BMKGENE-ийн үйлчлүүлэгчдийн гол жишээн дээр жишээ болгон зэрлэг олон төрлийн судалгааны төрөл зүйлийг судлах боломжийг судлаарай.Ургамлын биотехнологийн сэтгүүлийн энэ оны дугаарт саяхан хэвлэгдсэн "Хромосомын түвшний зэрлэг Hevea brasiliensis геном: Геномын тусламжтайгаар үржүүлгийг бэхжүүлэх, резинэн гарцыг нэмэгдүүлэхийн тулд амин чухал байршлыг илрүүлэх" гэсэн гарчигтай нийтлэл нь үнэ цэнэтэй лавлагаа болж байна.
Бразилийн резинэн мод (Hevea brasiliensis) нь байгалийн каучукийн гол эх үүсвэр болдог.Өнгөрсөн зууны туршид уламжлалт үржлийн арга зүй нь резин үйлдвэрлэлийн гайхалтай өсөлтийг 6 дахин нэмэгдүүлсэн.Гэсэн хэдий ч резинэн гарцыг нэмэгдүүлэх үүрэгтэй генетикийн үндсэн чулуулаг нь нууцлаг хэвээр байна.
Энэхүү судалгаа нь нанопорын урт хугацааны дараалал, Illumina NGS дараалал, Hi-C технологийн синергетикийг ашиглан зэрлэг резинэн модны хромосомын түвшний геномыг бүтээх ажлыг эхлүүлсэн.
Үүний зэрэгцээ Illumina платформыг ашиглан геномын иж бүрэн дахин дараалал тогтоох (WGS) хийх зорилгоор өндөр ургацын хувилбарууд, зэрлэг омгууд болон холбогдох зүйлүүдээс бүрдсэн 147 үр хөврөлийн нөөцийг цуглуулсан.Дараачийн дарааллын өгөгдөл нь популяцийн генетикийн нарийн шинжилгээнд хамрагдаж, популяцийн бүтэц, олон янз байдал, холболтын тэнцвэргүй байдлыг задлан шинжлэх боломжийг олгосон.Энэхүү дүн шинжилгээ нь хүн амын дундах гаршуулах өөрчлөлтийг тодруулсан.
Цаашдын судалгаанууд нь Fst, π, Tajima's D, LD-ийг хамарсан шинжилгээг багтаасан бөгөөд латексын гарц сайжрах, ялангуяа Wickham клонууд дээр анхаарлаа төвлөрүүлэх замаар сонгон шалгаруулах дохиог илрүүлэх зорилготой.
Геномын өргөн хүрээний нийгэмлэгийн шинжилгээ (GWAS)-ын төгсгөлд ургацын шинж чанаруудтай холбоотой маркерууд болон дараа нь ургацтай холбоотой генүүд тодорхойлогдсон.Анхны баталгаажуулалт нь хоёр ERF генийн өөр өөр мутантуудын өвөрмөц транскрипцийн үйл ажиллагааг илрүүлж, тэдгээрийн функциональ ач холбогдлын талаархи урьдчилсан ойлголтыг өгсөн.Цаашдын баталгаажуулалтыг удахгүй хийх судалгааны хүрээнд хийхээр төлөвлөж байна.
BMKGENE нь биоинформатикийн шинжилгээнд чухал үүрэг гүйцэтгэхийн зэрэгцээ энэ том популяцийн геномыг бүхэлд нь өөрчлөхөд хувь нэмрээ оруулснаараа бахархдаг.Бидний асар их туршлага нь NGS/TGS дараалал, 1000 гаруй төрлийн биоинформатикийн мультиомик шинжилгээг хамардаг.Удахгүй хэрэгжүүлэх төслүүд дээрээ тантай хамтран ажиллах боломжийг бид тэсэн ядан хүлээж байна.
Энд дарж үзнэ үүэнэ судалгааны талаар илүү ихийг мэдэж аваарай
Шуудангийн цаг: 2023 оны 8-р сарын 29-ний хооронд