ГЕНОМЫН ХУВЬСАЛ, ПАНГЕНОМ
Пан-геном гэж юу вэ?
Хуримтлагдсан нотолгоонууд нь төрөл зүйлийн өөр өөр омгийн хоорондын ялгаа асар их байж болохыг харуулж байна.Ганц геном нь нэг зүйлийн генетикийн мэдээллийг бүхэлд нь олж авахад хангалттай биш юм.Пан-геномын судалгааны зорилго нь төрөл зүйлийн илүү иж бүрэн геномын графикийг олж авах, олон тооны омгийн геномын де ново угсралтыг хийх замаар шинж чанар, генетикийн код хоорондын хамаарлыг тайлах явдал юм.
Пан-геномын судалгааны чиг хандлага
Зураг 1 Пан-геномын хэвлэгдсэн судалгааны нийтлэлүүдийн чиг хандлага.
Тайлбар: Зурагт Nature, Cell, Science цуврал сэтгүүлд нийтлэгдсэн нийтлэлийн гарчгийг хайхад "пан-геном"-ыг түлхүүр үг болгон авсан үр дүнг харуулж байна.
а.Олон дээжээс уншсан мэдээллийг лавлагаатай зэрэгцүүлж, тэгшлээгүйг шинэ контиг болгон угсардаг.Эдгээр шинэ контигуудыг анхны лавлагааны дараалалд нэмснээр пангеномын лавлагааг үүсгэж болно.Бүх уншилтыг пангеном руу буцааж буулгасны үндсэн дээр хуваарилах бүсүүдийг тодорхойлно.
б.Олон тооны нэгдлийн геномын шинэ угсралт нь геномын бүхэл бүтэн уялдаа холбоог ашиглан геномын бүс нутгийг тодорхойлох боломжийг олгодог.
в.Пан-геномын графикийг бүхэлд нь геномын тэгшитгэлээс эсвэл де ново графикийн угсралтаар байгуулж болох бөгөөд энэ нь хуваарилагдах бүсүүдийн хувилбарын мэдээллийг графикаар дамжуулан өвөрмөц зам болгон үр дүнтэй хадгалдаг.
Пан геномыг хэрхэн бүтээх вэ?
Зураг 2 Пан-геномын аргуудын харьцуулалт1
а.Олон дээжээс уншсан мэдээллийг лавлагаатай зэрэгцүүлж, тэгшлээгүйг шинэ контиг болгон угсардаг.Эдгээр шинэ контигуудыг анхны лавлагааны дараалалд нэмснээр пангеномын лавлагааг үүсгэж болно.Бүх уншилтыг пангеном руу буцааж буулгасны үндсэн дээр хуваарилах бүсүүдийг тодорхойлно.
б.Олон тооны нэгдлийн геномын шинэ угсралт нь геномын бүхэл бүтэн уялдаа холбоог ашиглан геномын бүс нутгийг тодорхойлох боломжийг олгодог.
в.Пан-геномын графикийг бүхэлд нь геномын тэгшитгэлээс эсвэл де ново графикийн угсралтаар байгуулж болох бөгөөд энэ нь хуваарилагдах бүсүүдийн хувилбарын мэдээллийг графикаар дамжуулан өвөрмөц зам болгон үр дүнтэй хадгалдаг.
Саяхан хэвлэгдсэн Пан-геномууд
● Хүчингийн пан-геномууд2
● Улаан лоолийн геномууд 3
● Цагаан будааны тогоо -геном4
● Наранцэцгийн Пан-геном5
● Шар буурцгийн геном 6
● Цагаан будааны геном7
● Арвайн Пан-геном8
● Улаан буудайн Пан-геном9
● Соргоны Пан-геном10
● Фитопланктон Пан-геном11
Лавлагаа
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes нь шинэ лавлагаа юм.Nat ургамал.2020;6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Сон Ж.М, Гуан З, Ху Ж, нар.Найман өндөр чанартай геном нь Брассика напусын пан-геномын бүтэц, экотипийн ялгааг харуулж байна.Nat ургамал.2020;6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Гао Л, Гонда I, Sun H, нар.Улаан лоолийн тогоо геном нь шинэ ген, жимсний амтыг зохицуулдаг ховор аллелийг илрүүлдэг.Нат Женет.2019;51(6):1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Жао Цю, Фэн Ч, Лу Х, нар.Пан-геномын шинжилгээ нь таримал болон зэрлэг будааны геномын өөрчлөлтийн цар хүрээг онцолж өгдөг [нийтлэгдсэн залруулга Nat Genet-д гарсан.2018 оны 8-р сар;50(8):1196].Нат Женет.2018;50(2):278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Наранцэцгийн геномын шинжилгээ нь эрлийзжилт нь генийн агууламж, өвчинд тэсвэртэй байдлыг өөрчилсөн болохыг харуулж байна.Nat ургамал.2019;5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Лю Ю, Ду Х, Ли П, нар.Зэрлэг болон таримал шар буурцгийн Пан-геном.Эс.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Цинь П, Лу Х, Ду Х, нар.33 генийн янз бүрийн будааны нэгдлийн пан-геномын шинжилгээ нь далд геномын өөрчлөлтийг илрүүлсэн [хэвлэхээс өмнө онлайнаар нийтлэгдсэн, 2021 оны 5-р сарын 25].Эс.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Арвайн пан-геном нь мутацийн үржүүлгийн далд өвийг илчилдэг.Байгаль.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Олон тооны улаан буудайн геномууд нь орчин үеийн үржүүлгийн дэлхийн өөрчлөлтийг харуулж байна.Байгаль.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Тао Ы, Луо Х, Шү Ж, нар.Таримал болон зэрлэг соргогийн геномын өргөн хүрээний өөрчлөлт [хэвлэхээс өмнө онлайнаар нийтлэгдсэн, 2021 оны 5-р сарын 20].Nat ургамал.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Фитопланктон пангеном нь янз бүрийн функцүүдийн прокариотуудын хэвтээ генийн өргөн шилжилтийг илрүүлдэг.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.2020 оны 4-р сарын 29-нд нийтлэгдсэн. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Шуудангийн цаг: 2022-01-04