ജീനോം പരിണാമം
ജീനോം ഡി നോവോ
അസംബ്ലി|ലൈംഗിക നിർണ്ണയം മുഴുവൻ സീക്വൻസിങ് ജോലികളും ഭാഗിക ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് സേവനങ്ങളും നൽകിയത് ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ് ആണ്.
അമൂർത്തമായ
"സീഡ്രാഗണുകളുടെ ഐക്കണിക് ഫിനോടൈപ്പിൽ ഇല പോലുള്ള അനുബന്ധങ്ങൾ, പല്ലില്ലാത്ത ട്യൂബുലാർ വായ, തുറന്ന "ബ്രൂഡ് പാച്ചിൽ" ബീജസങ്കലനം ചെയ്ത മുട്ടകൾ ഇൻകുബേഷൻ ചെയ്യുന്ന പുരുഷ ഗർഭധാരണം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.സാധാരണ സീഡ്രാഗണിന്റെയും (ഫൈലോപ്റ്റെറിക്സ് ടെയ്നിയോലാറ്റസ്) അതിന്റെ അടുത്ത ബന്ധമുള്ള ചീങ്കണ്ണിയുടെ (സിംഗനാത്തോയിഡ്സ് ബിയാകുലേറ്റസ്) സ്പീഷീസിന്റെയും ആൺ പെൺ ജീനോമുകൾ ഞങ്ങൾ ഡി നോവോ-സീക്വൻസ് ചെയ്തു.ഒരു പരിണാമ പുതുമയിൽ നിന്നുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ പ്രൊഫൈലുകൾ, ഇലകൾ പോലെയുള്ള അനുബന്ധങ്ങൾ, സാധാരണയായി ഫിൻ വികസനത്തിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ഒരു കൂട്ടം ജീനുകൾ സഹകരിച്ച്, ടിഷ്യു റിപ്പയർ ചെയ്യുന്നതിനും രോഗപ്രതിരോധ പ്രതിരോധ ജീനുകൾക്കുമായി ട്രാൻസ് സ്ക്രിപ്റ്റുകളുടെ സമ്പുഷ്ടീകരണവും കാണിക്കുന്നു.എല്ലാ സിൻഗ്നാത്തിഡുകളിലും നഷ്ടപ്പെടുന്ന scpp5 നായുള്ള സീബ്രാഫിഷ് മ്യൂട്ടന്റുകൾക്ക്, തൊണ്ടയിലെ പല്ലുകളുടെ അഭാവം അല്ലെങ്കിൽ രൂപഭേദം വരുത്തിയതായി കണ്ടെത്തി, scpp5 ന്റെ നഷ്ടം സിൻഗ്നാത്തിഡുകളിലെ പല്ലുകൾ നഷ്ടപ്പെടുന്നതിന് കാരണമായി എന്ന അനുമാനത്തെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു.സാധാരണ സീഡ്രാഗണും അലിഗേറ്റർ പൈപ്പ് ഫിഷും പങ്കിടുന്ന പുരുഷ-നിർദ്ദിഷ്ട amhr2y ജീനിനെ എൻകോഡിംഗ് ചെയ്യുന്ന ഒരു ലൈംഗിക-നിർണ്ണയ ലോക്കസ് തിരിച്ചറിഞ്ഞു. ”
വസ്തുക്കളും രീതികളും:
മെറ്റീരിയലുകൾ
Fഞങ്ങളുടെ സാധാരണ കടൽപ്പാലം (പി. ടെനിയോലാറ്റസ്) കൂടാതെ രണ്ട് അലിഗേറ്റർ പൈപ്പ് ഫിഷും (എസ് ബിയാകുലേറ്റസ്) മാതൃകകൾ.രണ്ട് സാധാരണ സീഡ്രാഗണും (ഒരു ആണും ഒരു പെണ്ണും) രണ്ട് അലിഗേറ്റർ പൈപ്പ് ഫിഷും (ഒരു ആണും ഒരു പെണ്ണും) വ്യക്തികളെ പൂർണ്ണ-ജീനോം സീക്വൻസിംഗിനായി ഉപയോഗിച്ചു, കൂടാതെ മറ്റ് രണ്ട് പുരുഷ സാധാരണ സീഡ്രാഗൺ വ്യക്തികളെ ജീനോം അനുക്രമണത്തിനായി ഉപയോഗിച്ചു.
ജീനോം സീക്വൻസിങ് തന്ത്രം
270/350 bp ലൈബ്രറി (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) അല്ലെങ്കിൽ Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).സീക്വൻസിംഗ്, കൂടാതെ മറ്റ് രണ്ട് പുരുഷ കോമൺ സീഡ്രാഗൺ വ്യക്തികൾ ജീനോം റീസീക്വൻസിംഗിനായി ഉപയോഗിച്ചു.
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം സീക്വൻസിങ്
Fഅല്ലെങ്കിൽ സാധാരണ സീഡ്രാഗൺ, മസ്തിഷ്കം, കണ്ണ്, ഗിൽ, കരൾ, ഹൃദയം, വൃക്ക, മെസെന്ററി, കുടൽ, പേശി, ചിറക്, തൊലി, ഇല പോലുള്ള അനുബന്ധങ്ങൾ, വൃഷണം, അണ്ഡാശയം എന്നിവ ശേഖരിച്ചു.
ജീനോം ഡി നോവോ അസംബ്ലി തന്ത്രം
Canu (തിരുത്തൽ) + WTDBG2 (അസംബ്ലി) + പൈലോൺ (പോളീഷ്) + ലാഷെസിസ് (Hi-C).
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
ചിത്രം.
ചിത്രം 2. സാധാരണ സീഡ്രാഗണിലെ (P. Taeniolatus) ഇല പോലുള്ള അനുബന്ധങ്ങളുടെ രൂപഘടനയും ജനിതക ഘടനയും.
ചിത്രം 3. കോമൺ സീഡ്രാഗണിലെയും (പി. ടെനിയോലാറ്റസ്) അലിഗേറ്റർ പൈപ്പ് ഫിഷിലെയും (എസ്. ബിയാകുലേറ്റസ്) ലിംഗനിർണയ ജീൻ.
ചിത്രം 4. സീബ്രാഫിഷ് scpp5 ഹോമോസൈഗസ് മ്യൂട്ടന്റുകളിലെ ഫോറിൻജിയൽ ടൂത്ത് ഫിനോടൈപ്പുകൾ.
പോസ്റ്റ് സമയം: ജനുവരി-08-2022