മുഴുനീള mRNA സീക്വൻസിങ്-നാനോപോർ
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
● കുറഞ്ഞ സീക്വൻസ് ബയസ്
● പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള cDNA തന്മാത്രകൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു
● അതേ എണ്ണം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ഉൾക്കൊള്ളാൻ കുറച്ച് ഡാറ്റ ആവശ്യമാണ്
● ഓരോ ജീനിനും ഒന്നിലധികം ഐസോഫോമുകൾ തിരിച്ചറിയൽ
● ഐസോഫോം ലെവലിൽ എക്സ്പ്രഷൻ ക്വാണ്ടിഫിക്കേഷൻ
സേവന സവിശേഷതകൾ
| പുസ്തകശാല | പ്ലാറ്റ്ഫോം | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ വരുമാനം (Gb) | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| cDNA-PCR(Poly-A സമ്പുഷ്ടമാക്കിയത്) | നാനോപോർ പ്രോമിതിയോൺ P48 | 6 ജിബി/സാമ്പിൾ (ഇനങ്ങളെ ആശ്രയിച്ച്) | മുഴുനീള അനുപാതം "70% ശരാശരി ഗുണനിലവാര സ്കോർ: Q10
|
ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ
●റോ ഡാറ്റ പ്രോസസ്സിംഗ്
● ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് തിരിച്ചറിയൽ
● ഇതര വിഭജനം
● ജീൻ ലെവലിലും ഐസോഫോം ലെവലിലും എക്സ്പ്രഷൻ ക്വാണ്ടിഫിക്കേഷൻ
● ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം
● പ്രവർത്തന വ്യാഖ്യാനവും സമ്പുഷ്ടീകരണവും (DEG-കളും DET-കളും)
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളും ഡെലിവറിയും
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ:
ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ:
| Conc.(ng/μl) | തുക (μg) | ശുദ്ധി | സമഗ്രത |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ജെല്ലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന പ്രോട്ടീനോ DNA മലിനീകരണമോ പരിമിതമോ ഇല്ലയോ. | ചെടികൾക്ക്: RIN≥7.0; മൃഗങ്ങൾക്ക്: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അടിസ്ഥാനപരമായ ഉയരം ഇല്ല |
ടിഷ്യു: ഭാരം(ഉണങ്ങിയത്): ≥1 ഗ്രാം
*5 മില്ലിഗ്രാമിൽ താഴെയുള്ള ടിഷ്യൂകൾക്ക്, ഫ്ലാഷ് ഫ്രോസൻ (ദ്രാവക നൈട്രജനിൽ) ടിഷ്യു സാമ്പിൾ അയയ്ക്കാൻ ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.
സെൽ സസ്പെൻഷൻ: സെല്ലുകളുടെ എണ്ണം = 3×106- 1×107
*ശീതീകരിച്ച സെൽ ലൈസേറ്റ് അയയ്ക്കാൻ ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.ആ സെല്ലിന്റെ എണ്ണം 5×10-ൽ കുറവാണെങ്കിൽ5, ലിക്വിഡ് നൈട്രജനിൽ ഫ്രീസുചെയ്‌ത ഫ്ലാഷ് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു, ഇത് മൈക്രോ എക്സ്ട്രാക്ഷന് അഭികാമ്യമാണ്.
രക്ത സാമ്പിളുകൾ: വോളിയം≥1 മില്ലി
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
കണ്ടെയ്നർ: 2 മില്ലി സെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (ടിൻ ഫോയിൽ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല)
സാമ്പിൾ ലേബലിംഗ്: ഗ്രൂപ്പ്+റെപ്ലിക്കേറ്റ് ഉദാ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
കയറ്റുമതി: 2, ഡ്രൈ-ഐസ്: സാമ്പിളുകൾ ബാഗുകളിൽ പായ്ക്ക് ചെയ്യുകയും ഡ്രൈ-ഐസിൽ കുഴിച്ചിടുകയും വേണം.
- ആർഎൻഎ സ്റ്റേബിൾ ട്യൂബുകൾ: ആർഎൻഎ സാമ്പിളുകൾ ആർഎൻഎ സ്റ്റബിലൈസേഷൻ ട്യൂബിൽ ഉണക്കി മുറിയിലെ ഊഷ്മാവിൽ അയയ്ക്കാം.
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ:
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
ടിഷ്യു:
പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ആർഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കൽ
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
1.ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം - അഗ്നിപർവ്വത പ്ലോട്ട്
വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ജീനുകളെ (DEGs) തിരിച്ചറിയാൻ ജീൻ തലത്തിലും വ്യത്യസ്തമായി തിരിച്ചറിയാൻ ഐസോഫോം തലത്തിലും ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം നടത്താം.
പ്രകടിപ്പിച്ച ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ (ഡിഇടി)
2.ഹൈറാർക്കിക്കൽ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഹീറ്റ്മാപ്പ്
3.ആൾട്ടർനേറ്റീവ് സ്പൈക്കിംഗ് ഐഡന്റിഫിക്കേഷനും വർഗ്ഗീകരണവും
അഞ്ച് തരത്തിലുള്ള ഇതര സ്പൈക്കിംഗ് ഇവന്റുകൾ അസ്തലവിസ്റ്റയ്ക്ക് പ്രവചിക്കാൻ കഴിയും.
4.ആൾട്ടർനേറ്റീവ് പോളി-അഡെനൈലേഷൻ (എപിഎ) ഇവന്റുകൾ തിരിച്ചറിയലും പോളി-എയുടെ 50 ബിപി അപ്‌സ്ട്രീമിലുള്ള മോട്ടിഫും
ബിഎംകെ കേസ്
നാനോപോർ ഫുൾ-ലെംഗ്ത് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം സീക്വൻസിംഗ് വഴി ഇതര സ്പ്ലിസിംഗ് ഐഡന്റിഫിക്കേഷനും ഐസോഫോം-ലെവൽ ക്വാണ്ടിഫിക്കേഷനും
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്:നേച്ചർ കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ്, 2020
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:
ഗ്രൂപ്പിംഗ്: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E മ്യൂട്ടേഷൻ);3. സാധാരണ ബി-കോശങ്ങൾ
സീക്വൻസിങ് സ്ട്രാറ്റജി: MinION 2D ലൈബ്രറി സീക്വൻസിങ്, PromethION 1D ലൈബ്രറി സീക്വൻസിങ്;ഒരേ സാമ്പിളുകളിൽ നിന്നുള്ള ഹ്രസ്വ-വായന ഡാറ്റ
സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോം: നാനോപോർ മിനിയൺ;നാനോപോർ പ്രോമിതിയോൺ;
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
1.ഐസോഫോം-ലെവൽ ആൾട്ടർനേറ്റീവ് സ്പ്ലിസിംഗ് ഐഡന്റിഫിക്കേഷൻ
ദീർഘനേരം വായിക്കുന്ന സീക്വൻസുകൾ മ്യൂട്ടന്റ് SF3B1 തിരിച്ചറിയാൻ പ്രാപ്തമാക്കുന്നുK700E-ഐസോഫോം ലെവലിൽ സ്പൈസ് സൈറ്റുകൾ മാറ്റി.35 ഇതര 3′SS-കളും 10 ഇതര 5′SS-കളും SF3B1 തമ്മിൽ കാര്യമായി വ്യത്യാസപ്പെട്ടിരിക്കുന്നതായി കണ്ടെത്തി.K700Eകൂടാതെ SF3B1WT.35 മാറ്റങ്ങളിൽ 33 എണ്ണവും ദീർഘനേരം വായിച്ച ക്രമങ്ങൾ വഴി പുതിയതായി കണ്ടെത്തി.
2.ഐസോഫോം-ലെവൽ ആൾട്ടർനേറ്റീവ് സ്പ്ലിസിംഗ് ക്വാണ്ടിഫിക്കേഷൻ
SF3B1-ലെ ഇൻട്രോൺ നിലനിർത്തൽ (IR) ഐസോഫോമുകളുടെ ആവിഷ്കാരംK700Eകൂടാതെ SF3B1WTSF3B1-ലെ ഐആർ ഐസോഫോമുകളുടെ ആഗോള ഡൗൺ-റെഗുലേഷൻ വെളിപ്പെടുത്തുന്ന നാനോപോർ സീക്വൻസുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് ഇവ കണക്കാക്കിയത്.K700E.
റഫറൻസ്
ടാങ് എഡി, സോലെറ്റ് സിഎം, ബാരെൻ എംജെവി, തുടങ്ങിയവർ.ക്രോണിക് ലിംഫോസൈറ്റിക് ലുക്കീമിയയിലെ SF3B1 മ്യൂട്ടേഷന്റെ പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സ്വഭാവം നിലനിർത്തിയിരിക്കുന്ന ഇൻട്രോണുകളുടെ നിയന്ത്രണം കുറയ്ക്കുന്നു[J].പ്രകൃതി ആശയവിനിമയം.
