-
ക്രോമാറ്റിൻ ഇമ്മ്യൂണോപ്രെസിപിറ്റേഷൻ സീക്വൻസിംഗ് (ChIP-seq)
ഹിസ്റ്റോൺ പരിഷ്ക്കരണം, ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഘടകങ്ങൾ, മറ്റ് ഡിഎൻഎ-അനുബന്ധ പ്രോട്ടീനുകൾ എന്നിവയ്ക്കായി ഡിഎൻഎ ടാർഗെറ്റുകളുടെ ജീനോം-വൈഡ് പ്രൊഫൈലിംഗ് ചിപ്-സെക് നൽകുന്നു.ഇത് ക്രോമാറ്റിൻ ഇമ്മ്യൂണോ-പ്രിസിപിറ്റേഷന്റെ (ChIP) പ്രത്യേക പ്രോട്ടീൻ-ഡിഎൻഎ കോംപ്ലക്സുകൾ വീണ്ടെടുക്കുന്നതിന് സംയോജിപ്പിക്കുന്നു, വീണ്ടെടുക്കപ്പെട്ട ഡിഎൻഎയുടെ ഉയർന്ന ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗിനായി അടുത്ത തലമുറ സീക്വൻസിംഗിന്റെ (NGS) പവർ.കൂടാതെ, പ്രോട്ടീൻ-ഡിഎൻഎ കോംപ്ലക്സുകൾ ജീവനുള്ള കോശങ്ങളിൽ നിന്ന് വീണ്ടെടുക്കുന്നതിനാൽ, ബൈൻഡിംഗ് സൈറ്റുകളെ വ്യത്യസ്ത കോശ തരങ്ങളിലും ടിഷ്യൂകളിലും അല്ലെങ്കിൽ വ്യത്യസ്ത സാഹചര്യങ്ങളിൽ താരതമ്യം ചെയ്യാം.ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌ഷണൽ റെഗുലേഷൻ മുതൽ ഡെവലപ്‌മെന്റ് പാത്ത്‌വേകൾ, ഡിസീസ് മെക്കാനിസങ്ങൾ, അതിനപ്പുറവും എന്നിങ്ങനെയാണ് ആപ്ലിക്കേഷനുകൾ.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: Illumina NovaSeq പ്ലാറ്റ്ഫോം
-
മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് -എൻജിഎസ്
പാരിസ്ഥിതിക മെറ്റാജെനോം, ഹ്യൂമൻ മെറ്റാജെനോം മുതലായ ജീവികളുടെ ഒരു സമ്മിശ്ര സമൂഹത്തിന്റെ മൊത്തം ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ശേഖരത്തെയാണ് മെറ്റാജെനോം സൂചിപ്പിക്കുന്നത്. ഇതിൽ കൃഷി ചെയ്യാവുന്നതും കൃഷി ചെയ്യാത്തതുമായ സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ ജീനോമുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുത്ത മിശ്രിത ജനിതക പദാർത്ഥങ്ങളെ വിശകലനം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു തന്മാത്രാ ഉപകരണമാണ് മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്, ഇത് സ്പീഷിസ് വൈവിധ്യവും സമൃദ്ധിയും, ജനസംഖ്യ ഘടന, ഫൈലോജെനറ്റിക് ബന്ധം, പ്രവർത്തനപരമായ ജീനുകൾ, പാരിസ്ഥിതിക ഘടകങ്ങളുമായുള്ള പരസ്പര ബന്ധ ശൃംഖല എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദമായ വിവരങ്ങൾ നൽകുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന നോവസെക് പ്ലാറ്റ്ഫോം
-
മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്-നാനോപോർ
പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ നിന്ന് വേർതിരിച്ചെടുത്ത മിശ്രിത ജനിതക പദാർത്ഥങ്ങളെ വിശകലനം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു തന്മാത്രാ ഉപകരണമാണ് മെറ്റാജെനോമിക്സ്, ഇത് സ്പീഷിസ് വൈവിധ്യവും സമൃദ്ധിയും, ജനസംഖ്യ ഘടന, ഫൈലോജെനറ്റിക് ബന്ധം, പ്രവർത്തനപരമായ ജീനുകൾ, പരിസ്ഥിതി ഘടകങ്ങളുമായുള്ള പരസ്പര ബന്ധ ശൃംഖല തുടങ്ങിയവയെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദമായ വിവരങ്ങൾ നൽകുന്നു. മെറ്റാജെനോമിക് പഠനങ്ങളിലേക്ക്.വായനാ ദൈർഘ്യത്തിലെ അതിന്റെ മികച്ച പ്രകടനം പ്രധാനമായും മെറ്റാജെനോമിക് വിശകലനത്തെ ഡൗൺ സ്ട്രീം മെച്ചപ്പെടുത്തി, പ്രത്യേകിച്ച് മെറ്റാജെനോം അസംബ്ലി.റീഡ്-ലെങ്ത് പ്രയോജനപ്പെടുത്തി, ഷോട്ട്-ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക്‌സുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ നാനോപോർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള മെറ്റാജെനോമിക് പഠനത്തിന് കൂടുതൽ തുടർച്ചയായ അസംബ്ലി നേടാൻ കഴിയും.നാനോപോർ അധിഷ്ഠിത മെറ്റാജെനോമിക്സ് മൈക്രോബയോമുകളിൽ നിന്ന് പൂർണ്ണവും അടഞ്ഞതുമായ ബാക്ടീരിയൽ ജീനോമുകൾ വിജയകരമായി സൃഷ്ടിച്ചതായി പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു (മോസ്, EL, et. al,പ്രകൃതി ബയോടെക്, 2020)
പ്ലാറ്റ്ഫോം:നാനോപോർ പ്രോമിതിയോൺ P48
-
മുഴുവൻ ജീനോം ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിങ്
സൈറ്റോസിനിൽ (5-എംസി) അഞ്ചാം സ്ഥാനത്തുള്ള ഡിഎൻഎ മെഥൈലേഷൻ ജീൻ എക്സ്പ്രഷനിലും സെല്ലുലാർ പ്രവർത്തനത്തിലും അടിസ്ഥാനപരമായ സ്വാധീനം ചെലുത്തുന്നു.അസാധാരണമായ മിഥിലേഷൻ പാറ്റേണുകൾ ക്യാൻസർ പോലുള്ള നിരവധി അവസ്ഥകളുമായും രോഗങ്ങളുമായും ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു.സിംഗിൾ ബേസ് റെസല്യൂഷനിൽ ജീനോം-വൈഡ് മീഥൈലേഷൻ പഠിക്കുന്നതിനുള്ള സ്വർണ്ണ നിലവാരമായി WGBS മാറി.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: Illumina NovaSeq പ്ലാറ്റ്ഫോം
-
ഹൈ ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് (ATAC-seq) ഉള്ള ട്രാൻസ്‌പോസേസ്-ആക്‌സസ് ചെയ്യാവുന്ന ക്രോമാറ്റിനിനായുള്ള പരിശോധന
ജീനോം-വൈഡ് ക്രോമാറ്റിൻ പ്രവേശനക്ഷമത വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് രീതിയാണ് ATAC-seq, ഇത് ജീൻ എക്സ്പ്രഷന്റെ ആഗോള എപിജെനെറ്റിക് നിയന്ത്രണത്തിന് പ്രധാനമാണ്.ഹൈപ്പർ ആക്റ്റീവ് Tn5 ട്രാൻസ്‌പോസേസ് വഴി ഓപ്പൺ ക്രോമാറ്റിൻ മേഖലകളിലേക്ക് സീക്വൻസിംഗ് അഡാപ്റ്ററുകൾ ചേർക്കുന്നു.പിസിആർ ആംപ്ലിഫിക്കേഷനുശേഷം, ഒരു സീക്വൻസിംഗ് ലൈബ്രറി നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നു.എല്ലാ ഓപ്പൺ ക്രോമാറ്റിൻ മേഖലകളും ഒരു പ്രത്യേക സ്ഥല-സമയ വ്യവസ്ഥയ്ക്ക് കീഴിൽ ലഭിക്കും, ഒരു ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഘടകം അല്ലെങ്കിൽ ഒരു നിശ്ചിത ഹിസ്റ്റോൺ പരിഷ്കരിച്ച പ്രദേശത്തിന്റെ ബൈൻഡിംഗ് സൈറ്റുകളിൽ മാത്രമല്ല.
-
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിങ്-പാക്ബയോ
വളരെ സംരക്ഷിതവും ഹൈപ്പർ-വേരിയബിൾ പ്രദേശങ്ങളും അടങ്ങുന്ന 16S, 18S rRNA കളിലെ ഉപയൂണിറ്റ് പ്രോകാരിയോട്ടിക്, യൂക്കറിയോട്ടിക് ജീവികളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിനുള്ള ഒരു തികഞ്ഞ തന്മാത്രാ വിരലടയാളമാണ്.സീക്വൻസിംഗിന്റെ പ്രയോജനം ഉപയോഗിച്ച്, ഈ ആംപ്ലിക്കോണുകൾ സംരക്ഷിത ഭാഗങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ടാർഗെറ്റുചെയ്യാനാകും, കൂടാതെ സൂക്ഷ്മജീവ വൈവിധ്യ വിശകലനം, ടാക്സോണമി, ഫൈലോജനി മുതലായവ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന പഠനങ്ങൾക്ക് സംഭാവന ചെയ്യുന്ന സൂക്ഷ്മജീവ തിരിച്ചറിയലിനായി ഹൈപ്പർ-വേരിയബിൾ പ്രദേശങ്ങളെ പൂർണ്ണമായി ചിത്രീകരിക്കാൻ കഴിയും. ) PacBio പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിന്റെ ക്രമം, പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ആംപ്ലിക്കോണുകൾ (ഏകദേശം 1.5 Kb) ഉൾക്കൊള്ളാൻ കഴിയുന്ന, വളരെ കൃത്യമായ ദീർഘമായ വായനകൾ ലഭ്യമാക്കുന്നു.ജനിതക മണ്ഡലത്തിന്റെ വിശാലമായ വീക്ഷണം ബാക്ടീരിയയിലോ ഫംഗസ് സമൂഹത്തിലോ സ്പീഷിസ് വ്യാഖ്യാനത്തിലെ മിഴിവ് വർദ്ധിപ്പിച്ചു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:PacBio സീക്വൽ II
-
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗ്-NGS
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിങ്, വളരെ സംഭാഷണം ചെയ്യപ്പെടുന്നതും ഹൈപ്പർവേരിയബിൾ ഭാഗങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്നതുമായ ഹൗസ് കീപ്പിംഗ് ജനിതക മാർക്കറുകളുടെ PCR ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ പരിശോധിച്ച് സൂക്ഷ്മജീവ സമൂഹത്തിലെ ഫൈലോജെനി, ടാക്സോണമി, സ്പീഷീസ് സമൃദ്ധി എന്നിവ വെളിപ്പെടുത്താൻ ലക്ഷ്യമിടുന്നു.Woeses et al,(1977) ഈ പെർഫെക്റ്റ് മോളിക്യുലാർ ഫിംഗർപ്രിന്റ് അവതരിപ്പിച്ചത് ഒറ്റപ്പെടൽ-രഹിത മൈക്രോബയോം പ്രൊഫൈലിങ്ങിനെ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നു.16 എസ് (ബാക്ടീരിയ), 18 എസ് (ഫംഗസ്), ഇന്റേണൽ ട്രാൻസ്‌ക്രൈബ് ചെയ്ത സ്‌പെയ്‌സർ (ഐടിഎസ്, ഫംഗസ്) എന്നിവയുടെ ക്രമം സമൃദ്ധമായ ഇനങ്ങളെയും അപൂർവവും തിരിച്ചറിയപ്പെടാത്തതുമായ ജീവിവർഗങ്ങളെ തിരിച്ചറിയാൻ അനുവദിക്കുന്നു.മനുഷ്യന്റെ വായ, കുടൽ, മലം മുതലായ വിവിധ പരിതസ്ഥിതികളിൽ ഡിഫറൻഷ്യൽ മൈക്രോബയൽ കോമ്പോസിഷൻ തിരിച്ചറിയുന്നതിൽ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ വ്യാപകമായി പ്രയോഗിക്കപ്പെടുന്നതും പ്രധാനവുമായ ഉപകരണമായി മാറിയിരിക്കുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന നോവസെക് പ്ലാറ്റ്ഫോം
-
ബാക്ടീരിയ, ഫംഗൽ ഹോൾ ജീനോം റീ-സീക്വൻസിങ്
അറിയപ്പെടുന്ന ബാക്ടീരിയയുടെയും ഫംഗസിന്റെയും ജീനോമുകൾ പൂർത്തിയാക്കുന്നതിനും ഒന്നിലധികം ജീനോമുകൾ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനോ പുതിയ ജീവികളുടെ ജീനോമുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുന്നതിനോ ഉള്ള ഒരു നിർണായക ഉപകരണമാണ് ബാക്ടീരിയ, ഫംഗൽ ഹോൾ ജീനോം റീ-സീക്വൻസിംഗ്.സൂക്ഷ്മജീവികളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിനും മറ്റ് താരതമ്യ ജീനോം പഠനങ്ങൾ നടത്തുന്നതിനും കൃത്യമായ റഫറൻസ് ജീനോമുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് ബാക്ടീരിയയുടെയും ഫംഗസിന്റെയും മുഴുവൻ ജീനോമുകളും ക്രമപ്പെടുത്തുന്നത് വളരെ പ്രധാനമാണ്.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന നോവസെക് പ്ലാറ്റ്ഫോം
-
PacBio-ഫുൾ-ലെങ്ത് 16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗ്
ആംപ്ലിക്കോൺ (16S/18S/ITS) പ്ലാറ്റ്ഫോം മൈക്രോബയൽ ഡൈവേഴ്‌സിറ്റി പ്രോജക്റ്റ് വിശകലനത്തിൽ വർഷങ്ങളോളം പരിചയമുള്ളതാണ്, അതിൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് അടിസ്ഥാന വിശകലനവും വ്യക്തിഗത വിശകലനവും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു: അടിസ്ഥാന വിശകലനം നിലവിലെ മൈക്രോബയൽ ഗവേഷണത്തിന്റെ മുഖ്യധാരാ വിശകലന ഉള്ളടക്കം ഉൾക്കൊള്ളുന്നു, വിശകലന ഉള്ളടക്കം സമ്പന്നവും സമഗ്രവുമാണ്, കൂടാതെ വിശകലന ഫലങ്ങൾ പ്രോജക്ട് റിപ്പോർട്ടുകളുടെ രൂപത്തിൽ അവതരിപ്പിക്കുന്നു;വ്യക്തിഗത വിശകലനത്തിന്റെ ഉള്ളടക്കം വൈവിധ്യപൂർണ്ണമാണ്.വ്യക്തിഗത ആവശ്യകതകൾ സാക്ഷാത്കരിക്കുന്നതിന്, അടിസ്ഥാന വിശകലന റിപ്പോർട്ടിനും ഗവേഷണ ഉദ്ദേശ്യത്തിനും അനുസരിച്ച് സാമ്പിളുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കാനും പരാമീറ്ററുകൾ അയവുള്ള രീതിയിൽ സജ്ജീകരിക്കാനും കഴിയും.വിൻഡോസ് ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം, ലളിതവും വേഗതയും.
-
PacBio-പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് (നോൺ-റഫറൻസ്)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing ഡാറ്റ ഇൻപുട്ടായി എടുക്കുമ്പോൾ, ഈ ആപ്പിന് പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസുകൾ (അസംബ്ലി ഇല്ലാതെ) തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും.റഫറൻസ് ജീനോമിനെതിരെ മുഴുനീള സീക്വൻസുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുന്നതിലൂടെ, അറിയപ്പെടുന്ന ജീനുകൾ, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ, കോഡിംഗ് മേഖലകൾ മുതലായവ ഉപയോഗിച്ച് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ കഴിയും. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, mRNA ഘടനകളെ കൂടുതൽ കൃത്യമായി തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും, അതായത് ഇതര വിഭജനം മുതലായവ.എൻജിഎസ് ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോം സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റയുമായുള്ള സംയുക്ത വിശകലനം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് തലത്തിൽ എക്സ്പ്രഷനിൽ കൂടുതൽ സമഗ്രമായ വ്യാഖ്യാനവും കൂടുതൽ കൃത്യമായ അളവെടുപ്പും പ്രാപ്തമാക്കുന്നു, ഇത് ഡൗൺസ്‌ട്രീം ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്‌സ്‌പ്രഷനും ഫങ്ഷണൽ വിശകലനത്തിനും ഏറെ പ്രയോജനം ചെയ്യുന്നു.
-
റിഡ്യൂസ്ഡ് റെപ്രസന്റേഷൻ ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് (RRBS)
ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണം എല്ലായ്പ്പോഴും രോഗ ഗവേഷണത്തിൽ ഒരു ചർച്ചാവിഷയമാണ്, കൂടാതെ ജീൻ എക്സ്പ്രഷനുമായും ഫിനോ-ടൈപ്പിക് സ്വഭാവങ്ങളുമായും അടുത്ത ബന്ധമുണ്ട്.ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണത്തിനുള്ള കൃത്യവും കാര്യക്ഷമവും സാമ്പത്തികവുമായ ഒരു രീതിയാണ് RRBS.എൻസൈമാറ്റിക് ക്ലീവേജ് (എംഎസ്പി I) വഴി പ്രൊമോട്ടർ, സിപിജി ദ്വീപ് പ്രദേശങ്ങൾ എന്നിവ സമ്പുഷ്ടമാക്കുന്നത്, ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗുമായി ചേർന്ന്, ഉയർന്ന റെസല്യൂഷൻ ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ കണ്ടെത്തൽ നൽകുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: Illumina NovaSeq പ്ലാറ്റ്ഫോം
-
പ്രോകാരിയോട്ടിക് mRNA സീക്വൻസിങ്
mRNA സീക്വൻസിങ് പ്രത്യേക വ്യവസ്ഥകളിൽ സെല്ലുകൾക്കുള്ളിലെ എല്ലാ mRNA ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളുടെയും സമഗ്രമായ പ്രൊഫൈലിങ്ങിനെ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.ഈ അത്യാധുനിക സാങ്കേതികവിദ്യ, സങ്കീർണ്ണമായ ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ പ്രൊഫൈലുകൾ, ജീൻ ഘടനകൾ, വൈവിധ്യമാർന്ന ജൈവ പ്രക്രിയകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട തന്മാത്രാ സംവിധാനങ്ങൾ എന്നിവ അനാവരണം ചെയ്യുന്ന ഒരു ശക്തമായ ഉപകരണമായി വർത്തിക്കുന്നു.അടിസ്ഥാന ഗവേഷണം, ക്ലിനിക്കൽ ഡയഗ്‌നോസ്റ്റിക്‌സ്, ഡ്രഗ് ഡെവലപ്‌മെന്റ് എന്നിവയിൽ വ്യാപകമായി സ്വീകരിച്ച എംആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് സെല്ലുലാർ ഡൈനാമിക്‌സിന്റെയും ജനിതക നിയന്ത്രണത്തിന്റെയും സങ്കീർണതകളിലേക്ക് ഉൾക്കാഴ്ച നൽകുന്നു.ഞങ്ങളുടെ പ്രോകാരിയോട്ടിക് എംആർഎൻഎ സാമ്പിൾ പ്രോസസ്സിംഗ് പ്രോകാരിയോട്ടിക് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമുകൾക്ക് അനുയോജ്യമായതാണ്, ആർആർഎൻഎ ശോഷണവും ദിശാസൂചന ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കലും ഉൾപ്പെടുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: ഇല്ലുമിന നോവസെക് എക്സ്
