Урт кодчилолгүй дараалал-Illumina
Үйлчилгээний давуу тал
● Үйлчилгээний давуу тал
● Эс болон эд эсийн өвөрмөц
● Тодорхой үе шат нь динамик илэрхийлэлийн өөрчлөлтийг илэрхийлж, танилцуулдаг
● Цаг хугацаа, орон зайн илэрхийллийн нарийн хэв маяг
● mRNA өгөгдөлтэй хамтарсан шинжилгээ.
● BMKCloud-д суурилсан үр дүнг хүргэх: Платформ дээр тохируулсан өгөгдөл олборлох боломжтой.
● Төсөл дууссанаас хойш 3 сарын хугацаанд хүчинтэй борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Платформ | Санал болгож буй өгөгдөл | Өгөгдлийн QC |
| рРНХ-ийн хомсдол | Illumina PE150 | 10 Гб | Q30≥85% |
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр байдал | Шударга байдал |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | Ургамлын хувьд: RIN≥6.5; Амьтны хувьд: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
Нуклеотидууд:
Эд: Жин (хуурай): ≥1 гр
*5 мг-аас бага хэмжээтэй эдэд бид хөлдөөсөн (шингэн азотын) эдийн дээжийг илгээхийг зөвлөж байна.
Эсийн суспенз: Эсийн тоо = 3×107
* Бид хөлдөөсөн эсийн лизатыг тээвэрлэхийг зөвлөж байна.Энэ эсийн тоо 5×10-аас бага байвал5, шингэн азотоор хөлдөөсөн флаш хийхийг зөвлөж байна.
Цусны дээж:
PA×genBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол ба 2 мл цус (ТРИзол: Цус = 3: 1)
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Хүргэлт:
1.Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2.RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Биоинформатик
1.LncRNA ангилал
Дээрх дөрвөн программ хангамжийн таамагласан LncRNA-г 4 ангилалд ангилсан: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;мэдрэмж-LncRNA.LncRNA ангиллыг доорх гистограммд үзүүлэв.
LncRNA ангилал
2.DE-lncRNA баяжуулалтын шинжилгээний Cis зорилтот генүүд
ClusterProfiler-ийг биологийн процесс, молекулын үйл ажиллагаа, эсийн бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн хувьд дифференциалаар илэрхийлэгдсэн lncRNA (DE-lncRNA)-ийн cis-зорилтот генүүд дээр баяжуулах шинжилгээнд ашигласан.GO баяжуулалтын шинжилгээ нь бүх геномтой харьцуулахад DEG-д чиглэсэн мэдэгдэхүйц баяжуулсан GO нэр томъёог тодорхойлох үйл явц юм.Баяжуулсан нэр томьёог доор үзүүлсэн шиг гистограмм, хөөс график гэх мэтээр үзүүлэв.
DE-lncRNA баяжуулалтын шинжилгээний cis-targeted генүүд -Bubble chart
3. mRNA болон lncRNA-ийн урт, экзон тоо, ORF болон илэрхийллийн хэмжээг харьцуулснаар бид тэдгээрийн хоорондын бүтэц, дараалал гэх мэт ялгааг ойлгохоос гадна бидний таамагласан шинэ lncRNA ерөнхий шинж чанаруудтай нийцэж байгаа эсэхийг шалгах боломжтой.
BMK хэрэг
KRAS-G12D мутаци ба P53 нокаут бүхий хулганы уушигны аденокарциномын зохицуулалтгүй lncRNA экспрессийн профайл
Нийтэлсэн:Эсийн болон молекулын анагаах ухааны сэтгүүл,2019 он
Дараалсан стратеги
Иллюмина
Дээж цуглуулга
Өвөрмөц вирусын халдварын 6 дахь өдөр NONMMUT015812-ийн эсрэг KP (shRNA-2) эсүүд болон сөрөг хяналтын (sh-Scr) эсүүдийг авсан.
Гол үр дүн
Энэхүү судалгаа нь P53 нокаут болон KrasG12D мутаци бүхий хулганы уушигны аденокарцинома дахь хэвийн бус илэрхийлэгдсэн lncRNA-уудыг судалсан.
1.6424 lncRNA-г ялгаатай байдлаар илэрхийлсэн (≥ 2 дахин өөрчлөлт, P <0.05).
2.Бүх 210 lncRNAs(FC≥8) дотроос 11 lncRNA-ийн илрэлийг P53, 33 lncRNA-г KRAS, 13 lncRNA-г анхдагч КП эсүүдэд гипокси тус тус зохицуулсан.
3.NONMMUT015812 нь хулганы уушигны аденокарциномад гайхалтай зохицуулалттай, P53 дахин илэрхийлэлээр сөрөг зохицуулалттай байсан нь эсийн үйл ажиллагааг шинжлэхэд илэрсэн.
4. NONMMUT015812-г shRNA-уудаар устгаснаар KP эсийн тархалт болон шилжих чадварыг бууруулсан.NONMMUT015812 нь боломжит онкоген байсан.
 NONMMUT015812 КП эсүүд дэх дифференциалаар илэрхийлэгдсэн генүүдийн KEGG замын шинжилгээ |  NONMMUT015812 КП эсүүд дэх ялгавартай илэрхийлэгдсэн генүүдийн генийн онтологийн шинжилгээ |
Лавлагаа
KRAS-G12D мутаци ба P53 нокаут [J] бүхий хулганы уушигны аденокарцинома дахь lncRNA экспрессийн профайлын зохицуулалтыг бууруулсан.Cellular and Molecular Medicine сэтгүүл, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
