ഒരു കോശത്തിന്റെയോ ടിഷ്യുവിന്റെയോ ജീവിയുടെയോ മൊത്തത്തിലുള്ള പ്രോട്ടീനുകളുടെ അളവ് നിർണ്ണയിക്കുന്നതിനുള്ള സാങ്കേതികവിദ്യകളുടെ പ്രയോഗങ്ങൾ പ്രോട്ടിയോമിക്സിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു.വിവിധ ഡയഗ്നോസ്റ്റിക് മാർക്കറുകൾ കണ്ടെത്തൽ, വാക്സിൻ ഉൽപ്പാദനത്തിനുള്ള ഉദ്യോഗാർത്ഥികൾ, രോഗകാരണ സംവിധാനങ്ങൾ മനസ്സിലാക്കൽ, വ്യത്യസ്ത സിഗ്നലുകളോടുള്ള പ്രതികരണമായി ആവിഷ്കാര പാറ്റേണുകളിൽ മാറ്റം വരുത്തൽ, വിവിധ രോഗങ്ങളിലെ പ്രവർത്തനക്ഷമമായ പ്രോട്ടീൻ പാതകളുടെ വ്യാഖ്യാനം എന്നിങ്ങനെ വിവിധ ഗവേഷണ ക്രമീകരണങ്ങൾക്കായി പ്രോട്ടിയോമിക്സ് അധിഷ്ഠിത സാങ്കേതികവിദ്യകൾ വിവിധ ശേഷികളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു.നിലവിൽ, ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് പ്രോട്ടിയോമിക്സ് സാങ്കേതികവിദ്യകളെ പ്രധാനമായും ടിഎംടി, ലേബൽ ഫ്രീ, ഡിഐഎ ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് സ്ട്രാറ്റജികളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു.