ДНХ/РНХ дараалал - PacBio Sequencer
Онцлогууд
PacBio секвенч дээрх хоёр дарааллын горим: Тасралтгүй урт унших (CLR) ба дугуй зөвшилцлийг унших (CCS)
| Дарааллын горим | Номын сангийн хэмжээ | Онолын өгөгдөлГарц (Нэг нүд) | Нэг суурьтайНарийвчлал | Хэрэглээ |
| CLR | 20Кб, 30Кб гэх мэт. | 80 Гб-аас 130 Гб хүртэл | Ойролцоогоор85% | De novo, SV дуудлага гэх мэт. |
| CCS | 15-20 Kb | 14-40 Гб/Үүрэн (Үргэлжлэл II) 70-110 Гб/Үүрэн (Revio) Дээжээс хамаарна | Ойролцоогоор99% | De novo, SNP/Indel/SV дуудлага, Iso-Seq, |
Revio болон Sequel II-ийн гүйцэтгэл, онцлогуудын харьцуулалт
| Нөхцөл | Үргэлжлэл II систем | Revio систем | Өсөх |
| Илүү өндөр нягтралтай | 8 сая ZMW | 25 сая ZMW | 3x |
| Бие даасан үе шатууд | 1 | 4 | 4x |
| Гүйлтийн хугацаа богино | 30 цаг | 24 цаг | 1.25x |
| 30X HiFi хүний геном/жил | 88 | 1300 | 1нийт 5x |
Үйлчилгээний давуу тал
● Төрөл бүрийн төрөл зүйлтэй мянга мянган хаалттай төслүүд бүхий PacBio дарааллын платформ дээр 8 жил гаруй ажилласан туршлагатай.
● Хамгийн сүүлийн үеийн PacBio Sequencing платформуудаар бүрэн тоноглогдсон, Revio нь дарааллын хангалттай хурдыг баталгаажуулдаг.
● Илүү хурдан эргүүлэх хугацаа, илүү өндөр өгөгдлийн гарц, илүү нарийвчлалтай өгөгдөл.
● PacBio-д суурилсан өндөр нөлөө бүхий олон зуун хэвлэлд хувь нэмэр оруулсан.
Загвар шаардлага
| Дээжийн төрөл | Дүн | Төвлөрөл （Qubit®） | Эзлэхүүн | Цэвэр байдал | Бусад |
| Геномын ДНХ | Мэдээллийн шаардлагаас хамаарна | ≥50 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260 нм-ийн тунгалаг оргил,бохирдол байхгүй | Төвлөрлийг Qubit ба Qubit/Nanopore = 0.8-2.5-аар хэмжих шаардлагатай. |
| Нийт РНХ | ≥1.2μг | ≥120 нг/мкл | ≥15 мкл | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；бохирдол байхгүй | RIN утга ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж бэлтгэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Төслийн хүргэлт
1.Дотоод мэдээллийн гарц
63 CCS эсээс үүсгэсэн өгөгдөл (26 зүйлээс)
| ӨГӨГДӨЛ-PacBio-CCS-15 Kb | Дундаж | Макс | Мин | Медиан |
| Гарц - дэд уншлага (Гб) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераз N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| N50 дэд уншлага | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Дундаж урт-Полимераз | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Дундаж урт-Дэд бичвэрүүд | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Дундаж урт-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR эсээс үүсгэсэн өгөгдөл (76 зүйлээс)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Дундаж | Макс | Мин | Медиан |
| Гарц - дэд уншлага (Гб) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Полимераз N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| N50 дэд уншлага | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Дундаж урт-Полимераз | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Дундаж урт-Дэд бичвэрүүд | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Өгөгдлийн QC – ДемоӨгөгдлийн гарцын статистик
| Дээж | ccs Унших тоо | Нийт ccs суурь (bp) | ccs Унших N50 (bp) | ccs Дундаж урт (bp) | ccs Хамгийн удаан уншсан (bp) | дэд унших суурь (bp) | ccs хувь (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
