പ്ലാറ്റ്ഫോം: ഇല്ലുമിന നോവസെക് പ്ലാറ്റ്ഫോം, PE150
ലൈബ്രറി തരം: 350bp cDNA ലൈബ്രറി ചേർക്കുക (പീക്ക് വിതരണത്തെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു)
സീക്വൻസിങ് സ്ട്രാറ്റജി: പെയർഡ്-എൻഡ് 150 ബിപി
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ തുക: 2 Gb റോ ഡാറ്റ/സാമ്പിൾ
(1) ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം ക്രമപ്പെടുത്തൽ: ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് വിതരണം, അടിസ്ഥാന ഗുണനിലവാര വിതരണം, ആർആർഎൻഎ അനുപാതം വിലയിരുത്തൽ;
(2) സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് വിശകലനം: അലൈൻമെന്റ് റിസൾട്ട് സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്സ്, സീക്വൻസിംഗിന്റെ സാച്ചുറേഷൻ, സീക്വൻസിംഗിന്റെ കവറേജ്;
(3) റഫറൻസ് ജീനോം വ്യാഖ്യാനം (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം: എക്സ്പ്രഷൻ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ (രണ്ടോ അതിലധികമോ സാമ്പിളുകൾക്കൊപ്പം), സാമ്പിളുകൾക്കിടയിലുള്ള എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം (വെൻ വിശകലനം, കോറിലേഷൻ വിശകലനം, പിസിഎ വിശകലനം);
(5) ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം (രണ്ടോ അതിലധികമോ സാമ്പിളുകൾക്കൊപ്പം);
(6) ജീൻ സെറ്റ് വിശകലനം: വെൻ വിശകലനം, ക്ലസ്റ്റർ വിശകലനം, പ്രവർത്തന വ്യാഖ്യാന വിശകലനം (COG, GO, KEGG), പ്രവർത്തന സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം (GO, KEGG), ഫംഗ്ഷൻ എൻറിച്ച്മെന്റ് കോർഡൽ ഗ്രാഫ്, ഐപാത്ത് വിശകലനം;
(7) sRNA വിശകലനം: sRNA പ്രവചനം, sRNA വ്യാഖ്യാനം (ബ്ലാസ്റ്റ്, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA സെക്കൻഡറി ഘടന പ്രവചനം, sRNA ടാർഗെറ്റ് ജീൻ പ്രവചനം;
(8) ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് ഘടന വിശകലനം: ഓപ്പറോൺ വിശകലനം, ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ആരംഭ, അവസാന സൈറ്റുകളുടെ പ്രവചനം, UTR വ്യാഖ്യാനവും വിശകലനവും, പ്രൊമോട്ടർ സീക്വൻസ് പ്രവചനം, SNP/InDel വിശകലനം (SNP/InDel വ്യാഖ്യാനം, SNP/InDel പ്രാദേശിക വിതരണം, SNP സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ).