ГЕНОМЫН ХУВЬСАЛ
Genome De novo
Ассемблей|Хүйс тодорхойлох Бүхэл бүтэн дарааллын ажил болон хэсэгчилсэн биоинформатик үйлчилгээг Biomarker Techonologies компани гүйцэтгэсэн.
Хийсвэр
"Далайн луугийн гайхамшигт фенотип нь навч шиг хавсралтууд, шүдгүй гуурсан ам, бордсон өндөгийг задгай "үхрийн хэсэг" дээр өсгөвөрлөсөн эр жирэмслэлт зэрэг орно.Бид энгийн далайн луу (Phyllopteryx taeniolatus) болон түүнтэй ойр холбоотой зүйл болох матар загасны (Syngnathoides biaculeatus) эр, эм геномуудыг шинэ дарааллаар нь авч үзсэн.Хувьслын шинэлэг зүйл болох навчтай төстэй хавсралтуудын транскрипцийн профайл нь сэрвээний хөгжилд ихэвчлэн оролцдог генүүдийн багцыг сонгон авч, эд эсийг нөхөн сэргээх, дархлаа хамгаалах генийг баяжуулах транскриптийг баяжуулсан болохыг харуулж байна.Бүх сингнатидад алдагддаг scpp5-ийн тахө мутантуудад залгиурын шүд байхгүй эсвэл гажигтай болох нь тогтоогдсон нь scpp5-ийн алдагдал нь сингнатидын шүдийг алдахад нөлөөлсөн гэсэн таамаглалыг баталж байна.Энгийн далайн луу болон матар загасны хуваалцдаг эр хүний өвөрмөц amhr2y генийг кодлодог хүйс тодорхойлох локусыг тодорхойлсон. ”
Материал ба арга:
Материал
Fбидний нийтлэг далайн луу (P. taeniolatus) болон хоёр матар хоолой загас (S. biaculeatus) сорьц.Хоёр энгийн далайн луу (нэг эр, нэг эм), хоёр матар загас (нэг эрэгтэй, нэг эм) биеийг бүхэлд нь геномын дараалал тогтооход, өөр хоёр эрэгтэй энгийн далайн лууг геномын дарааллыг тогтооход ашигласан.
Геномын дараалал тогтоох стратеги
270/350 bp номын сан (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Үргэлжлэл) эсвэл Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). дараалал, мөн өөр хоёр эрэгтэй энгийн далайн луу биетийг геномын дахин дараалал тогтооход ашигласан.
Транскриптомын дараалал
Fэсвэл энгийн далайн луу, тархи, нүд, заламгай, элэг, зүрх, бөөр, голт судас, гэдэс, булчин, сэрвээ, арьс, навч хэлбэрийн хавсралт, төмсөг, өндгөвч зэргийг цуглуулсан.
Genome de novo угсралтын стратеги
Canu (Залруулах) + WTDBG2 (Ассамблей) + Pilon (Польш) + Lachesis (Hi-C).
Үндсэн үр дүн
Зураг 1. Энгийн далайн луу (P. taeniolatus) ба матар гуурсан загасны (S. biaculeatus) гол шинж чанарууд ба тэдгээрийн филогенетик байрлал.
Зураг 2. Энгийн далайн луу (P. taeniolatus) дахь навчтай төстэй хавсралтуудын морфологи, генетикийн бүтэц.
Зураг 3. Энгийн далайн луу (P. taeniolatus) ба матар загасны (S. biaculeatus) хүйс тодорхойлох ген.
Зураг 4. Зебра загас scpp5 гомозигот мутант дахь залгиурын шүдний фенотип.
Шуудангийн цаг: 2022 оны 1-р сарын 08-ны хооронд