदान देतात. सिंगल-मॉलिक्युल रिअल-टाइम(SMRT) ) PacBio प्लॅटफॉर्मचे अनुक्रम अत्यंत अचूक लांब रीड्स प्राप्त करण्यास सक्षम करते, जे पूर्ण-लांबीचे amplicons (अंदाजे 1.5 Kb) कव्हर करू शकते.अनुवांशिक क्षेत्राच्या विस्तृत दृश्यामुळे जीवाणू किंवा बुरशी समुदायातील प्रजाती भाष्यातील रिझोल्यूशन मोठ्या प्रमाणात वाढले.

प्लॅटफॉर्म:PacBio सिक्वेल II

आमच्याशी संपर्क साधा

सेवा तपशील

डेमो परिणाम

केस स्टडी

सेवा फायदे

● 16S/18S/ITS चा पूर्ण-लांबीचा क्रम प्रकट करणारे दीर्घ-वाचन

● PacBio CCS मोड सिक्वेन्सिंगसह अत्यंत अचूक बेस कॉलिंग

● OTU/ASV भाष्यातील प्रजाती-स्तरीय रिझोल्यूशन

● डेटाबेस, भाष्य, OTU/ASV च्या दृष्टीने विविध विश्लेषणांसह नवीनतम QIIME2 विश्लेषण प्रवाह.

● विविध सूक्ष्मजीव समुदाय अभ्यासांना लागू

● BMK कडे माती, पाणी, वायू, गाळ, विष्ठा, आतडे, त्वचा, किण्वन मटनाचा रस्सा, कीटक, वनस्पती इ. झाकून 100,000 हून अधिक नमुने/वर्षासोबत विस्तृत अनुभव आहे.

● BMKCloud 45 वैयक्तिक विश्लेषण साधने असलेले डेटा इंटरप्रिटेशन सुलभ करते

सेवा तपशील

अनुक्रमप्लॅटफॉर्म	लायब्ररी	शिफारस केलेला डेटा	कार्यवाही पूर्ण
PacBio सिक्वेल II	SMRT-घंटा	5K/10K/20K टॅग	44 कामाचे दिवस

बायोइन्फॉरमॅटिक्स विश्लेषण

● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण

● OTU क्लस्टरिंग/डी-आवाज(ASV)

● OTU भाष्य

● अल्फा विविधता

● बीटा विविधता

● आंतर-समूह विश्लेषण

● प्रायोगिक घटकांविरुद्ध असोसिएशन विश्लेषण

● कार्य जनुक अंदाज

नमुना आवश्यकता आणि वितरण

नमुना आवश्यकता:

च्या साठीडीएनए अर्क:

नमुना प्रकार	रक्कम	एकाग्रता	पवित्रता
डीएनए अर्क	> 1 μg	20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

पर्यावरणीय नमुन्यांसाठी:

नमुना प्रकार	शिफारस केलेली नमुना प्रक्रिया
माती	नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;उरलेला वाळलेला पदार्थ पृष्ठभागावरून काढून टाकणे आवश्यक आहे;मोठे तुकडे बारीक करा आणि 2 मिमी फिल्टरमधून जा;आरक्षणासाठी निर्जंतुकीकरण EP-ट्यूब किंवा सायरोट्यूबमध्ये अलिकट नमुने.
विष्ठा	नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुक EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अॅलिकोट नमुने गोळा करा.
आतड्यांसंबंधी सामग्री	अॅसेप्टिक स्थितीत नमुन्यांची प्रक्रिया करणे आवश्यक आहे.पीबीएससह गोळा केलेले ऊतक धुवा;पीबीएस सेंट्रीफ्यूज करा आणि EP-ट्यूबमध्ये प्रक्षेपक गोळा करा.
गाळ	नमुना रक्कम: अंदाजे.5 ग्रॅम;आरक्षणासाठी निर्जंतुक EP-ट्यूब किंवा क्रायोट्यूबमध्ये अलिकट गाळाचा नमुना गोळा करा
पाणवठा	नळाचे पाणी, विहिरीचे पाणी इत्यादीसारख्या मर्यादित प्रमाणात सूक्ष्मजीव असलेल्या नमुन्यासाठी, कमीतकमी 1 लिटर पाणी गोळा करा आणि पडद्यावरील सूक्ष्मजीव समृद्ध करण्यासाठी 0.22 μm फिल्टरमधून जा.पडदा निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये साठवा.
त्वचा	त्वचेच्या पृष्ठभागावर निर्जंतुकीकरण सूती घासून किंवा सर्जिकल ब्लेडने काळजीपूर्वक स्क्रॅप करा आणि ते निर्जंतुकीकरण ट्यूबमध्ये ठेवा.

शिफारस केलेले नमुना वितरण

नमुने द्रव नायट्रोजनमध्ये 3-4 तासांसाठी गोठवा आणि द्रव नायट्रोजनमध्ये किंवा -80 अंश ते दीर्घकालीन आरक्षणामध्ये ठेवा.कोरड्या बर्फासह नमुना शिपिंग आवश्यक आहे.

सेवा कार्य प्रवाह

नमुना वितरण

ग्रंथालय बांधकाम

अनुक्रम

डेटा विश्लेषण

विक्रीनंतर सेवा

मागील: 16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-एनजीएस

पुढे: उच्च थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग (ATAC-seq) सह ट्रान्सपोसेस-अॅक्सेसिबल क्रोमॅटिनसाठी परख

1. V3+V4(इल्युमिना)-आधारित मायक्रोबियल कम्युनिटी प्रोफाइलिंग विरुद्ध पूर्ण-लांबीचा (PacBio)-आधारित प्रोफाइलिंगचा भाष्य दर.
(यादृच्छिकपणे निवडलेल्या 30 प्रकल्पांचा डेटा आकडेवारीसाठी लागू करण्यात आला होता)

2.विविध नमुना प्रकारांमध्ये प्रजाती-स्तरावर पूर्ण-लांबीच्या अॅम्प्लिकॉन अनुक्रमणाचा भाष्य दर

3. प्रजातींचे वितरण

4.फिलोजेनेटिक झाड

बीएमके केस

आर्सेनिक एक्सपोजरमुळे आतड्यांतील अडथळ्याचे नुकसान होते आणि परिणामी आतडे-यकृत अक्ष सक्रिय होते ज्यामुळे बदकांमध्ये यकृताचा दाह आणि पायरोप्टोसिस होतो.

प्रकाशित:एकूण पर्यावरणाचे विज्ञान,2021

अनुक्रम धोरण:

नमुने: नियंत्रण वि 8 mg/kg ATO उघड गट
अनुक्रम डेटा उत्पन्न: एकूण 102,583 कच्चे CCS अनुक्रम
नियंत्रण: 54,518 ± 747 प्रभावी CCS
ATO- उघड : 45,050 ± 1675 प्रभावी CCS

मुख्य परिणाम

अल्फा विविधता:ATO प्रदर्शनामुळे बदकांमधील आतड्यांसंबंधी सूक्ष्मजीव समृद्धता आणि विविधता लक्षणीयरीत्या बदलली.

मेटास्टॅट्सचे विश्लेषण:
फाइलम पातळीमध्ये: 2 जीवाणू फायला फक्त नियंत्रण गटांमध्ये आढळतात
वंशाच्या पातळीमध्ये: सापेक्ष विपुलतेमध्ये 6 प्रजाती लक्षणीय भिन्न आढळल्या
प्रजातींच्या पातळीवर: एकूण 36 प्रजाती ओळखल्या गेल्या, त्यापैकी 6 रिलेव्हेव्ह विपुलतेमध्ये लक्षणीय भिन्न आहेत

संदर्भ

थिंगहोम, LB , et al."टाइप 2 मधुमेह असलेल्या आणि त्याशिवाय लठ्ठ व्यक्ती वेगवेगळ्या आतड्यांसंबंधी सूक्ष्मजीव कार्यक्षम क्षमता आणि रचना दर्शवतात."सेल होस्ट आणि सूक्ष्मजीव26.2 (2019).