ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് ജനിതകമാറ്റം, പ്രത്യേകിച്ച് വലിയ തോതിലുള്ള ജനസംഖ്യയിൽ, ജനിതക അസോസിയേഷൻ പഠനങ്ങളിലെ ഒരു അടിസ്ഥാന ഘട്ടമാണ്, ഇത് പ്രവർത്തനപരമായ ജീൻ കണ്ടെത്തൽ, പരിണാമ വിശകലനം മുതലായവയ്ക്ക് ജനിതക അടിസ്ഥാനം നൽകുന്നു. ആഴത്തിലുള്ള മുഴുവൻ ജീനോം പുനഃക്രമീകരണത്തിന് പകരം, പ്രാതിനിധ്യം കുറയ്ക്കൽ ജീനോം സീക്വൻസിങ് (RRGS) ) ജനിതക മാർക്കർ കണ്ടെത്തലിൽ ന്യായമായ കാര്യക്ഷമത നിലനിർത്തിക്കൊണ്ട് ഓരോ സാമ്പിളിനും സീക്വൻസിങ് ചെലവ് കുറയ്ക്കുന്നതിനാണ് അവതരിപ്പിക്കുന്നത്.നൽകിയിരിക്കുന്ന വലുപ്പ പരിധിക്കുള്ളിൽ നിയന്ത്രണ ശകലം എക്‌സ്‌ട്രാക്റ്റുചെയ്യുന്നതിലൂടെയാണ് ഇത് സാധാരണയായി നേടുന്നത്, ഇതിനെ കുറച്ച പ്രാതിനിധ്യ ലൈബ്രറി (RRL) എന്ന് വിളിക്കുന്നു.സ്‌പെസിഫിക്-ലോക്കസ് ആംപ്ലിഫൈഡ് ഫ്രാഗ്മെന്റ് സീക്വൻസിംഗ് (എസ്‌എൽഎഎഫ്-സെക്) എന്നത് ഡി നോവോ എസ്എൻപി കണ്ടെത്തലിനും വലിയ ജനസംഖ്യയുടെ എസ്എൻപി ജനിതകരൂപീകരണത്തിനുമുള്ള സ്വയം വികസിപ്പിച്ച തന്ത്രമാണ്.
സാങ്കേതിക വർക്ക്ഫ്ലോ
SLAF vs നിലവിലുള്ള RRL രീതികൾ
SLAF ന്റെ പ്രയോജനങ്ങൾ
ഉയർന്ന ജനിതക മാർക്കർ കണ്ടെത്തൽ കാര്യക്ഷമത- ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് സാങ്കേതികവിദ്യയുമായി സംയോജിപ്പിച്ച്, ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ഉപയോഗിച്ചോ അല്ലാതെയോ വൈവിധ്യമാർന്ന ഗവേഷണ പ്രോജക്റ്റുകളുടെ അഭ്യർത്ഥന നിറവേറ്റുന്നതിനായി മുഴുവൻ ജീനോമിനുള്ളിലും കണ്ടെത്തിയ ലക്ഷക്കണക്കിന് ടാഗുകൾ SLAF-Seq-ന് നേടാനാകും.
ഇഷ്ടാനുസൃതവും വഴക്കമുള്ളതുമായ പരീക്ഷണാത്മക ഡിസൈൻ- വ്യത്യസ്ത ഗവേഷണ ലക്ഷ്യങ്ങൾക്കോ സ്പീഷീസുകൾക്കോ വേണ്ടി, സിംഗിൾ-എൻസൈം, ഡ്യുവൽ-എൻസൈം, മൾട്ടി-എൻസൈം ദഹനം എന്നിവ ഉൾപ്പെടെ വ്യത്യസ്ത എൻസൈമാറ്റിക് ദഹന തന്ത്രങ്ങൾ ലഭ്യമാണ്.ഒരു ഒപ്റ്റിമൽ എൻസൈം ഡിസൈൻ ഉറപ്പാക്കാൻ ദഹന തന്ത്രം സിലിക്കോയിൽ മുൻകൂട്ടി വിലയിരുത്തും.
എൻസൈമാറ്റിക് ദഹനത്തിൽ ഉയർന്ന ദക്ഷത- മുൻകൂട്ടി രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത എൻസൈമാറ്റിക് ദഹനം ക്രോമസോമിൽ കൂടുതൽ തുല്യമായി വിതരണം ചെയ്യപ്പെടുന്ന SLAF-കൾ നൽകുന്നു.ശകലങ്ങളുടെ ശേഖരണം കാര്യക്ഷമമായാൽ 95%-ൽ കൂടുതൽ നേടാൻ കഴിയും.
ആവർത്തന ക്രമം ഒഴിവാക്കുക– SLAF-Seq ഡാറ്റയിലെ ആവർത്തന ക്രമത്തിന്റെ ശതമാനം 5%-ൽ താഴെയായി കുറഞ്ഞു, പ്രത്യേകിച്ച് ഗോതമ്പ്, ചോളം മുതലായവ ഉയർന്ന തലത്തിലുള്ള ആവർത്തന ഘടകങ്ങളുള്ള സ്പീഷീസുകളിൽ.
സ്വയം വികസിപ്പിച്ച ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വർക്ക്ഫ്ലോ- അന്തിമ ഔട്ട്‌പുട്ടിന്റെ വിശ്വാസ്യതയും കൃത്യതയും ഉറപ്പാക്കാൻ SLAF-Seq സാങ്കേതികവിദ്യയ്ക്ക് ബാധകമായ ഒരു സംയോജിത ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വർക്ക്ഫ്ലോ BMK വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു.
SLAF ന്റെ അപേക്ഷ
ജനിതക ലിങ്കേജ് മാപ്പ്
ഉയർന്ന സാന്ദ്രതയുള്ള ജനിതക ഭൂപട നിർമ്മാണവും പൂച്ചെടിയിലെ പുഷ്പ-തരം സ്വഭാവസവിശേഷതകളെ നിയന്ത്രിക്കുന്ന ലോക്കിയുടെ തിരിച്ചറിയലും (ക്രിസന്തമം x മോറിഫോളിയം റാമറ്റ്.)
ജേണൽ: ഹോർട്ടികൾച്ചർ റിസർച്ച് പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: 2020.7
GWAS
ജീനോം വൈഡ് അസോസിയേഷനും ലിങ്കേജ് മാപ്പിംഗും ഉപയോഗിച്ച് സോയാബീൻ വിത്തുകളിലെ ഐസോഫാവോൺ ഉള്ളടക്കവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഒരു കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനിന്റെ തിരിച്ചറിയൽ
ജേണൽ: ദി പ്ലാന്റ് ജേണൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: 2020.08
പരിണാമ ജനിതകശാസ്ത്രം
ജനസംഖ്യാ ജീനോമിക് വിശകലനവും ഡി നോവോ അസംബ്ലിയും ഒരു പരിണാമ ഗെയിമായി കള നെല്ലിന്റെ ഉത്ഭവം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു
ജേണൽ: മോളിക്യുലാർ പ്ലാന്റ് പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: 2019.5
ബൾക്ക്ഡ് സെഗ്രഗന്റ് അനാലിസിസ് (ബിഎസ്എ)
ഒരു സൾഫോട്രാൻസ്ഫെറേസ് എൻകോഡ് ചെയ്യുന്ന GmST1, സോയാബീൻ മൊസൈക് വൈറസ് സ്ട്രെയിനുകൾ G2, G3 എന്നിവയ്ക്കുള്ള പ്രതിരോധം നൽകുന്നു.
ജേണൽ: പ്ലാന്റ്, സെൽ & എൻവയോൺമെന്റ് പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: 2021.04
റഫറൻസ്
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ്[ജെ] ഉപയോഗിച്ച് വലിയ തോതിലുള്ള ഡി നോവോ എസ്എൻപി കണ്ടെത്തലിന്റെയും ജനിതകരൂപീകരണത്തിന്റെയും കാര്യക്ഷമമായ രീതി.പ്ലോസ് ഒന്ന്, 2013, 8(3):e58700
സോങ് X, Xu Y, Gao K, et al.ഉയർന്ന സാന്ദ്രതയുള്ള ജനിതക ഭൂപട നിർമ്മാണവും പൂച്ചെടിയിലെ പുഷ്പ-തരം സ്വഭാവസവിശേഷതകളെ നിയന്ത്രിക്കുന്ന ലോക്കിയുടെ തിരിച്ചറിയലും (ക്രിസന്തമം × മോറിഫോളിയം റാമറ്റ്.).ഹോർട്ടിക് റെസ്.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.ജീനോം വൈഡ് അസോസിയേഷനും ലിങ്കേജ് മാപ്പിംഗും ഉപയോഗിച്ച് സോയാബീൻ വിത്തുകളിലെ ഐസോഫ്ലേവോൺ ഉള്ളടക്കവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഒരു കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനിന്റെ തിരിച്ചറിയൽ.പ്ലാന്റ് ജെ. 2020;104(4): 950-963.
സൺ ജെ, മാ ഡി, ടാങ് എൽ, തുടങ്ങിയവർ.പോപ്പുലേഷൻ ജെനോമിക് അനാലിസിസും ഡി നോവോ അസംബ്ലിയും ഒരു പരിണാമ ഗെയിമായി കള നെല്ലിന്റെ ഉത്ഭവം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു.മോൾ പ്ലാന്റ്.2019;12(5):632-647.മോൾ പ്ലാന്റ്.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.ഒരു സൾഫോട്രാൻസ്ഫെറേസ് എൻകോഡ് ചെയ്യുന്ന GmST1, സോയാബീൻ മൊസൈക് വൈറസ് സ്‌ട്രയിനായ G2, G3 എന്നിവയ്‌ക്കെതിരായ പ്രതിരോധം നൽകുന്നു.പ്ലാന്റ് സെൽ പരിസ്ഥിതി.2021;10.1111/pce.14066
പോസ്റ്റ് സമയം: ജനുവരി-04-2022