-
Нэг цөмт РНХ-ийн дараалал
Нэг эсийг барьж авах, номын сан байгуулах техникийг өндөр үр дүнтэй дараалалтай хослуулсан нь генийн экспрессийг эс тус бүрээр судлах боломжийг олгодог.Энэ нь нарийн төвөгтэй эсийн популяци дээр илүү гүнзгий бөгөөд бүрэн системийн дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог бөгөөд энэ нь бүх эсийн дундажийг авах замаар тэдний нэг төрлийн бус байдлыг далдлахаас ихээхэн зайлсхийдэг.
Гэсэн хэдий ч зарим эсийг нэг эсийн суспенз болгоход тохиромжгүй байдаг тул дээж бэлтгэх өөр аргууд - эд эсээс цөм гаргаж авах шаардлагатай, өөрөөр хэлбэл цөмийг эд эс эсвэл эсээс шууд гаргаж аваад нэг цөмт суспенз болгон бэлтгэдэг. эсийн дараалал.
BMK нь 10 × Genomics ChromiumTM-д суурилсан нэг эсийн РНХ дарааллын үйлчилгээг үзүүлдэг.Энэ үйлчилгээг дархлааны эсийн ялгарал, хавдрын нэг төрлийн бус байдал, эд эсийн хөгжил гэх мэт өвчинтэй холбоотой судалгаанд өргөн ашигладаг.
Орон зайн транскриптомын чип: 10 × Геном
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
Ургамал/амьтны бүхэл геномын дараалал
WGS гэгддэг бүхэл геномын дахин дараалал нь нэг нуклеотидын полиморфизм (SNP), оруулах устгалт (InDel), бүтцийн өөрчлөлт (SV), хуулбарын дугаарын өөрчлөлт (CNV) зэрэг бүх геномын нийтлэг ба ховор мутацуудыг илрүүлэх боломжийг олгодог. ).SVs нь SNP-ээс илүү өөрчлөлтийн суурийн илүү их хэсгийг бүрдүүлдэг бөгөөд амьд организмд чухал нөлөө үзүүлдэг геномд илүү их нөлөө үзүүлдэг.Удаан уншсан дахин дараалал нь том фрагментууд болон төвөгтэй өөрчлөлтүүдийг илүү нарийвчлалтай тодорхойлох боломжийг олгодог, учир нь урт унших нь тандемийн давталт, GC/AT-аар баялаг бүсүүд, хэт хувьсах бүсүүд гэх мэт нарийн төвөгтэй бүс нутгуудын хромосомын хөндлөн огтлолцлыг илүү хялбар болгодог.
Платформ: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Орон зайн транскриптом
Орон зайн транскриптомик нь шинжлэх ухааны инновацийн тэргүүн эгнээнд зогсож, судлаачдад орон зайн нөхцөл байдлыг хадгалахын зэрэгцээ эд эс доторх генийн илэрхийллийн нарийн төвөгтэй хэлбэрийг судлах боломжийг олгодог.Төрөл бүрийн платформуудын дунд BMKGene нь BMKManu S1000 орон зайн транскриптомын чипийг бүтээсэн бөгөөдсайжруулсан нарийвчлал5μM, дэд эсийн хязгаарт хүрч, идэвхжүүлнэолон түвшний нарийвчлалын тохиргоо.Ойролцоогоор 2 сая цэг бүхий S1000 чип нь орон зайн зураасан кодтой камер бүхий бөмбөлгүүдийгээр давхарласан бичил цооногийг ашигладаг.Орон зайн бар кодоор баяжуулсан cDNA номын санг S1000 чипээс бэлтгэж, дараа нь Illumina NovaSeq платформ дээр дараалуулдаг.Орон зайн бар кодтой дээж болон UMI-ийн хослол нь үүсгэсэн өгөгдлийн нарийвчлал, өвөрмөц байдлыг баталгаажуулдаг.BMKManu S1000 чипний өвөрмөц шинж чанар нь олон талт байдал, янз бүрийн эд эс, нарийвчлалын түвшинд нарийн тааруулж болох олон түвшний нарийвчлалын тохиргоог санал болгодог.Энэхүү дасан зохицох чадвар нь чипийг орон зайн транскриптомикийн олон төрлийн судалгаанд хамгийн сайн сонголт болгож, хамгийн бага дуу чимээтэй орон зайн нарийн бөөгнөрөлийг баталгаажуулдаг.
BMKManu S1000 чип болон бусад орон зайн транскриптомикийн технологийг ашиглан судлаачид эсийн орон зайн зохион байгуулалт, эдэд тохиолддог нарийн төвөгтэй молекулын харилцан үйлчлэлийн талаар илүү сайн ойлголттой болж, биологийн үйл явцын үндсэн механизмын талаар үнэлж баршгүй ойлголтыг өгдөг. онкологи, мэдрэл судлал, хөгжлийн биологи, дархлаа судлал, ургамал судлал.
Платформ: BMKManu S1000 чип ба Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Орон зайн транскриптомик нь судлаачдад орон зайн нөхцөл байдлыг хадгалахын зэрэгцээ эд эсийн доторх генийн илэрхийллийн хэв маягийг судлах боломжийг олгодог хамгийн сүүлийн үеийн технологи юм.Энэ домэйны нэг хүчирхэг платформ бол 10x Genomics Visium бөгөөд Illumina дараалалтай хослуулсан.10X Visium-ийн зарчим нь эд эсийн хэсгүүдийг байрлуулсан тусгай зориулалтын барих хэсэг бүхий тусгай чип дээр байрладаг.Энэхүү зураг авалтын хэсэгт зураасан кодтой цэгүүд байдаг бөгөөд тус бүр нь эд доторх орон зайн өвөрмөц байршилд тохирсон байдаг.Дараа нь урвуу транскрипцийн явцад эд эсээс авсан РНХ молекулуудыг өвөрмөц молекул танигч (UMIs) -аар тэмдэглэнэ.Эдгээр зураасан кодтой цэгүүд болон UMI-ууд нь орон зайн нарийн зураглал, генийн илэрхийлэлийг нэг эсийн нарийвчлалтайгаар тодорхойлох боломжийг олгодог.Орон зайн бар кодтой дээж болон UMI-ийн хослол нь үүсгэсэн өгөгдлийн нарийвчлал, өвөрмөц байдлыг баталгаажуулдаг.Энэхүү орон зайн транскриптомикийн технологийг ашигласнаар судлаачид эсийн орон зайн зохион байгуулалт, эдэд тохиолддог нарийн төвөгтэй молекулын харилцан үйлчлэлийн талаар илүү гүнзгий ойлголттой болж, онкологи, мэдрэл судлал, хөгжлийн биологи, дархлаа судлал зэрэг олон салбарын биологийн үйл явцын үндсэн механизмын талаар үнэлж баршгүй ойлголтыг санал болгодог. , болон ботаникийн судалгаа.
Платформ: 10X Genomics Visium болон Illumina NovaSeq
-
Бүрэн урттай мРНХ-ийн дараалал-нанопор
NGS-д суурилсан мРНХ-ийн дараалал нь генийн илэрхийлэлийг тодорхойлох олон талт хэрэгсэл болдог ч богино уншихад найдах нь нарийн төвөгтэй транскриптомийн шинжилгээнд түүний үр нөлөөг хязгаарладаг.Нөгөө талаас, нанопорын дараалал нь урт уншигдах технологийг ашигладаг бөгөөд энэ нь бүрэн хэмжээний мРНХ транскриптийг дараалалд оруулах боломжийг олгодог.Энэ арга нь альтернатив залгаас, генийн нэгдэл, поли-аденилжилт, мРНХ-ийн изоформын хэмжээг тодорхойлох цогц судалгааг хөнгөвчилдөг.
Нано нүх сүвний дараалал нь нанопорын нэг молекулын бодит цагийн цахилгаан дохион дээр тулгуурладаг.Хөдөлгүүрийн уургуудаар удирдуулсан давхар хэлхээтэй ДНХ нь био хальсанд шингэсэн нанопорын уургуудтай холбогдож, хүчдэлийн зөрүүний дор нанопорын сувгаар дамжин тайлагддаг.ДНХ-ийн хэлхээн дээрх өөр өөр сууриудаас үүссэн өвөрмөц цахилгаан дохиог бодит цаг хугацаанд илрүүлж, ангилж, нуклеотидын үнэн зөв, тасралтгүй дарааллыг хөнгөвчилдөг.Энэхүү шинэлэг арга нь богино унших хязгаарлалтыг даван туулж, нарийн төвөгтэй геномын шинжилгээ хийх динамик платформоор хангадаг бөгөөд транскриптомийн цогц судалгааг багтаасан болно.
Платформ: Nanopore Promethion P48
-
Бүрэн хэмжээний мРНХ-ийн дараалал - PacBio
NGS-д суурилсан мРНХ-ийн дараалал нь генийн илэрхийлэлийг тодорхойлох олон талт хэрэгсэл боловч богино уншихад найдах нь нарийн төвөгтэй транскриптомийн шинжилгээнд ашиглахыг хязгаарладаг.Нөгөө талаас PacBio дараалал (Iso-Seq) нь урт уншигдах технологийг ашигладаг бөгөөд энэ нь бүрэн хэмжээний мРНХ транскриптийг дараалалд оруулах боломжийг олгодог.Энэ арга нь генийн экспрессийн хэмжилтийн үндсэн сонголт биш хэдий ч өөр залгалт, генийн нэгдэл, поли-адениляцийн цогц судалгааг хөнгөвчилдөг.
PacBio дараалал тогтоох технологи нь нэг молекул, бодит цагийн (SMRT) дараалалд тулгуурладаг бөгөөд энэ нь бүрэн хэмжээний мРНХ хуулбарыг авах онцгой давуу талыг бий болгодог.Энэхүү шинэлэг арга нь тэг горимын долгионы хөтлүүр (ZMWs), дараалал тогтоох явцад ДНХ полимеразын идэвхийг бодит цаг хугацаанд ажиглах боломжийг олгодог микрофабрик худгийг ашиглах явдал юм.Эдгээр ZMW-ийн хүрээнд PacBio-ийн ДНХ полимераза нь ДНХ-ийн нэмэлт хэлхээг нэгтгэж, мРНХ-ийн транскриптийг бүхэлд нь хамарсан урт уншилтуудыг үүсгэдэг.Circular Consensus Sequencing (CCS) горим дахь PacBio ажиллагаа нь ижил молекулыг дахин дахин дараалалд оруулснаар нарийвчлалыг сайжруулдаг.Үүсгэсэн HiFi уншилтууд нь NGS-тэй дүйцэхүйц нарийвчлалтай бөгөөд транскриптомийн нарийн төвөгтэй шинж чанаруудын иж бүрэн, найдвартай дүн шинжилгээ хийхэд хувь нэмэр оруулдаг.Платформ: PacBio Sequel II
-
Эукариот мРНХ-ийн дараалал-Illumina
мРНХ-ийн дараалал нь тодорхой нөхцөлд эсийн доторх бүх мРНХ транскриптийг цогцоор нь тодорхойлох боломжийг олгодог.Энэхүү дэвшилтэт технологи нь биологийн янз бүрийн үйл явцтай холбоотой генийн экспрессийн нарийн төвөгтэй профайл, генийн бүтэц, молекулын механизмыг илчлэх хүчирхэг хэрэгсэл болж үйлчилдэг.Суурь судалгаа, эмнэлзүйн оношлогоо, эм боловсруулахад өргөн хэрэглэгдэж байгаа мРНХ-ийн дараалал нь эсийн динамик болон генетикийн зохицуулалтын нарийн ширийнийг ойлгох боломжийг олгодог.
Платформ: Illumina NovaSeq X
-
Лавлагаа бус mRNA дараалал-Illumina
мРНХ-ийн дараалал нь тодорхой нөхцөлд эсийн доторх бүх мРНХ транскриптийг цогцоор нь тодорхойлох боломжийг олгодог.Энэхүү дэвшилтэт технологи нь биологийн янз бүрийн үйл явцтай холбоотой генийн экспрессийн нарийн төвөгтэй профайл, генийн бүтэц, молекулын механизмыг илчлэх хүчирхэг хэрэгсэл болж үйлчилдэг.Суурь судалгаа, эмнэлзүйн оношлогоо, эм боловсруулахад өргөн хэрэглэгдэж байгаа мРНХ-ийн дараалал нь эсийн динамик болон генетикийн зохицуулалтын нарийн ширийнийг ойлгох боломжийг олгодог.
Платформ: Illumina NovaSeq X
-
Урт кодчилолгүй дараалал-Illumina
Урт кодчилдоггүй РНХ (lncRNAs) нь 200-аас урт нуклеотид бүхий РНХ бөгөөд хамгийн бага кодлох чадвартай бөгөөд кодлогддоггүй РНХ-ийн гол элементүүд юм.Цөм болон цитоплазмд агуулагддаг эдгээр РНХ нь эпигенетик, транскрипцийн болон транскрипцийн дараах зохицуулалтад чухал үүрэг гүйцэтгэдэг бөгөөд эсийн болон молекулын үйл явцыг бүрдүүлэхэд тэдний ач холбогдлыг онцолж байна.LncRNA дараалал нь эсийн ялгаа, онтогенез, хүний өвчлөлийн хүчирхэг хэрэгсэл юм.
Платформ: Illumina NovaSeq
-
Жижиг РНХ-ийн дараалал-Illumina
Жижиг РНХ (sRNA) молекулууд нь ихэвчлэн 200-аас доош нуклеотид урттай, микроРНХ (миРНХ), жижиг хөндлөнгийн РНХ (siRNAs) болон piwi-харилцаж буй РНХ (piRNAs) орно.Эдгээрийн дотроос 20-24 нуклеотидын урттай миРНХ нь эсийн янз бүрийн үйл явц дахь зохицуулах гол үүрэгтэйгээрээ онцгой ач холбогдолтой юм.Өвөрмөц эд, үе шаттай илэрхийлэлийн загвартай бол миРНХ нь янз бүрийн зүйлүүдэд өндөр хадгалалттай байдаг.
Платформ: Illumina NovaSeq
-
circRNA дараалал-Illumina
Дугуй РНХ-ийн дараалал (circRNA-seq) нь каноник бус залгах үйл явдлуудын улмаас хаалттай гогцоо үүсгэдэг РНХ молекулуудын анги болох дугуй РНХ-ийн профайлж, дүн шинжилгээ хийх бөгөөд эдгээр РНХ-ийн тогтвортой байдлыг нэмэгдүүлдэг.Зарим циркРНХ нь микроРНХ хөвөн болж, микроРНХ-г тусгаарлаж, зорилтот мРНХ-ээ зохицуулахаас сэргийлдэг нь нотлогдсон бол бусад циркРНХ нь уурагтай харилцан үйлчилж, генийн илэрхийлэлийг зохицуулж эсвэл эсийн үйл явцад үүрэг гүйцэтгэдэг.circRNA экспрессийн шинжилгээ нь эдгээр молекулуудын зохицуулалтын үүрэг, тэдгээрийн эсийн янз бүрийн үйл явц, хөгжлийн үе шат, өвчний нөхцөл дэх ач холбогдлын талаархи ойлголтыг өгч, генийн илэрхийллийн хүрээнд РНХ-ийн зохицуулалтын нарийн төвөгтэй байдлын талаар илүү гүнзгий ойлголттой болоход хувь нэмэр оруулдаг.
-
Бүхэл бүтэн транскриптомын дараалал - Illumina
Бүхэл бүтэн транскриптомын дараалал нь кодлогч (mRNA) болон кодчилдоггүй РНХ (lncRNA, circRNA, miRNA) хоёуланг нь багтаасан олон төрлийн РНХ молекулуудын профайлыг тодорхойлох цогц аргыг санал болгодог.Энэ техник нь тухайн агшинд тодорхой эсийн транскриптомыг бүрэн дүрслэн авч, эсийн үйл явцыг цогцоор нь ойлгох боломжийг олгодог."Нийт РНХ-ийн дараалал" гэж нэрлэдэг бөгөөд энэ нь транскриптомын түвшинд нарийн зохицуулалтын сүлжээг нээх зорилготой бөгөөд өрсөлдөгч эндоген РНХ (ceRNA) болон хамтарсан РНХ-ийн шинжилгээ зэрэг гүнзгий дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог.Энэ нь функциональ шинж чанарыг тодорхойлох, ялангуяа circRNA-miRNA-mRNA-д суурилсан ceRNA-ийн харилцан үйлчлэлийг хамарсан зохицуулалтын сүлжээг задлах эхний алхамыг харуулж байна.
