Хувьслын генетик
Үйлчилгээний давуу тал
Такаги нар.Ургамлын тэмдэглэл, 2013 он
● Нуклеотид болон амин хүчлүүдийн түвшний хэлбэлзэлд үндэслэн төрөл зүйлийн ялгарах хугацаа, хурдыг тооцоолох
● Конвергент хувьсал ба параллель хувьслын нөлөөг багасгасан төрөл зүйлийн хоорондын илүү найдвартай филогенетик хамаарлыг илрүүлэх.
● Генетикийн өөрчлөлт ба фенотипийн хоорондын холбоог бий болгож, шинж чанартай холбоотой генийг илрүүлэх.
● Төрөл зүйлийн хувьслын боломжуудыг тусгасан генетикийн олон янз байдлыг тооцоолох
● Эргэлтийн хугацаа илүү хурдан
● Арвин туршлага: BMK нь 12 гаруй жилийн турш популяци болон хувьсалтай холбоотой төслүүдэд асар их туршлага хуримтлуулж, олон зуун төрөл зүйл гэх мэтийг хамарсан бөгөөд Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal гэх мэт сэтгүүлд нийтлэгдсэн 80 гаруй өндөр түвшний төсөлд хувь нэмрээ оруулсан.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
Материал:
Дүрмээр бол дор хаяж гурван дэд популяци (жишээ нь, дэд зүйл эсвэл омог) хийхийг зөвлөж байна.Дэд популяци бүр 10-аас доошгүй бодгаль агуулсан байх ёстой (Ургамал＞15, ховор зүйлийн хувьд багасгаж болно).
Дараалсан стратеги:
* WGS нь өндөр чанарын лавлагаа геномтой зүйлүүдэд ашиглагдаж болох бол SLAF-Seq нь лавлагаа геномтой, эсхүл чанар муутай лавлагаа геномтой зүйлүүдэд хэрэглэгдэх боломжтой.
| Геномын хэмжээтэй холбоотой | WGS | SLAF-шошго (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10 × / хувь хүн | WGS-г илүү зөвлөж байна |
| 500 Мб - 1 Гб | 10 | |
| 1 Гб - 2 Гб | 20 | |
| ≥2 Гб | 30 |
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Хувьслын шинжилгээ
● Сонгомол шүүрдэх
● Генийн урсгал
● Хүн ам зүйн түүх
● Зөрчлийн хугацаа
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
| Төрөл зүйл | Эд | WGS-NGS | SLAF |
| Амьтан
| Висцерал эд |
0.5~1г
|
0.5 гр
|
| Булчингийн эд | |||
| Хөхтөн амьтдын цус | 1.5 мл
| 1.5 мл
| |
| Шувууны мах/загасны цус | |||
| Ургамал
| Шинэ навч | 1 ~ 2 гр | 0.5~1г |
| Дэлбээ/иш | |||
| Үндэс/Үр | |||
| Эсүүд | Тариалсан эс |
| гДНХ | Төвлөрөл | Дүн (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
*Энд үзүүлсэн демо илэрцүүд бүгд BMKGENE-ээр хэвлэгдсэн геномуудаас авсан болно
1. Хувьслын шинжилгээ нь удамшлын өөрчлөлт дээр үндэслэсэн филогенетик мод, популяцийн бүтэц, PCA-ийн бүтцийг агуулдаг.
Филогенетик мод нь нийтлэг өвөг дээдэстэй зүйлүүдийн ангилал зүй, хувьслын харилцааг илэрхийлдэг.
PCA нь дэд популяци хоорондын ойр байдлыг төсөөлөх зорилготой.
Популяцийн бүтэц нь аллелийн давтамжийн хувьд генетикийн хувьд ялгаатай дэд популяци байгааг харуулж байна.
Чен гэх мэт.бусад,PNAS, 2020 он
2. Сонгомол шүүрдэх
Сонгомол цэвэрлэгээ гэдэг нь давуу талтай сайтыг сонгож, холбосон төвийг сахисан сайтуудын давтамжийг нэмэгдүүлж, холбоогүй сайтуудын давтамжийг бууруулж, бүс нутгийн хэмжээг багасгах үйл явцыг хэлнэ.
Сонгосон шүүрдэх бүс нутгуудын геномын хэмжээнд илрүүлэлтийг тодорхой алхам (10 Кб) дээр гулсах цонхны (100 Кб) доторх бүх SNP-ийн популяцийн генетикийн индексийг (π，Fst, Tajima's D) тооцоолох замаар боловсруулдаг.
Нуклеотидын олон янз байдал (π）
Тажимагийн Д
Тохируулах индекс (Fst)
Ву гэх мэт.бусад,Молекулын ургамал, 2018 он
3. Генийн урсгал
Ву гэх мэт.бусад,Молекулын ургамал, 2018 он
4. Хүн ам зүйн түүх
Жан, нар.бусад,Байгаль экологи ба хувьсал, 2021 он
5. Салах хугацаа
Жан, нар.бусад,Байгаль экологи ба хувьсал, 2021 он
BMK хэрэг
Геномын өөрчлөлтийн газрын зураг нь хаврын хятад байцаа (Brassica rapa ssp. Pekinensis)-ийн сонгон шалгаруулалтын генийн үндэслэлийн талаарх ойлголтыг өгдөг.
Нийтэлсэн: Молекулын ургамал, 2018 он
Дараалсан стратеги:
Дахин эрэмбэлэх: дарааллын гүн: 10×
Гол үр дүн
Энэхүү судалгаагаар 194 хятад байцааг 10× дундаж гүнтэй дахин дарааллаар боловсруулж, 1,208,499 SNP, 416,070 InDels гаргаж авсан.Эдгээр 194 мөрөнд филогенетикийн шинжилгээ хийснээр эдгээр мөрүүдийг хавар, зун, намар гэсэн гурван экотипт хувааж болно.Түүнчлэн, хүн амын бүтэц, ТХГ-ын шинжилгээнээс үзэхэд хаврын хятад байцаа нь Хятадын Шаньдун хотын намрын байцаанаас гаралтай болохыг тогтоожээ.Дараа нь эдгээрийг Солонгос, Японд нэвтрүүлж, орон нутгийн шугамаар гаталж, зарим хожуу боолттой сортуудыг Хятадад нутагшуулж, эцэст нь хаврын хятад байцаа болжээ.
Хятадын хаврын байцаа болон намрын байцааны сонгон шалгаруулалтад геномын хэмжээнд сканнердсанаар 23 геномын байршлыг илрүүлсэн бөгөөд тэдгээр нь хүчтэй сонгон шалгаруулалтад орсон ба тэдгээрийн хоёр нь QTL-маппинг дээр тулгуурлан боолт хийх хугацааг хянах бүстэй давхцсан байна.Эдгээр хоёр бүс нь цэцэглэлтийн зохицуулалтын гол генүүд болох BrVIN3.1 болон BrFLC1-ийг агуулдаг болохыг тогтоожээ.Эдгээр хоёр генийг транскриптомын судалгаа болон трансген туршилтаар боолт хийх цаг хугацаанд нь оролцуулсан нь батлагдсан.
 Хятад байцааны популяцийн бүтцийн шинжилгээ |  Хятад байцаа сонгох генетикийн мэдээлэл |
Тонгбинг, нар."Геномын өөрчлөлтийн газрын зураг нь хаврын хятад байцааны (Brassica rapa ssp.pekinensis) сонгомол генетикийн үндэслэлийн талаархи ойлголтыг өгдөг."Молекул ургамал,11(2018): 1360-1376.
