Бөөнөөр тусгаарлагдсан шинжилгээ
Үйлчилгээний давуу тал
Такаги нар, ургамлын сэтгүүл, 2013 он
● Нарийвчлалтай нутагшуулах: Арын чимээ шуугианыг багасгахын тулд бөөнөөр нь 30+30-аас 200+200 хүнтэй холих;ижил утгатай бус мутантууд дээр суурилсан нэр дэвшигчийн бүс нутгийн таамаглал.
● Цогц шинжилгээ: Нэр дэвшигчийн генийн функцийн дэлгэрэнгүй тайлбар, үүнд NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG гэх мэт.
● Илүү хурдан эргэх хугацаа: Ажлын 45 өдрийн дотор генийг хурдан нутагшуулна.
● Арвин туршлага: BMK нь үр тариа, усны бүтээгдэхүүн, ой мод, цэцэг, жимс жимсгэнэ гэх мэт төрөл бүрийн зүйлийг хамарсан олон мянган шинж чанарыг нутагшуулахад хувь нэмэр оруулсан.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
Хүн ам:
Эсрэг фенотип бүхий эцэг эхийн үр удмыг тусгаарлах.
Жишээлбэл, F2 үр удам, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line (RIL)
Холих усан сан
Чанарын шинж чанарын хувьд: 30-50 хүн (хамгийн багадаа 20)/бөөнөөр
Тоон шинж чанарын хувьд: нийт популяцийн аль нэг эрс тэс фенотиптэй топ 5%-10% хувь хүмүүс (хамгийн багадаа 30+30).
Санал болгож буй дарааллын гүн
Хамгийн багадаа 20X/эцэг эх ба 1Х/удам хувь хүн (жишээ нь 30+30 бодгаль үр удмаа холихын тулд, дарааллын гүн нь бөөнөөр нь 30X байх болно)
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Бүхэл геномын дараалал тогтоох
● Өгөгдөл боловсруулах
● SNP/Indel дуудлага
● Нэр дэвшигчийн бүсийн үзлэг
● Нэр дэвшигчийн генийн үйл ажиллагааны тайлбар
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
Нуклеотидууд:
| гДНХ-ийн дээж | Эд эсийн дээж |
| Концентраци: ≥30 нг/мкл | Ургамал: 1-2 гр |
| Хэмжээ: ≥2 мкг (Эзлэхүүн ≥15 мкл) | Амьтад: 0.5-1 гр |
| Цэвэр байдал: OD260/280= 1.6-2.5 | Бүх цус: 1.5 мл |
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
1. Нэр дэвшигчийн бүс нутгийг тодорхойлохын тулд Евклидийн зайн (ED) дээр суурилсан холбоо шинжилгээний суурь.Дараах зурагт
X тэнхлэг: Хромосомын тоо;Цэг бүр нь SNP-ийн ED утгыг илэрхийлдэг.Хар шугам нь суурилуулсан ED утгатай тохирч байна.ED-ийн өндөр утга нь тухайн газар ба фенотипийн хооронд илүү чухал холбоо байгааг илтгэнэ.Улаан зураас нь чухал холболтын босгыг илэрхийлдэг.
2.Холбооны шинжилгээнд суурилсан ямар ч SNP-индекс
X тэнхлэг: Хромосомын тоо;Цэг бүр нь SNP индексийн утгыг илэрхийлнэ.Хар шугам нь суурилуулсан SNP индексийн утгыг илэрхийлнэ.Утга нь том байх тусам холбоо нь илүү чухал болно.
BMK хэрэг
Fnl7.1 гол нөлөө бүхий тоон шинж чанар нь өргөст хэмхний жимсний хүзүүний урттай холбоотой үр хөврөлийн хожуу үеийн элбэг уургийг кодлодог.
Нийтэлсэн: Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл, 2020 он
Дараалсан стратеги:
Эцэг эх (Jin5-508, YN): 34 × ба 20 × геномын бүхэл бүтэн дараалал.
ДНХ-ийн сан (50 урт хүзүүтэй, 50 богино хүзүүтэй): 61 × ба 52 × дахин дараалал
Гол үр дүн
Энэхүү судалгаанд урт хүзүүт өргөст хэмх Jin5-508 ба богино хүзүүт YN-ийг гаталж популяцийг тусгаарлах (F2 ба F2:3) үүсгэсэн.ДНХ-ийн хоёр санг 50 хэт урт хүзүүтэй, 50 хэт богино хүзүүтэй хүмүүс барьсан.Үндсэн нөлөөллийн QTL-ийг Chr07 дээр BSA шинжилгээ болон уламжлалт QTL зураглалаар тодорхойлсон.Нэр дэвшигчийн бүсийг нарийн зураглал, генийн илэрхийлэлийн хэмжигдэхүүн, трансген туршилтаар улам нарийсгаж, хүзүүний уртыг хянах гол ген болох CsFnl7.1-ийг илрүүлсэн.Үүнээс гадна CsFnl7.1 дэмжигч бүс дэх полиморфизм нь харгалзах илэрхийлэлтэй холбоотой болохыг тогтоожээ.Цаашдын филогенетикийн шинжилгээгээр Fnl7.1 локус Энэтхэгээс гаралтай байх магадлал өндөр байна.
 Өргөст хэмхний хүзүүний урттай холбоотой нэр дэвшигчийн бүсийг тодорхойлохын тулд BSA шинжилгээнд QTL-mapping |  Chr07-д тодорхойлсон өргөст хэмхний хүзүү хүртэлх QTL-ийн LOD профайл |
Xu, X., et al."Fnl7.1 гол нөлөө бүхий тоон шинж чанар нь өргөст хэмхний жимсний хүзүүний урттай холбоотой үр хөврөлийн хожуу үеийн элбэг уургийг кодлодог."Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл 18.7(2020).
