Hi-C дээр суурилсан Геномын Ассемблей
Үйлчилгээний давуу тал
Hi-C-ийн тойм
(Либерман-Айден Э нар,Шинжлэх ухаан, 2009)
● Контиг зангуугаар генетикийн популяци үүсгэх шаардлагагүй;
● Тэмдэглэгээний нягтрал нь 90%-иас дээш байх үед бэхэлгээний харьцаа өндөр байх болно;
● Одоо байгаа геномын нэгдлүүдийг үнэлэх, засах боломжийг олгодог;
● Геномын угсралтын явцад илүү нарийвчлалтай эргэх хугацаа богино;
● 500 гаруй төрөл зүйлд зориулан барьсан 1000 гаруй Hi-C номын сангийн арвин туршлага;
● 760 гаруй хуримтлагдсан нийтлэгдсэн импакт хүчин зүйлтэй 100 гаруй амжилттай хэрэг;
● Полиплоид геномд зориулсан Hi-C-д суурилсан геномын угсралт, өмнөх төсөлд 100% бэхэлгээний түвшин хүрсэн;
● Hi-C туршилт, өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийх дотоод патент, програм хангамжийн зохиогчийн эрх;
● Өөрөө хөгжүүлсэн дүрслэл бүхий өгөгдөл тааруулах программ хангамж нь блокийг гар аргаар хөдөлгөх, эргүүлэх, хүчингүй болгох, дахин хийх боломжийг олгодог.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
|
Номын сангийн төрөл
|
Платформ | Унших урт | Санал болгож буй стратеги |
| Сайн уу C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Түүхий өгөгдлийн чанарын хяналт
● Hi-C номын сангийн чанарын хяналт
● Hi-C дээр суурилсан геномын угсралт
● Угсралтын дараах үнэлгээ
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
| Амьтан | Мөөгөнцөр | Ургамал
|
| Хөлдөөсөн эд: Номын сан бүрт 1-2г Нүднүүд: Номын сан бүрт 1x 10^7 нүд | Хөлдөөсөн эд: Номын сан бүрт 1г | Хөлдөөсөн эд: Номын сан бүрт 1-2г
|
| *Бид Hi-C туршилтанд хамгийн багадаа 2 аликвот (тус бүр 1 гр) илгээхийг зөвлөж байна. | ||
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Ихэнх дээжийг этанолд хадгалахгүй байхыг зөвлөж байна.
Дээжийн шошго: Дээж нь тодорхой шошготой байх ёстой бөгөөд ирүүлсэн дээжийн мэдээллийн маягттай ижил байх ёстой.
Тээвэрлэлт: Хуурай мөс: Дээжийг эхлээд уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
ДНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
*Энд үзүүлсэн демо илэрцүүд бүгд Biomarker Technologies-ээр хэвлэгдсэн геномуудаас авсан болно
1.Hi-C харилцан үйлчлэлийн дулааны зурагCamptotheca acuminataгеном.Газрын зураг дээр харуулсанчлан харилцан үйлчлэлийн эрч хүч нь шугаман зайтай сөргөөр хамааралтай бөгөөд энэ нь хромосомын түвшний өндөр нарийвчлалтай угсралтыг харуулж байна.(Анкерийн харьцаа: 96.03%)
Канг М нар.Байгалийн харилцаа холбоо, 2021 он
2.Hi-C нь хоорондын урвуу байдлын баталгаажуулалтыг хөнгөвчилсөнGossypium hirsutumL. TM-1 A06 баG. arboreumChr06
Yang Z нар.Байгалийн харилцаа холбоо, 2019 он
3. Кассава геном SC205-ийн угсралт ба биаллелик ялгарал.Hi-C дулааны зурагт гомолог хромосомын тодорхой хуваагдлыг харуулсан.
Ху В нар.Молекулын ургамал, 2021 он
4. Хоёр Ficus төрлийн геномын угсралт дээрх Hi-C дулааны зураг:F.microcarpa(зангууны харьцаа: 99.3%) баF.hispida (зангууны харьцаа: 99.7%)
Жан X нар.Эс, 2020 он
BMK хэрэг
Баньян мод ба тоос хүртэгчийн геномууд инжрийн хогийн хувьслын талаарх ойлголтыг өгдөг.
Нийтэлсэн: Эс, 2020 он
Дараалсан стратеги:
F. microcarpa геном: ойролцоогоор.84 X PacBio RSII (36.87 Гб) + Hi-C (44 Гб)
F. hispidaгеном: ойролцоогоор.97 X PacBio RSII (36.12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Eupristina verticillataгеном: ойролцоогоор.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Гол үр дүн
1. Хоёр банян модны геном, нэг тоос үүсгэгч соногийн геномыг PacBio дараалал, Hi-C болон холбоосын зураглал ашиглан бүтээсэн.
(1)F. microcarpaгеном: 426 Mb (тооцоолсон геномын 97.7%)-ийн цуглуулга 908 Kb-ийн N50, BUSCO оноо 95.6% байсан.Нийтдээ 423 Мб дарааллыг Hi-C-ээр 13 хромосомтой холбосон.Геномын тайлбар нь 29,416 уураг кодлогч генийг гаргажээ.
(2)F. Hispidaгеном: 360 Mb (тооцоолсон геномын 97.3%) угсралт нь N50 contig 492 Kb, BUSCO оноо 97.4% байсан.Нийт 359 Mb дарааллыг 14 хромосом дээр Hi-C-ээр бэхэлсэн бөгөөд өндөр нягтралтай холболтын зураглалтай маш адилхан.
(3)Eupristina verticillataгеном: 387 Mb (Тооцоолсон геномын хэмжээ: 382 Mb) бүхий угсралт нь N50 contig 3.1 Mb, BUSCO оноо 97.7% байсан.
2. Харьцуулсан геномикийн шинжилгээгээр хоёрын хооронд маш олон тооны бүтцийн өөрчлөлтүүд илэрсэнФикусгеномууд нь дасан зохицох хувьслын судалгаанд үнэлж баршгүй генетикийн нөөц болсон.Энэхүү судалгаа нь анх удаа геномын түвшинд инжрийн хогийн эволюцийн талаарх ойлголтыг өгсөн.
 Хоёрын геномын шинж чанарын циркийн диаграммФикусгеномууд, үүнд хромосом, сегментийн давхардал (SD), транспозон (LTR, TE, DNA TE), генийн илэрхийлэл ба синтени |  Y хромосом ба хүйсийг тодорхойлох нэр дэвшигч генийг тодорхойлох |
Жан, X., нар."Баньян мод ба тоос хүртэгч хоносны геномууд нь инжир-загасны эволюцийн талаарх ойлголтыг өгдөг."183.4 нүд (2020).
