Бүхэл бүтэн транскриптомын дараалал - Illumina
Онцлогууд
● Бүрэн транскриптомыг дараалалд оруулах хос номын сан: рРНХ-ийн хомсдол, дараа нь PE150 номын сан бэлтгэх, хэмжээ сонгох, дараа нь SE50 номын сан бэлтгэх
● Биоинформатикийн тусдаа тайланд mRNA, lncRNA, circRNA болон miRNA-ийн биоинформатикийн бүрэн шинжилгээ хийх.
● ЦеРНХ сүлжээний шинжилгээ зэрэг нэгдсэн тайлан дахь бүх РНХ илэрхийлэлд хамтарсан шинжилгээ хийх.
Үйлчилгээний давуу тал
●Зохицуулалтын сүлжээнүүдийн гүнзгий дүн шинжилгээ: ceRNA сүлжээний шинжилгээ нь mRNA, lncRNA, circRNA болон miRNA-ийн хамтарсан дараалал, нарийн биоинформатик ажлын урсгалаар идэвхждэг.
●Цогц тайлбар: бид Дифференциал илэрхийлэгдсэн генүүдийг (DEGs) функциональ байдлаар тэмдэглэж, транскриптомын хариу урвалын үндэс болсон эсийн болон молекулын үйл явцын талаар ойлголт өгөхийн тулд харгалзах баяжуулалтын шинжилгээг хийхийн тулд олон мэдээллийн санг ашигладаг.
●Өргөн цар хүрээтэй туршлага: Төрөл бүрийн судалгааны чиглэлээр 2000 гаруй бүхэл бүтэн транскриптомын төслийг амжилттай хааж чадсан туршлагатай манай баг төсөл бүрт баялаг туршлага авчирдаг.
●Чанарын хатуу хяналт: Бид дээж, номын сан бэлтгэхээс эхлээд дараалал, биоинформатик хүртэлх бүх үе шатанд үндсэн хяналтын цэгүүдийг хэрэгжүүлдэг.Энэхүү нягт нямбай хяналт нь өндөр чанартай үр дүнг тогтмол хүргэх боломжийг олгодог.
● Бүрэн тайлбар: бид Дифференциал илэрхийлэгдсэн генүүдийг (DEGs) функциональ байдлаар тэмдэглэж, транскриптомын хариу урвалын үндэс болсон эсийн болон молекулын үйл явцын талаар ойлголт өгөхийн тулд харгалзах баяжуулалтын шинжилгээг хийхийн тулд олон мэдээллийн санг ашигладаг.
●Борлуулалтын дараах дэмжлэг: Бидний амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс давж, борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаа юм.Энэ хугацаанд бид үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултыг шийдвэрлэхийн тулд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, асуулт хариултын сессүүдийг санал болгодог.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Дараалсан стратеги | Өгөгдлийг санал болгож байна | Чанарын шалгалт |
| рРНХ хомсдсон | Illumina PE150 | 16 Гб | Q30≥85% |
| Хэмжээ сонгосон | Illumina SE50 | 10-20 сая уншдаг |
Загвар шаардлага:
Нуклеотидууд:
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр байдал | Шударга байдал |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | Ургамал: RIN≥6.5 Амьтан: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Контейнер:
2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Хүргэлт:
1.Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2.RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Биоинформатик
РНХ-ийн илэрхийлэлийн тойм
Дифференциал илэрхийлэгдсэн генүүд
ceRNA шинжилгээ
Дифференциалаар илэрхийлэгдсэн миРНХ болон холбогдох РНХ
BMKGene-ийн бүхэл бүтэн транскриптомын дараалал тогтоох үйлчилгээгээр хийсэн судалгааны дэвшлийг сонгон шалгаруулсан нийтлэлийн цуглуулгаар судлаарай.
Дай, Y. нар.(2022) 'РНХ-ийн дараалал тогтоох замаар тодорхойлсон Кашин-Бек өвчний mRNAs, lncRNAs болон miRNAs-ийн иж бүрэн илэрхийллийн профайл', Молекул Омикс, 18(2), 154-166 хуудас.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Өвөлжих үеийн Чанбай уулын Апис церанагийн хүйтэнд тэсвэртэй байдлын бүрэн хэмжээний транскриптомын шинжилгээ.', Ген, 830, хуудас 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Ван, XJ нар.(2022) 'Уушигны жижиг эсийн хорт хавдар дахь өрсөлдөөнт эндоген РНХ зохицуулалтын сүлжээнүүдийн олон төрлийн интеграцчлалд суурилсан тэргүүлэх чиглэл: молекулын шинж чанар ба эмийн нэр дэвшигчид', Онкологийн хүрээ, 12, х.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'LncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-ийн экспрессийн профайлын нэгдсэн шинжилгээ нь самрын үндэс-зангилаа нематодуудад хариу үйлдэл үзүүлэх боломжит механизмуудын талаарх шинэ ойлголтыг харуулж байна', BMC Genomics, 23(1), хуудас 1-12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/ЗУРАГ/7.
Yan, Z. et al.(2022) 'Бүтэн транскриптомын РНХ-ийн дараалал нь улаан LED цацрагаар цэцэгт байцааны ургац хураалтын дараах чанарыг хадгалахтай холбоотой молекулын механизмыг онцолдог', Ургац хураалтын дараах биологи ба технологи, 188, х.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
