10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Онцлогууд
● Нарийвчлал: 100 μM
● Толбоны диаметр: 55 μM
● Толбоны тоо: 4992
● Зураг авах талбай: 6.5 x 6.5 мм
● Бар кодтой цэг бүр 4 хэсгээс бүрдсэн праймераар дүүрсэн:
- поли(dT) сүүл нь мРНХ-ийн праймер болон cDNA нийлэгжилтэнд зориулагдсан
- Олшруулалтын хазайлтыг засах өвөрмөц молекул танигч (UMI).
- Орон зайн бар код
- Хэсэгчилсэн уншигдах 1 дарааллын праймерыг холбох дараалал
● Хэсгийн H&E будалт
Давуу тал
●Нэг цэгийн үйлчилгээ: крио зүсэлт, будалт, эдийг оновчтой болгох, орон зайн бар кодлох, номын сан бэлтгэх, дараалал тогтоох, биоинформатик зэрэг бүх туршлага, ур чадварт суурилсан алхмуудыг нэгтгэдэг.
● Өндөр ур чадвартай техникийн баг: Хүн, хулгана, хөхтөн амьтан, загас, ургамал зэрэг 250 гаруй төрлийн эд, 100 гаруй зүйлд туршлагатай.
●Төслийг бүхэлд нь бодит цагийн шинэчлэлт: туршилтын явцын бүрэн хяналттай.
●Цогц стандарт биоинформатик:багцад 29 дүн шинжилгээ, 100+ өндөр чанартай тоонууд багтсан болно.
●Өөрчлөн тохируулсан өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийх, дүрслэх: янз бүрийн судалгааны хүсэлтэд ашиглах боломжтой.
●Нэг эсийн мРНХ дараалал бүхий нэмэлт хамтарсан шинжилгээ
Үзүүлэлтүүд
| Загвар шаардлага | Номын сан | Дараалсан стратеги | Өгөгдлийг санал болгож байна | Чанарын шалгалт |
| OCT-д суулгагдсан крио дээж, FFPE дээж (Онцгой диаметр: ойролцоогоор 6x6x6 мм3) Дээж бүрт 3 блок | 10X Visium cDNA номын сан | Illumina PE150 | Нэг цэг бүрт 50K PE уншилт (60 Гб) | RIN>7 |
Дээж бэлтгэх заавар болон үйлчилгээний ажлын явцын талаар дэлгэрэнгүй мэдээлэл авахыг хүсвэл a-тай чөлөөтэй ярилцана ууBMKGENE мэргэжилтэн
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж бэлтгэх үе шатанд өндөр чанарын РНХ авах боломжтой болгохын тулд РНХ-ийн задралын анхны туршилтыг хийдэг.Эд эсийг оновчтой болгох үе шатанд хэсгүүдийг будаж, дүрслэн харуулах ба эдээс мРНХ ялгарах нэвчүүлэх нөхцлийг оновчтой болгодог.Оновчтой протоколыг дараа нь номын сангийн барилгын ажлын явцад, дараа нь дараалал, өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийдэг.
Үйлчилгээний иж бүрэн ажлын урсгал нь бодит цагийн шинэчлэлтүүд болон үйлчлүүлэгчийн баталгаажуулалтыг багтаасан бөгөөд төслийн үр дүнтэй гүйцэтгэлийг баталгаажуулдаг.
Дараах шинжилгээг багтаасан болно.
Өгөгдлийн чанарын хяналт:
o Өгөгдлийн гаралт, чанарын онооны хуваарилалт
o Нэг цэг бүрт ген илрүүлэх
o Эдийг бүрхэх
Дотоод дээжийн шинжилгээ:
o Генийн баялаг
o Багасгасан хэмжээсийн шинжилгээ зэрэг цэгийн кластер
o Кластер хоорондын дифференциал илэрхийллийн шинжилгээ: маркерын генийг тодорхойлох
o Маркер генийн функциональ тайлбар, баяжуулалт
Бүлэг хоорондын шинжилгээ
o Хоёр дээжийн толбыг дахин нэгтгэх (жишээ нь: өвчтэй ба хяналт) ба дахин бөөгнөрөл
o Кластер бүрийн маркер генийг тодорхойлох
o Маркер генийн функциональ тайлбар, баяжуулалт
o Бүлгүүдийн хоорондох ижил кластерын дифференциал илэрхийлэл
Дотоод дээжийн шинжилгээ
Толбо бөөгнөрөл
Маркерын генийг тодорхойлох ба орон зайн тархалт
Бүлэг хоорондын шинжилгээ
Хоёр бүлэг болон дахин кластерын өгөгдлийн хослол
Шинэ кластеруудын маркер генүүд
BMKGene-ийн 10X Visium-ийн орон зайн транскриптомикийн үйлчилгээний дэвшилтүүдийг эдгээр онцолсон хэвлэлүүдээс судлаарай:
Чен, Д. нар.(2023) 'mthl1, хөхтөн амьтдын наалдац GPCR-ийн боломжит Дрозофила гомолог нь ялааны тарьсан онкоген эсүүдэд хавдрын эсрэг хариу үйлдэл үзүүлэхэд оролцдог', Америкийн Нэгдсэн Улсын Шинжлэх Ухааны Үндэсний Академийн эмхэтгэл, 120(30), х.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Y. нар.(2023) 'STEEL нь орон зайн цаг хугацааны транскриптомийн өгөгдлийг өндөр нарийвчлалтай тодорхойлох боломжийг олгодог', Био-информатикийн товч мэдээлэл, 24(2), 1-10-р хуудас.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Орхидэйн цэцгийн хөгжил дэх органогенезийн орон зайн цаг хугацааны атлас', Нуклейн хүчлийн судалгаа, 50(17), хуудас 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Ван, J. нар.(2023) 'Орон зайн транскриптомик ба нэг цөмт РНХ-ийн дарааллыг нэгтгэх нь умайн лейомиомагийн эмчилгээний боломжит стратегийг илчилдэг', Олон улсын биологийн шинжлэх ухааны сэтгүүл, 19(8), хуудас 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
