● ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള അസംബ്ലി- സ്പീഷീസ് ഐഡന്റിഫിക്കേഷന്റെയും ഫങ്ഷണൽ ജീൻ പ്രവചനത്തിന്റെയും കൃത്യത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു
● അടഞ്ഞ ബാക്ടീരിയൽ ജീനോം ഒറ്റപ്പെടുത്തൽ
● വൈവിധ്യമാർന്ന മേഖലയിൽ കൂടുതൽ ശക്തവും വിശ്വസനീയവുമായ പ്രയോഗം, ഉദാ രോഗകാരിയായ സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ അല്ലെങ്കിൽ ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനുകൾ കണ്ടെത്തൽ
● താരതമ്യ മെറ്റാജെനോം വിശകലനം
പ്ലാറ്റ്ഫോം | ക്രമപ്പെടുത്തൽ | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ | തിരിയുന്ന സമയം |
നാനോപോർ | ONT | 6 ജി/10 ജി | 65 പ്രവൃത്തി ദിനങ്ങൾ |
● റോ ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം
● മെറ്റാജെനോം അസംബ്ലി
● അനാവശ്യമായ ജീൻ സെറ്റും വ്യാഖ്യാനവും
● സ്പീഷീസ് ഡൈവേഴ്സിറ്റി വിശകലനം
● ജനിതക പ്രവർത്തന വൈവിധ്യ വിശകലനം
● ഇന്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
● പരീക്ഷണാത്മക ഘടകങ്ങൾക്കെതിരായ അസോസിയേഷൻ വിശകലനം
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ:
വേണ്ടിഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ:
സാമ്പിൾ തരം | തുക | ഏകാഗ്രത | ശുദ്ധി |
ഡിഎൻഎ എക്സ്ട്രാക്റ്റുകൾ | 1-1.5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകൾക്കായി:
സാമ്പിൾ തരം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ നടപടിക്രമം |
മണ്ണ് | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;ശേഷിക്കുന്ന വാടിയ പദാർത്ഥം ഉപരിതലത്തിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്;വലിയ കഷണങ്ങൾ പൊടിക്കുക, 2 മില്ലീമീറ്റർ ഫിൽട്ടറിലൂടെ കടന്നുപോകുക;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ സൈറോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ. |
മലം | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സാമ്പിളുകൾ ശേഖരിക്കുകയും ശേഖരിക്കുകയും ചെയ്യുക. |
കുടൽ ഉള്ളടക്കം | അസെപ്റ്റിക് അവസ്ഥയിൽ സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്.പിബിഎസ് ഉപയോഗിച്ച് ശേഖരിച്ച ടിഷ്യു കഴുകുക;PBS സെൻട്രിഫ്യൂജ് ചെയ്ത് EP-ട്യൂബുകളിൽ അവശിഷ്ടം ശേഖരിക്കുക. |
ചെളി | സാമ്പിൾ തുക: ഏകദേശം.5 ഗ്രാം;റിസർവേഷനായി അണുവിമുക്തമായ ഇപി-ട്യൂബിലോ ക്രയോട്യൂബിലോ അലിക്വോട്ട് സ്ലഡ്ജ് സാമ്പിൾ ശേഖരിക്കുക |
ജലാശയം | ടാപ്പ് വെള്ളം, കിണർ വെള്ളം മുതലായവ പരിമിതമായ അളവിലുള്ള സൂക്ഷ്മജീവികളുള്ള സാമ്പിളിനായി, കുറഞ്ഞത് 1 ലിറ്റർ വെള്ളമെങ്കിലും ശേഖരിച്ച് 0.22 μm ഫിൽട്ടറിലൂടെ മെംബ്രണിലെ സൂക്ഷ്മജീവികളെ സമ്പന്നമാക്കുക.മെംബ്രൺ അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ സൂക്ഷിക്കുക. |
തൊലി | അണുവിമുക്തമായ കോട്ടൺ സ്വാബ് അല്ലെങ്കിൽ സർജിക്കൽ ബ്ലേഡ് ഉപയോഗിച്ച് ചർമ്മത്തിന്റെ ഉപരിതലം ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം ചുരണ്ടുക, അണുവിമുക്തമായ ട്യൂബിൽ വയ്ക്കുക. |
3-4 മണിക്കൂർ ദ്രാവക നൈട്രജനിൽ സാമ്പിളുകൾ ഫ്രീസ് ചെയ്ത് ദ്രവ നൈട്രജൻ അല്ലെങ്കിൽ -80 ഡിഗ്രി മുതൽ ദീർഘകാല റിസർവേഷനിൽ സൂക്ഷിക്കുക.ഡ്രൈ-ഐസ് ഉള്ള സാമ്പിൾ ഷിപ്പിംഗ് ആവശ്യമാണ്.
1.ഹീറ്റ്മാപ്പ്: സ്പീഷീസ് റിച്ച്നസ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്2.കെഇജിജി ഉപാപചയ പാതകളിലേക്ക് വ്യാഖ്യാനിച്ച ഫങ്ഷണൽ ജീനുകൾ3. സ്പീഷീസ് കോറിലേഷൻ നെറ്റ്വർക്ക്4. CARD ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധ ജീനുകളുടെ സർക്കോസ്
ബിഎംകെ കേസ്
നാനോപോർ മെറ്റാജെനോമിക്സ് ബാക്ടീരിയ ലോവർ റെസ്പിറേറ്ററി അണുബാധയുടെ ദ്രുത ക്ലിനിക്കൽ രോഗനിർണയം സാധ്യമാക്കുന്നു
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്:നേച്ചർ ബയോടെക്നോളജി, 2019
സാങ്കേതിക ഹൈലൈറ്റുകൾ
അനുക്രമം: നാനോപോർ മിനിയൺ
ക്ലിനിക്കൽ മെറ്റാജെനോമിക്സ് ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്: ഹോസ്റ്റ് ഡിഎൻഎ ഡിപ്ലിഷൻ, WIMP, ARMA വിശകലനം
ദ്രുത കണ്ടെത്തൽ: 6 മണിക്കൂർ
ഉയർന്ന സംവേദനക്ഷമത: 96.6%
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
2006-ൽ, ലോവർ റെസ്പിറേറ്ററി അണുബാധ (LR) ആഗോളതലത്തിൽ 3 ദശലക്ഷം മനുഷ്യരുടെ മരണത്തിന് കാരണമായി.LR1 രോഗാണുക്കളെ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള സാധാരണ രീതി കൃഷിയാണ്, ഇതിന് മോശം സംവേദനക്ഷമതയും ദീർഘനേരം തിരിയുന്ന സമയവും ആദ്യകാല ആന്റിബയോട്ടിക് തെറാപ്പിയിലെ മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശത്തിന്റെ അഭാവവുമാണ്.വേഗമേറിയതും കൃത്യവുമായ സൂക്ഷ്മജീവി രോഗനിർണയം വളരെക്കാലമായി അടിയന്തിര ആവശ്യമാണ്.ഈസ്റ്റ് ആംഗ്ലിയ സർവകലാശാലയിലെ ഡോ. ജസ്റ്റിനും അദ്ദേഹത്തിന്റെ പങ്കാളികളും രോഗാണുക്കളെ കണ്ടെത്തുന്നതിനായി നാനോപോർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള മെറ്റാജെനോമിക് രീതി വിജയകരമായി വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു.അവരുടെ വർക്ക്ഫ്ലോ അനുസരിച്ച്, ഹോസ്റ്റ് ഡിഎൻഎയുടെ 99.99% കുറയും.രോഗാണുക്കളെയും ആൻറിബയോട്ടിക് പ്രതിരോധശേഷിയുള്ള ജീനുകളിലെയും കണ്ടെത്തൽ 6 മണിക്കൂർ കൊണ്ട് പൂർത്തിയാക്കാം.
റഫറൻസ്
ചരലമ്പസ്, ടി., കേ, ജി.എൽ, റിച്ചാർഡ്സൺ, എച്ച്., അയ്ഡിൻ, എ., & ഒ'ഗ്രേഡി, ജെ.(2019).നാനോപോർ മെറ്റാജെനോമിക്സ് ബാക്ടീരിയ ലോവർ റെസ്പിറേറ്ററി അണുബാധയുടെ ദ്രുത ക്ലിനിക്കൽ രോഗനിർണയം സാധ്യമാക്കുന്നു.നേച്ചർ ബയോടെക്നോളജി, 37(7), 1.