പ്ലാന്റ്/ആനിമൽ ഹോൾ ജീനോം സീക്വൻസിങ്
1. സേവന നേട്ടങ്ങൾ
1000-ലധികം സ്പീഷീസുകൾക്കുള്ള ജീനോം സീക്വൻസിംഗിൽ വിപുലമായ അനുഭവം.
800-ലധികം പ്രസിദ്ധീകരിച്ച കേസുകൾ, 4000-ലധികം ആഘാത ഘടകം.
വേരിയേഷൻ കോളിംഗും ഫംഗ്‌ഷൻ വിശകലനവും സംബന്ധിച്ച സമഗ്രമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്‌സ് വിശകലനം.
2. സേവന സവിശേഷതകൾ
| പ്ലാറ്റ്ഫോം | പുസ്തകശാല | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സെക് ഡെപ്ത് | |
| ഇലുമിന | PE 150 | SNP-യ്‌ക്ക്, InDel കോളിംഗ് ≥ 10x SV-യ്‌ക്ക്, CNY കോളിംഗ് ≥ 30x
| |
| നാനോപോർ
| 8 കെ.ബി | SV-യ്‌ക്ക്, CNY കോളിംഗ് ≥ 20x | |
| പാക്ബിയോ | സി.സി.എസ് | 15 കെ.ബി | SNP, InDel, SV, CNY കോളിംഗിനായി ≥ 10x |
3. സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ
| പ്ലാറ്റ്ഫോം | Conc.(ng/μL)
| തുക (ng)
| ശുദ്ധി
| അഗറോസ് ജെൽ
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. പ്രധാന ബാൻഡ് ഇല്ലാത്തതോ പരിമിതമോ ഇല്ലാതെ മായ്ക്കുകജെല്ലിൽ ശോഷണം നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു. 2. ഇല്ല അല്ലെങ്കിൽ പരിമിതമായ RNA അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീൻ മലിനീകരണം
| ||||
| ഇലുമിന | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| നാനോപോർ
| ≥30 | ഡാറ്റ വിളവ് ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു 10μg/സെൽ | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| പാക്ബിയോ | സി.സി.എസ് | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. ബയോ ഇൻഫർമേഷൻ അനാലിസിസ്
5. സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ഡിഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കൽ
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
ഡാറ്റ ഡെലിവറി
1) ജീനോം മാപ്പിംഗിന്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
പട്ടിക 1 മാപ്പിംഗ് ഫലത്തിന്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
ചിത്രം 1 തിരുകൽ വലുപ്പത്തിന്റെയും റീഡ് കവറേജിന്റെയും വിതരണം.
2) വേരിയേറ്റ് ഡിറ്റക്ഷൻ
ചിത്രം 2 സാമ്പിളുകളിൽ SNP/INDEL/SV യുടെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളും വ്യാഖ്യാനവും
ചിത്രം 3 വ്യതിയാനങ്ങളുടെ ജീനോം-വൈഡ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ
3) വ്യതിയാനങ്ങളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനം
| 2019 | പ്രകൃതി ആശയവിനിമയങ്ങൾ | ബ്രാസിക്ക നാപസ് ഉത്ഭവവും അതിന്റെ മെച്ചപ്പെടുത്തലിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ജനിതക സ്ഥാനവും ഹോൾ-ജീനോം റെസീക്വൻസിംഗ് വെളിപ്പെടുത്തുന്നു |
| 2020 | PNAS | ഗോൾഡ് ഫിഷിന്റെ പരിണാമപരമായ ഉത്ഭവവും വളർത്തൽ ചരിത്രവും (കാരാസിയസ് ഓറാറ്റസ്) |
| 2021 | പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ | കൃഷി ചെയ്ത രണ്ട് ചണ സ്പീഷീസുകളുടെ റഫറൻസ് ജീനോമുകൾ |
| 2021 | പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ | പച്ചക്കറികളുടെയും എണ്ണക്കുരുക്കളുടെയും അലോപോളിപ്ലോയിഡ് ബ്രാസികാജുൻസിയയുടെയും ഗ്ലൂക്കോസിനോലേറ്റുകളുടെ ശേഖരണത്തെ നിയന്ത്രിക്കുന്ന ജനിതക ലോക്കിന്റെയും ജീനോമിക് സിഗ്നേച്ചറുകൾ |
| 2019 | തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ് | ലോകമെമ്പാടുമുള്ള റാപ്സീഡ് പ്രവേശനങ്ങളുടെ പൂർണ്ണ-ജീനോം അനുക്രമം അവയുടെ ഇക്കോടൈപ്പ് വ്യതിചലനത്തിന്റെ ജനിതക അടിസ്ഥാനം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു |
| 2022 | ഹോർട്ടികൾച്ചർ ഗവേഷണം | ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനം തണ്ണിമത്തൻ വിത്തിന്റെ സ്വാഭാവിക വ്യതിയാനത്തെക്കുറിച്ചുള്ള തന്മാത്രാ ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു |
| 2021 | ജേണൽ ഓഫ് എക്സ്പിരിമെന്റൽ ബോട്ടണി | ജീനോം വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനം പരുത്തിയിൽ തണുത്ത സഹിഷ്ണുത നൽകുന്ന GhSAD1 ന്റെ വകഭേദങ്ങൾ തിരിച്ചറിയുന്നു |
| 2021 | ജേണൽ ഓഫ് എക്സ്പിരിമെന്റൽ ബോട്ടണി | ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനവും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം താരതമ്യവും ക്യുടിഎൽ എന്ന നോവലും റാപ്സീഡിലെ ഇതളുകളുടെ വലിപ്പം നിയന്ത്രിക്കുന്ന കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനുകളും വെളിപ്പെടുത്തുന്നു. |
