Платформ | Номын сангийн хэмжээ | Онолын өгөгдлийн гарц (нэг эс) | Нэг суурьтай нарийвчлал | Хэрэглээ |
Нанопур | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90 Гб/Үүрэн | 85-92% | SV дуудлага, De novo, Бүрэн хэмжээний дараалал, Iso-Seq, Генийн тайлбар, ДНХ метилжилтийг илрүүлэх |
● Төрөл бүрийн төрөл зүйлтэй мянга мянган хаалттай төслүүд бүхий PacBio дарааллын платформ дээр 5 гаруй жил ажилласан туршлагатай.
● BMKGENE нь Oxford Nanopore компанийн албан ёсны түнш бөгөөд хос платформ РНХ/ДНХ-ийн гэрчилгээтэй.
● Бүрэн тоног төхөөрөмжтэй, дараалал тогтоох хангалттай хүчин чадал бүхий дэс дараалагчийн үндсэн загварууд байдаг.
● Nanopore платформ дээр тулгуурлан 10 гаруй амьтан, ургамлын Деновогийн судалгааг олон улсын нэр хүндтэй сэтгүүлд нийтлүүлсэн.
Дээжийн төрөл | Дүн | Төвлөрөл(Qubit ®) | Эзлэхүүн | Цэвэр байдал | Бусад |
Геномын ДНХ | Мэдээллийн шаардлагаас хамаарна | ≥20нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; 260 нм-ийн тунгалаг оргил, бохирдолгүй | Төвлөрлийг Qubit болон Qubit/Nanopore ≤ 2-оор хэмжих шаардлагатай |
Нийт РНХ | ≥1.2μг | ≥100мкг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;бохирдолгүй | RIN утга ≥7.5 |
ДНХ дээжийн өгөгдлийн чанарын үнэлгээ
Хүснэгт 1. Цэвэр мэдээллийн статистик.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | цэвэрN50Len | цэвэрN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | Цэвэр Дунд зэрэг |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
РНХ дээжийн өгөгдлийн чанарын үнэлгээ
Хүснэгт 1. Цэвэр мэдээллийн статистик.
Файлын нэр | ClientID | Уншсан тоо | Үндсэн тоо | N50 | Дундаж урт | Хамгийн их урт | Дундаж Q оноо |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Зураг 1. Унших уртын тархалт
Зураг 2. Цэвэр мэдээллийн чанарын онооны хуваарилалт
Зураг 3. Цэвэр мэдээллийн урт ба чанарын онооны хуваарилалт