Мэдээ

Transposable элемент (TE) олшруулалт нь геномын хэмжээ тэлэлт, хувьслыг зуучлах хөдөлгөгч хүч гэж хүлээн зөвшөөрөгдсөн боловч 3D геномын архитектурыг бүрдүүлэх үр дагавар нь ургамалд тодорхойгүй хэвээр байна.Энд бид геномын хэмжээ нь 3 дахин их байдаг гурван зүйлийн хөвөнгийн лавлагаа зэрэглэлийн геномын цуглуулгыг мэдээлэв.Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), баГ. raimondii(D5), Oxford Nanopore Technologies ашиглан.Харьцуулсан геномын шинжилгээ нь геномын том хэмжээний ялгаа (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb) үүсэхэд хувь нэмрээ оруулдаг удам угсаагаар тодорхойлогдсон TE олшруулалтын нарийн ширийнийг баримтжуулж, геномуудын харьцангуй хадгалагдсан генийн агууламж ба синтенийн хамаарлыг харуулдаг.Синтеник генүүдийн ойролцоогоор 17% нь идэвхтэй ("A") болон идэвхгүй ("B") тасалгааны хооронд хроматин төлөвийн өөрчлөлтийг харуулдаг бөгөөд TE олшрох нь генийн бүс дэх А тасалгааны эзлэх хувь (~ 7000 ген) нэмэгдсэнтэй холбоотой болохыг бид олж мэдсэн. ) D5-тай харьцуулахад K2 ба A2-д.Гурван геномын дунд топологийн холбоот домэйны (TAD) хил хязгаарын зөвхөн 42% нь хадгалагдан үлджээ.Бидний өгөгдөл нь удамшлын өвөрмөц TAD-ийн хил хязгаарыг бий болгосны дараа TE-ийн сүүлийн үед олшруулсан болохыг харуулж байна.Энэхүү судалгаа нь ургамал дахь дээд эрэмбийн хроматин бүтцийн хувьсалд транспозоноор дамжсан геномын тэлэлт ямар үүрэг гүйцэтгэдэг болохыг харуулсан.