GWAS
തലക്കെട്ട്: ബ്രാസിക്ക നാപസ് ഉത്ഭവവും അതിന്റെ മെച്ചപ്പെടുത്തലിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ജനിതക സ്ഥാനവും ഹോൾ-ജീനോം റെസീക്വൻസിംഗ് വെളിപ്പെടുത്തുന്നു
ജേണൽ: പ്രകൃതി ആശയവിനിമയം
NGS |WGS |അനുസരണമുള്ള |GWAS |ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം |RNAseq |ബ്രാസിക്ക നാപസ് |പരിണാമം |ഗാർഹികവൽക്കരണം
ഈ പഠനത്തിൽ, ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ് NGS സീക്വൻസിംഗിൽ സേവനങ്ങളും അതുപോലെ തന്നെ ഡാറ്റ സീക്വൻസിങ് സംബന്ധിച്ച ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനത്തിനുള്ള സാങ്കേതിക പിന്തുണയും നൽകി.
പശ്ചാത്തലം
ബ്രാസിക്ക നാപസ്(റേപ്സീഡ്) ഒരു പ്രധാന എണ്ണക്കുരു വിളയാണ്, കൂടാതെ പോളിപ്ലോയിഡ് സ്പെഷ്യേഷൻ, പരിണാമം, തിരഞ്ഞെടുപ്പ് എന്നിവയുടെ പ്രക്രിയകൾ അന്വേഷിക്കുന്നതിനുള്ള മികച്ച മാതൃകയാണ്.എന്നിരുന്നാലും, കാട്ടുമൃഗങ്ങളോ വളർത്തു ദാതാക്കളോ മാതാപിതാക്കളുടെ പൂർവ്വികർ ആണോ, കൂടാതെ റാപ്സീഡിന്റെ വളർത്തലിനും പുരോഗതിക്കും കാരണമായ ജീനുകൾ ഇപ്പോഴും അജ്ഞാതമാണ്.
വസ്തുക്കളും രീതികളും
മെറ്റീരിയലുകൾ:588ബി. നാപസ്ഏഷ്യയിൽ നിന്ന് 466, യൂറോപ്പിൽ നിന്ന് 102, വടക്കേ അമേരിക്കയിൽ നിന്ന് 13, ഓസ്ട്രേലിയയിൽ നിന്ന് 7 എന്നിങ്ങനെ ഈ പഠനത്തിൽ പ്രവേശനം ഉൾപ്പെട്ടിരുന്നു.വളർച്ചാ ശീല രേഖകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, ഈ പദാർത്ഥങ്ങളെ മൂന്ന് ഇക്കോടൈപ്പുകളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു;വസന്തകാലം (86 പ്രവേശനങ്ങൾ), ശീതകാലം (74 പ്രവേശനങ്ങൾ), സെമി-ശീതകാലം (428 പ്രവേശനങ്ങൾ).
ക്രമപ്പെടുത്തൽ:ശരാശരി ഏകദേശം.5× (3.37× മുതൽ 7.71× വരെ)
സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന ഹിസെക്ക് 4000
ഡാറ്റ ഉത്പാദനം:4.03 Tb ക്ലീൻ ഡാറ്റ
SNP കോളിംഗ്:BWA + GATK.5,294,158 എസ്എൻപികളും 1,307,151 ഇൻഡെലുകളും ലഭിച്ചു.
ഫലം
B. നാപസിന്റെ ഉത്ഭവം
ബി. നാപസ്യൂറോപ്യൻ ടേണിപ്പിന്റെ പൂർവ്വികനിൽ നിന്ന് ഒരു ഉപജാതി പരിണമിച്ചു.യൂറോപ്യൻ ടേണിപ്പിൽ നിന്ന് ഒരു ജീൻ ഫ്ലോ സംഭവംബി. നാപു106-1170 വർഷങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് ഒരു ഉപജാതി ഉണ്ടായി.ബി. നാപസ്സി സബ്ജെനോം ഈ വംശങ്ങളുടെ പൊതു പൂർവ്വികനിൽ നിന്ന് പരിണമിച്ചിരിക്കാം.യുടെ പൂർവ്വികൻബി. നാപസ്നാല് ബി ഒലറേസിയ ഉപജാതികളുടെ പൊതു പൂർവ്വികനിൽ നിന്ന് വിഭജിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു, സമീപകാല ജീൻ പ്രവാഹംബി. നാപസ്~108–898 വർഷം മുമ്പ്.ബി. നാപസ്സി സബ്ജെനോമിന് എ സബ്ജെനോമിനേക്കാൾ സങ്കീർണ്ണമായ ഉത്ഭവമുണ്ട്.ഈ സമയത്ത് രണ്ട് ഉപജാതികളിലും ശക്തമായ തടസ്സം വികസിച്ചുബി. നാപസ്പരിണാമം.ശൈത്യകാലവും അർദ്ധ ശീതകാലവുംബി. നാപസ്ഇക്കോടൈപ്പുകൾ ~60 വർഷം മുമ്പ് വ്യതിചലിച്ചു, അതേസമയം ശൈത്യകാലവും വസന്തവുംബി. നാപസ്~416 വർഷം മുമ്പ് വ്യതിചലിച്ചു, എണ്ണക്കുരുവും എണ്ണക്കുരുവുംബി. നാപസ്~277 വർഷം മുമ്പ് വ്യതിചലിച്ചു.
ചിത്രം 2. 588 ബി. നാപസ് പ്രവേശനങ്ങളുടെയും 199 ബി. റാപ്പ പ്രവേശനങ്ങളുടെയും ജനസംഖ്യാ ഘടന.
ചിത്രം 3 ജനസംഖ്യാ ഘടന 588 B. നാപസ് പ്രവേശനങ്ങളും 119 B. ഒലേറേസിയ പ്രവേശനങ്ങളും
സെലക്ഷൻ സിഗ്നലുകളും ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനങ്ങളും.
ഇംപ്രൂവ്മെന്റിന്റെ (എഫ്എസ്ഐ) ആദ്യ ഘട്ടത്തിൽ, എ സബ്ജെനോമിനേക്കാൾ കൂടുതൽ ജനിതക വൈവിധ്യം ബി. നാപസ് സി സബ്ജെനോമിൽ നഷ്ടപ്പെട്ടു.മെച്ചപ്പെടുത്തലിന്റെ രണ്ടാം ഘട്ടത്തേക്കാൾ (എസ്എസ്ഐ) കുറവ് ജനിതക വ്യത്യാസം എഫ്എസ്ഐ സമയത്ത് സംഭവിച്ചു.SSI-സെലക്ഷൻ സിഗ്നൽ മേഖലകളിലെ ജീനുകൾ സമ്മർദ്ദ സഹിഷ്ണുത, വികസനം, ഉപാപചയ പാതകൾ എന്നിവയിൽ സമ്പുഷ്ടമാക്കി.വിത്ത് വിളവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട 5, 3 മുതൽ സിലിക്ക് നീളം, 4 എണ്ണയുടെ അളവ്, 48 വിത്തിന്റെ ഗുണനിലവാരം എന്നിവ ഉൾപ്പെടെ 10 ലക്ഷ്യ സ്വഭാവങ്ങളുമായി കാര്യമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന 60 ലോക്കുകൾ തിരിച്ചറിഞ്ഞു.
ചിത്രം 4 B. നാപസിന്റെ SSI സമയത്ത് തിരഞ്ഞെടുത്ത പ്രദേശങ്ങളുടെ ജീനോം-വൈഡ് സ്കാനിംഗും വ്യാഖ്യാനങ്ങളും
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് വിശകലനം
ഉയർന്ന എണ്ണമയമുള്ളതും ഇരട്ടി കുറഞ്ഞതുമായ കൃഷിയിൽ നിന്നുള്ള 11 ടിഷ്യൂകളുടെ ആർഎൻഎസെക് ഡാറ്റയും ഗ്ലൂക്കോസിനോലേറ്റ് ബയോസിന്തറ്റിക് പ്രക്രിയയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനുകൾ തിരിച്ചറിഞ്ഞതും എണ്ണ-അളവ് കുറഞ്ഞതും ഇരട്ടി ഉയർന്നതുമായ ഇനങ്ങളിൽ നിന്നുള്ളതുമായ വിവരങ്ങളാണ്.
ചിത്രം 5 ബി. നാപസിന്റെ ഇക്കോടൈപ്പ് മെച്ചപ്പെടുത്തലിന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പിന് കീഴിലുള്ള പൂവിടുന്ന സമയ നിയന്ത്രണത്തിന്റെ അവലോകനം
ചർച്ച
ഈ പഠനം അതിന്റെ ഉത്ഭവവും മെച്ചപ്പെടുത്തൽ ചരിത്രവും മനസ്സിലാക്കുന്നതിന് വിലപ്പെട്ട ഒരു ഉറവിടം നൽകിബി. നാപസ്പ്രധാനപ്പെട്ട അഗ്രോണമിക് കോംപ്ലക്സ് സ്വഭാവങ്ങളുടെ ജനിതക അടിത്തറയുടെ വിഭജനം സുഗമമാക്കുകയും ചെയ്യും.അനുകൂലമായ വകഭേദങ്ങൾ, സെലക്ഷൻ സിഗ്നലുകൾ, കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനുകൾ എന്നിവയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട സുപ്രധാന എസ്എൻപികൾ ഭാവിയിൽ വലിയ തോതിൽ സംഭാവന ചെയ്യും, പ്രത്യേകിച്ച് ഈ സമീപകാല അലോപോളിപ്ലോയിഡ് വിളയുടെയും അതിന്റെ ബന്ധുക്കളുടെയും വിളവ്, വിത്തിന്റെ ഗുണനിലവാരം, എണ്ണയുടെ അളവ്, പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ എന്നിവ മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിന്.
റഫറൻസ്
ബ്രാസിക്ക നാപസ് ഉത്ഭവവും അതിന്റെ മെച്ചപ്പെടുത്തലിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ജനിതക സ്ഥാനവും ഹോൾ-ജീനോം റെസീക്വൻസിംഗ് വെളിപ്പെടുത്തുന്നു[J].പ്രകൃതി ആശയവിനിമയം, 2019, 10(1).
വാർത്തകളും ഹൈലൈറ്റുകളും ഏറ്റവും പുതിയ വിജയകരമായ കേസുകൾ ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസുമായി പങ്കിടാനും പുതിയ ശാസ്ത്രീയ നേട്ടങ്ങളും പഠനസമയത്ത് പ്രയോഗിച്ച പ്രമുഖ സാങ്കേതിക വിദ്യകളും പകർത്താനും ലക്ഷ്യമിടുന്നു.
പോസ്റ്റ് സമയം: ജനുവരി-05-2022