Харьцуулсан геномик
Үйлчилгээний давуу тал
● Хамгийн түгээмэл шаардлагатай найман шинжилгээг агуулсан цогц шинжилгээний багц
● Үр дүнгийн талаар нарийвчилсан, ойлгомжтой тайлбар бүхий шинжилгээний өндөр найдвартай байдал
● Сайтар боловсруулсан нийтлэхэд бэлэн тоонууд
● Өндөр ур чадвартай биоинформатикийн баг нь янз бүрийн хувийн шинж чанартай шинжилгээний шаардлагыг хангадаг
● Шинжилгээний нарийвчлал өндөр, эргүүлэх хугацаа богино
● Хуримтлагдсан нийтлэгдсэн импакт хүчин зүйл нь 900 гаруй амжилттай болсон 90 гаруй тохиолдлын арвин туршлага
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Тооцоолсон эргэлтийн хугацаа | Төрөл зүйлийн тоо | Шинжилгээ хийдэг |
| Ажлын 30 өдөр | 6 - 12 | Генийн гэр бүлийн кластер Генийн гэр бүлийн тэлэлт ба агшилт Филогенетик мод барих Ялгаатай хугацааны тооцоо (чулуужсан ясны тохируулга шаардлагатай) LTR оруулах хугацаа (ургамлын хувьд) Бүх геномын хуулбар (ургамлын хувьд) Сонгомол даралт Синтенийн шинжилгээ |
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Генийн гэр бүл
● Филогенетик
● Зөрчлийн хугацаа
● Сонгомол даралт
● Синтенийн шинжилгээ
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
Геномын дараалал тогтоох, угсрах эд эс буюу ДНХ
Эдийн хувьд
| Төрөл зүйл | Эд | Судалгаа | PacBio CCS |
| Амьтан | Висцерал эд | 0.5 ~ 1г | ≥ 3.5 гр |
| Булчингийн эд | |||
| ≥ 5.0 гр | |||
| ≥ 5.0 мл | |||
| Хөхтөн амьтдын цус | |||
| ≥ 0.5 мл | |||
| Шувууны мах/загасны цус | |||
| Ургамал | Шинэ навч | 1 ~ 2г | ≥ 5.0 гр |
| Дэлбээ/иш | 1 ~ 2г | ≥ 10.0 гр | |
| Үндэс/Үр | 1 ~ 2г | ≥ 20.0 гр | |
| Эсүүд | Тариалсан эс | - | ≥ 1 x 108 |
Өгөгдөл
Ойр холбоотой зүйлүүдийн геномын дарааллын файлууд (.fasta) болон тэмдэглэгээний файлууд (.gff3)
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
*Энд үзүүлсэн демо илэрцүүд бүгд Biomarker Technologies-ээр хэвлэгдсэн геномуудаас авсан болно
1.LTR оруулах хугацааны тооцоо: Зурагт бусад зүйлтэй харьцуулахад Вейнинг хөх тарианы геномд LTR-RT оруулах хугацааны хосгүй хосгүй тархалтыг харуулав.Хамгийн сүүлийн оргил нь 0.5 сая жилийн өмнө гарч ирсэн.
Ли Гуан нар.Байгалийн генетик, 2021 он
2. Чайот (Sechium edule) дээрх филогени ба генийн гэр бүлийн шинжилгээ: Чайот болон генийн гэр бүлийн бусад 13 төрөл зүйлд дүн шинжилгээ хийснээр Чайот могойн хулуу (Trichosanthes anguina)-тай хамгийн ойр холбоотой болох нь тогтоогдсон.Ойролцоогоор 27-45 мя-д могойн хулуугаас гаралтай чаёот ба 25±4 мя-д геномын бүх давхардал (WGD) ажиглагдсан нь cucuibitaceae-д АХХ-ийн гурав дахь тохиолдол юм.
Фу А нар.Цэцэрлэгжүүлэлтийн судалгаа, 2021 он
3.Синтенийн шинжилгээ: Жимсний хөгжилд фитогормонтой холбоотой зарим генүүд чаёот, могойн хулуу, хулуунаас олдсон.Чайот болон хулуу хоёрын хамаарал нь чаёот болон могойн хулууны хоорондын хамаарлаас арай өндөр байна.
Фу А нар.Цэцэрлэгжүүлэлтийн судалгаа, 2021 он
4.Генийн гэр бүлийн шинжилгээ: G.thurberi болон G.davidsonii геномын генийн гэр бүлийн өргөтгөл, агшилтыг KEGG-ээр баяжуулснаар стероидын биосинтез, брассиностероидын биосинтезтэй холбоотой генүүд өргөжсөн болохыг харуулсан.
Yang Z нар.BMC биологи, 2021 он
5.Бүтэн геномын давхардлын шинжилгээ: 4DTV болон Ks тархалтын шинжилгээнд геномын давхардлын бүх үйл явдлыг харуулсан.Төрөл доторх оргилууд нь давхардлын үйл явдлуудыг харуулсан.Зүйл хоорондын оргилууд төрөлжсөн үйл явдлуудыг харуулсан.Шинжилгээгээр ойрын холбоотой бусад гурван зүйлтэй харьцуулахад O. europaea сүүлийн үед их хэмжээний генийн давхардлыг даван туулсан болохыг харуулж байна.
Рао Г нар.Цэцэрлэгжүүлэлтийн судалгаа, 2021 он
BMK хэрэг
Хатгалгүй сарнай: чийгэнд дасан зохицохтой холбоотой геномын ойлголтууд
Нийтэлсэн: Үндэсний шинжлэх ухааны тойм, 2021 он
Дараалсан стратеги:
'БасьеӨргөсгүй(Р.Вичурайнан) геном:
Ойролцоогоор93 X PacBio + ойролцоогоор.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Гол үр дүн
1. Өндөр чанартай R.wichuraiana геномыг удаан уншсан дараалал тогтоох арга техникийг ашиглан бүтээсэн бөгөөд 530.07 Mb (тооцоолсон геномын хэмжээ нь урсгалын цитометрээр ойролцоогоор 525.9 Mb, геномын судалгаагаар 525.5 байсан； Heterozy%).BUSCO-ийн тооцоолсон оноо 93.9% байсан."Old blush" (haploOB)-тай харьцуулбал энэхүү геномын чанар, бүрэн бүтэн байдлыг үндсэн нэг суурь нарийвчлал ба LTR угсралтын индекс (LAI=20.03)-аар баталгаажуулсан.R.wichuraiana геном нь 32,674 уураг кодлогч генийг агуулдаг.
2. Харьцуулсан геномик, транскриптомик, генетикийн популяцийн QTL шинжилгээнээс бүрдсэн олон омикийн хамтарсан шинжилгээ нь R. wichuraiana болон Rosa chinensis хоёрын чухал төрөлжүүлэлтийг илрүүлсэн.Түүнчлэн QTL дахь холбогдох генийн илэрхийлэл нь ишний хатгалттай холбоотой байх магадлалтай.
Basye;s Thornless болон Rosa chinensis хоёрын хооронд синтенийн шинжилгээ, генийн гэр бүлийн кластер, тэлэлт, агшилтын шинжилгээ зэрэг геномикийн харьцуулсан шинжилгээ нь сарнайн чухал шинж чанаруудтай холбоотой олон тооны өөрчлөлтүүдийг илрүүлсэн.NAC болон FAR1/FRS генийн гэр бүлийн өвөрмөц тэлэлт нь хар толбоны эсэргүүцэлтэй холбоотой байх магадлалтай.
BT ба haploOB геномуудын харьцуулсан геномын шинжилгээ.
Zhong, M. , et al."Хайргүй сарнай: чийгэнд дасан зохицохтой холбоотой геномын ойлголтууд"Үндэсний шинжлэх ухааны тойм, 2021;, nwab092.
