GWAS
Гарчиг: Бүтэн геномын дараалал нь Brassica napus-ийн гарал үүсэл, түүнийг сайжруулахад оролцдог генетикийн байршлыг илрүүлдэг.
Сэтгүүл: Байгалийн харилцаа холбоо
NGS |WGS |Дахин дараалал тогтоох |GWAS |Транскриптом |RNAseq |Brassica napus |Хувьсал |Гэрийн ахуй
Энэхүү судалгаанд Biomarker Technologies нь NGS дараалалд үйлчилгээ үзүүлэхээс гадна дарааллын өгөгдөл дээр биоинформатик шинжилгээ хийх техникийн дэмжлэг үзүүлсэн.
Суурь
Brassica napus(рапс) нь чухал тосны үр тариа бөгөөд полиплоид төрөлжилт, хувьсал, сонголтын үйл явцыг судлах маш сайн загвар юм.Гэсэн хэдий ч зэрлэг зүйл эсвэл гаршуулсан донорууд нь рапсыг гаршуулж, сайжруулахад нөлөөлсөн эцэг эхийн удам угсаа, ген мөн эсэх нь тодорхойгүй байна.
Материал ба арга
Материал:588B. napusЭнэхүү судалгаанд Азиас 466, Европоос 102, Хойд Америкаас 13, Австралиас 7 хүн оролцов.Өсөлтийн зуршлын бүртгэлд үндэслэн эдгээр материалыг гурван экотипт хуваасан;хавар (86 удаа), өвөл (74 удаа), хагас өвөл (428 удаа).
Дараалал:Дунджаар ойролцоогоор.5× (3.37×-аас 7.71× хүртэл)
Дараалсан платформ:Illumina Hiseq 4000
Өгөгдлийн үйлдвэрлэл:4.03 Tb цэвэр өгөгдөл
SNP дуудлага:BWA + GATK.5,294,158 SNP, 1,307,151 InDels авсан.
Үр дүн
B. napus-ийн гарал үүсэл
B. napusДэд геном нь Европын манжингийн өвөг дээдэсээс үүссэн.Европын манжингаас генийн урсгалын үйл явдалB. napus Дэд геном ~106-1170 жилийн өмнө үүссэн.B. napusC дэд геном нь эдгээр удам угсааны нийтлэг өвөг дээдсээс үүссэн байж магадгүй юм.өвөг дээдэсB. napusB. oleracea-ийн дөрвөн дэд зүйлийн нийтлэг өвөгөөс хуваагдсан бөгөөд сүүлийн үеийн ген ньB. napus~108-898 жилийн өмнө.B. napusС дэд геном нь А дэд геномоос илүү төвөгтэй гарал үүсэлтэй.Энэ үеэр хоёр дэд геномын аль алинд нь хүчтэй бөглөрөл үүссэнB. napusхувьсал.Өвөл, хагас өвөлB. napusӨвөл, хаврын улиралд экотипүүд ~60 жилийн өмнө хуваагдсанB. napus~416 жилийн өмнө салсан ба тосны болон тосны бус ургамалB. napus~277 жилийн өмнө салсан.
Зураг 2 588 B. napus accessions болон 199 B. rapa элсэлтийн популяцийн бүтэц.
Зураг 3 588 B. napus accessions болон 119 B. oleracea нэгдлүүдийн популяцийн бүтэц.
Сонгох дохио ба геномын өргөн хүрээний холбоо судалгаа.
Сайжруулах эхний үе шатанд (FSI) B. napus C дэд геномд А дэд геномоос илүү генетикийн олон янз байдал алдагдсан.FSI-ийн үед удамшлын ялгаа нь сайжруулалтын хоёр дахь үе шат (SSI) үетэй харьцуулахад бага гарсан.SSI сонгон шалгаруулах дохионы бүс дэх генүүд нь стрессийг тэсвэрлэх чадвар, хөгжил, бодисын солилцооны замд баяжсан.Үрийн гарцтай холбоотой 5, цахиурын урттай 3, тосны агууламжтай 4, үрийн чанарт 48 зэрэг 10 зорилтот шинж чанартай холбоотой 60 байршил тогтоогдсон.
Зураг 4 B. napus-ийн SSI-ийн үед сонгосон бүс нутгуудын геномын хэмжээнд сканнердсан болон тэмдэглэгээ.
Транскриптомын шинжилгээ
Глюкозинолат биосинтезийн үйл явцтай холбоотой генүүд нь тослог ихтэй, давхар багатай сортын болон тослог багатай, давхар өндөр сортын 11 эд эсийн RNAseq өгөгдөл нь илт хэтэрсэн байна.
Зураг 5 B. napus-ийн сайжруулалтын экотипийг сонгохдоо цэцэглэлтийн цаг хугацааны зохицуулалтын тойм.
Хэлэлцүүлэг
Энэхүү судалгаа нь түүний гарал үүсэл, сайжруулалтын түүхийг ойлгоход үнэтэй эх сурвалж болсонB. napusмөн агрономийн нарийн төвөгтэй шинж чанаруудын генетикийн үндсийг задлахад хялбар болгоно.Тааламжтай хувилбарууд, сонгон шалгаруулах дохио, нэр дэвшигч генүүдтэй холбоотой чухал SNP нь ирээдүйд, ялангуяа сүүлийн үеийн аллополиплоид ургацын ургац, үрийн чанар, тосны агууламж, дасан зохицох чадварыг сайжруулахад ихээхэн хувь нэмэр оруулна.
Лавлагаа
Бүтэн геномын дарааллыг тогтоох нь Brassica napus-ийн гарал үүсэл, түүнийг сайжруулахад оролцдог генетикийн байршлыг илрүүлдэг[J].Байгалийн харилцаа холбоо, 2019, 10(1).
Мэдээ, онцлох үйл явдал Хамгийн сүүлийн үеийн амжилттай тохиолдлуудыг Biomarker Technologies-тэй хуваалцах, шинжлэх ухааны шинэ ололт амжилт, судалгааны явцад ашигласан онцлох арга техникийг олж авах зорилготой.
Шуудангийн цаг: 2022-01-05