ജീനോം പരിണാമം, പാൻജിനോം
എന്താണ് പാൻ-ജീനോം?
സഞ്ചിത തെളിവുകൾ കാണിക്കുന്നത് ഒരു സ്പീഷിസിന്റെ വ്യത്യസ്ത ഇനങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസം വളരെ വലുതാണ്.ഒരു ജീവിവർഗത്തിന്റെ ജനിതക വിവരങ്ങളുടെ മുഴുവൻ ചിത്രവും നേടുന്നതിന് ഒരൊറ്റ ജീനോം പര്യാപ്തമല്ല.പാൻ-ജീനോം പഠനത്തിന്റെ ഉദ്ദേശം, ഒരു സ്പീഷിസിന്റെ കൂടുതൽ സമഗ്രമായ ജീനോമിക് ഗ്രാഫ് നേടുകയും സ്വഭാവങ്ങളും ജനിതക കോഡുകളും തമ്മിലുള്ള ബന്ധങ്ങൾ ഡീകോഡ് ചെയ്യുകയും നിരവധി സ്ട്രെയിനുകളുടെ ജീനോം ഡി നോവോ അസംബ്ലി നടത്തുകയും ചെയ്യുന്നു, ഇത് വ്യതിയാനങ്ങളുടെ ആഴവും വിശാലവുമായ ഖനനം അനുവദിക്കുന്നു.
പാൻ-ജീനോം പഠനത്തിന്റെ പ്രവണതകൾ
ചിത്രം 1 പാൻ-ജീനോമിന്റെ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ഗവേഷണ പ്രബന്ധങ്ങളുടെ പ്രവണതകൾ.
കുറിപ്പ്: നേച്ചർ, സെൽ, സയൻസ് സീരീസ് ജേണലുകളിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ലേഖനങ്ങളുടെ ശീർഷകങ്ങൾ തിരയുന്നതിനുള്ള പ്രധാന പദമായി "പാൻ-ജീനോം" എടുക്കുന്നതിന്റെ ഫലം ചിത്രം കാണിക്കുന്നു.
എ.ഒന്നിലധികം സാമ്പിളുകളിൽ നിന്നുള്ള വായനകൾ ഒരു റഫറൻസിലേക്ക് വിന്യസിക്കുകയും വിന്യസിക്കാത്തവ നോവൽ കോൺടിഗുകളായി കൂട്ടിച്ചേർക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.ഒറിജിനൽ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലേക്ക് ഈ നോവൽ കോൺടിഗുകൾ ചേർക്കുന്നതിലൂടെ, ഒരു പാൻജെനോം റഫറൻസ് നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും.എല്ലാ വായനകളും പാൻജെനോമിലേക്ക് തിരികെ മാപ്പുചെയ്യുന്നതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് വിതരണം ചെയ്യാവുന്ന പ്രദേശങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കുന്നത്.
ബി.ഒന്നിലധികം പ്രവേശനങ്ങളുടെ ജീനോമുകളുടെ ഡി നോവോ അസംബ്ലി, വിതരണം ചെയ്യാവുന്ന ജീനോമിക് മേഖലകളെ തിരിച്ചറിയാൻ മുഴുവൻ ജീനോം വിന്യാസ സമീപനങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു.
സി.മുഴുവൻ ജീനോം വിന്യാസങ്ങളിൽ നിന്നോ അല്ലെങ്കിൽ ഡി നോവോ ഗ്രാഫ് അസംബ്ലി വഴിയോ ഒരു പാൻ-ജീനോം ഗ്രാഫ് നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും, ഇത് ഗ്രാഫിലൂടെയുള്ള തനതായ പാതകളായി വിതരണം ചെയ്യാവുന്ന പ്രദേശങ്ങളുടെ വേരിയന്റ് വിവരങ്ങൾ കാര്യക്ഷമമായി സംഭരിക്കുന്നു.
ഒരു പാൻ-ജീനോം എങ്ങനെ നിർമ്മിക്കാം?
ചിത്രം 2 പാൻ-ജീനോം സമീപനങ്ങളുടെ താരതമ്യം1
എ.ഒന്നിലധികം സാമ്പിളുകളിൽ നിന്നുള്ള വായനകൾ ഒരു റഫറൻസിലേക്ക് വിന്യസിക്കുകയും വിന്യസിക്കാത്തവ നോവൽ കോൺടിഗുകളായി കൂട്ടിച്ചേർക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.ഒറിജിനൽ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലേക്ക് ഈ നോവൽ കോൺടിഗുകൾ ചേർക്കുന്നതിലൂടെ, ഒരു പാൻജെനോം റഫറൻസ് നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും.എല്ലാ വായനകളും പാൻജെനോമിലേക്ക് തിരികെ മാപ്പുചെയ്യുന്നതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് വിതരണം ചെയ്യാവുന്ന പ്രദേശങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കുന്നത്.
ബി.ഒന്നിലധികം പ്രവേശനങ്ങളുടെ ജീനോമുകളുടെ ഡി നോവോ അസംബ്ലി, വിതരണം ചെയ്യാവുന്ന ജീനോമിക് മേഖലകളെ തിരിച്ചറിയാൻ മുഴുവൻ ജീനോം വിന്യാസ സമീപനങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു.
സി.മുഴുവൻ ജീനോം വിന്യാസങ്ങളിൽ നിന്നോ അല്ലെങ്കിൽ ഡി നോവോ ഗ്രാഫ് അസംബ്ലി വഴിയോ ഒരു പാൻ-ജീനോം ഗ്രാഫ് നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും, ഇത് ഗ്രാഫിലൂടെയുള്ള തനതായ പാതകളായി വിതരണം ചെയ്യാവുന്ന പ്രദേശങ്ങളുടെ വേരിയന്റ് വിവരങ്ങൾ കാര്യക്ഷമമായി സംഭരിക്കുന്നു.
അടുത്തിടെ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച പാൻ-ജീനോമുകൾ
● ബലാത്സംഗ പാൻ-ജീനോമുകൾ2
● തക്കാളി പാൻ-ജീനോമുകൾ 3
● റൈസ് പാൻ -ജീനോം4
● സൂര്യകാന്തി പാൻ-ജീനോം5
● സോയാബീൻ പാൻ-ജീനോം 6
● റൈസ് പാൻ-ജീനോം7
● ബാർലി പാൻ-ജീനോം8
● ഗോതമ്പ് പാൻ-ജീനോം9
● സോർഗം പാൻ-ജീനോം10
● ഫൈറ്റോപ്ലാങ്ക്ടൺ പാൻ-ജീനോം11
റഫറൻസ്
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes എന്നിവയാണ് പുതിയ റഫറൻസ്.നാറ്റ് സസ്യങ്ങൾ.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. സോംഗ് JM, Guan Z, Hu J, et al.എട്ട് ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള ജീനോമുകൾ ബ്രാസിക്ക നാപസിന്റെ പാൻ-ജീനോം ആർക്കിടെക്ചറും ഇക്കോടൈപ്പ് വ്യത്യാസവും വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.നാറ്റ് സസ്യങ്ങൾ.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.തക്കാളി പാൻ-ജീനോം പുതിയ ജീനുകളും പഴങ്ങളുടെ രുചി നിയന്ത്രിക്കുന്ന ഒരു അപൂർവ അല്ലീലും കണ്ടെത്തുന്നു.നാറ്റ് ജെനെറ്റ്.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.പാൻ-ജീനോം വിശകലനം കൃഷി ചെയ്തതും കാട്ടു നെല്ലിലെയും ജീനോമിക് വ്യതിയാനത്തിന്റെ വ്യാപ്തി ഉയർത്തിക്കാട്ടുന്നു [പ്രസിദ്ധീകരിച്ച തിരുത്തൽ നാറ്റ് ജെനെറ്റിൽ ദൃശ്യമാകുന്നു.2018 ഓഗസ്റ്റ്;50(8):1196].നാറ്റ് ജെനെറ്റ്.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. ഹബ്നർ എസ്, ബെർകോവിച്ച് എൻ, ടോഡെസ്കോ എം, തുടങ്ങിയവർ.സൂര്യകാന്തി പാൻ-ജീനോം വിശകലനം കാണിക്കുന്നത് ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ ജീനിന്റെ ഉള്ളടക്കത്തിലും രോഗ പ്രതിരോധത്തിലും മാറ്റം വരുത്തി എന്നാണ്.നാറ്റ് സസ്യങ്ങൾ.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. ലിയു വൈ, ഡു എച്ച്, ലി പി, തുടങ്ങിയവർ.വൈൽഡ്, കൃഷി ചെയ്ത സോയാബീൻ എന്നിവയുടെ പാൻ-ജീനോം.സെൽ.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.33 ജനിതക വൈവിദ്ധ്യമുള്ള അരി പ്രവേശനങ്ങളുടെ പാൻ-ജീനോം വിശകലനം മറഞ്ഞിരിക്കുന്ന ജീനോമിക് വ്യതിയാനങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു [2021 മെയ് 25 ന് അച്ചടിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ഓൺലൈനിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്].സെൽ.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. ജയകോടി എം, പദ്മരാസു എസ്, ഹേബറർ ജി, തുടങ്ങിയവർ.ബാർലി പാൻ-ജീനോം മ്യൂട്ടേഷൻ ബ്രീഡിംഗിന്റെ മറഞ്ഞിരിക്കുന്ന പാരമ്പര്യം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.പ്രകൃതി.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. വാൽകോവിയാക് എസ്, ഗാവോ എൽ, മൊണാറ്റ് സി, തുടങ്ങിയവർ.ഒന്നിലധികം ഗോതമ്പ് ജീനോമുകൾ ആധുനിക ബ്രീഡിംഗിലെ ആഗോള വ്യതിയാനം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.പ്രകൃതി.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. താവോ വൈ, ലുവോ എച്ച്, സു ജെ, തുടങ്ങിയവർ.കൃഷി ചെയ്തതും കാട്ടുചേനയുടെ പാൻ-ജീനോമിനുള്ളിലെ വിപുലമായ വ്യതിയാനം [2021 മെയ് 20-ന് അച്ചടിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ഓൺലൈനിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു].നാറ്റ് സസ്യങ്ങൾ.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. ഫാൻ എക്സ്, ക്യു എച്ച്, ഹാൻ ഡബ്ല്യു, തുടങ്ങിയവർ.വൈവിധ്യമാർന്ന പ്രവർത്തനങ്ങളുടെ വിപുലമായ പ്രോകാരിയോട്ടിക് തിരശ്ചീന ജീൻ കൈമാറ്റം ഫൈറ്റോപ്ലാങ്ക്ടൺ പാൻജെനോം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.സയൻസ് അഡ്വ.2020;6(18):eaba0111.പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത് 2020 ഏപ്രിൽ 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
പോസ്റ്റ് സമയം: ജനുവരി-04-2022