ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ

*ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഡെമോ ഫലങ്ങൾ എല്ലാം BMKGENE ഉപയോഗിച്ച് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ജീനോമുകളിൽ നിന്നുള്ളതാണ്

1.പരിണാമ വിശകലനത്തിൽ ജനിതക വ്യതിയാനങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഫൈലോജനറ്റിക് ട്രീ, ജനസംഖ്യാ ഘടന, പിസിഎ എന്നിവയുടെ നിർമ്മാണം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.

ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ പൊതു പൂർവ്വികരുമായി ജീവിവർഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള വർഗ്ഗീകരണപരവും പരിണാമപരവുമായ ബന്ധങ്ങളെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.
ഉപ-ജനസംഖ്യകൾ തമ്മിലുള്ള അടുപ്പം ദൃശ്യവൽക്കരിക്കാൻ പിസിഎ ലക്ഷ്യമിടുന്നു.
അല്ലീൽ ആവൃത്തികളുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ ജനിതകപരമായി വ്യത്യസ്തമായ ഉപ-ജനസംഖ്യയുടെ സാന്നിധ്യം ജനസംഖ്യാ ഘടന കാണിക്കുന്നു.

ചെൻ, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,PNAS, 2020

2.സെലക്ടീവ് സ്വീപ്പ്

സെലക്ടീവ് സ്വീപ്പ് എന്നത് ഒരു പ്രയോജനപ്രദമായ സൈറ്റ് തിരഞ്ഞെടുക്കുകയും ലിങ്ക് ചെയ്‌ത ന്യൂട്രൽ സൈറ്റുകളുടെ ആവൃത്തി വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും അൺലിങ്ക് ചെയ്യാത്ത സൈറ്റുകളുടെ എണ്ണം കുറയുകയും ചെയ്യുന്ന ഒരു പ്രക്രിയയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, ഇത് റീജിയണൽ കുറയുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.

ഒരു സ്ലൈഡിംഗ് വിൻഡോയിൽ (100 Kb) ഒരു നിശ്ചിത ഘട്ടത്തിൽ (10 Kb) എല്ലാ SNP-കളുടെയും പോപ്പുലേഷൻ ജനിതക സൂചിക（π，Fst, Tajima's D) കണക്കാക്കിയാണ് തിരഞ്ഞെടുത്ത സ്വീപ്പ് മേഖലകളിലെ ജീനോം-വൈഡ് ഡിറ്റക്ഷൻ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നത്.

ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് വൈവിധ്യം(π)

താജിമയുടെ ഡി

ഫിക്സേഷൻ സൂചിക(Fst)

വു, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ്, 2018

3.ജീൻ ഫ്ലോ

വു, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ്, 2018

4.ജനസംഖ്യാ ചരിത്രം

ഷാങ്, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,പ്രകൃതി പരിസ്ഥിതിയും പരിണാമവും, 2021

5.വ്യതിചലന സമയം

ഷാങ്, തുടങ്ങിയവ.അൽ.,പ്രകൃതി പരിസ്ഥിതിയും പരിണാമവും, 2021

ബിഎംകെ കേസ്

ഒരു ജീനോമിക് വേരിയേഷൻ മാപ്പ് സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജ് (ബ്രാസിക്ക റാപ്പ എസ്എസ്പി. പെക്കിനെൻസിസ്) തിരഞ്ഞെടുപ്പിന്റെ ജനിതക അടിസ്ഥാനത്തെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു.

പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: തന്മാത്രാ പ്ലാന്റ്, 2018

ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:

അനുക്രമം: ക്രമപ്പെടുത്തൽ ആഴം: 10×

പ്രധാന ഫലങ്ങൾ

ഈ പഠനത്തിൽ, 194 ചൈനീസ് കാബേജുകൾ ശരാശരി 10× ആഴത്തിൽ പുനഃക്രമീകരിക്കുന്നതിനായി പ്രോസസ്സ് ചെയ്തു, ഇത് 1,208,499 SNP-കളും 416,070 InDels-ഉം നൽകി.ഈ 194 വരികളിലെ ഫൈലോജെനെറ്റിക് വിശകലനം കാണിക്കുന്നത് ഈ ലൈനുകളെ സ്പ്രിംഗ്, വേനൽ, ശരത്കാലം എന്നിങ്ങനെ മൂന്ന് ഇക്കോടൈപ്പുകളായി തിരിക്കാം എന്നാണ്.കൂടാതെ, ജനസംഖ്യാ ഘടനയും പിസിഎ വിശകലനവും സൂചിപ്പിക്കുന്നത് സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജ് ഉത്ഭവിച്ചത് ചൈനയിലെ ഷാൻഡോങ്ങിലെ ശരത്കാല കാബേജിൽ നിന്നാണ്.ഇവ പിന്നീട് കൊറിയയിലേക്കും ജപ്പാനിലേക്കും പരിചയപ്പെടുത്തി, പ്രാദേശിക ലൈനുകൾ ഉപയോഗിച്ച് കടന്നുപോകുകയും അവയിൽ ചില ലേറ്റ്-ബോൾട്ടിംഗ് ഇനങ്ങൾ ചൈനയിലേക്ക് തിരികെ അവതരിപ്പിക്കുകയും ഒടുവിൽ സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജായി മാറുകയും ചെയ്തു.

സ്പ്രിംഗ് ചൈനീസ് കാബേജുകളിലും ശരത്കാല കാബേജുകളിലും ജീനോം-വൈഡ് സ്കാനിംഗിൽ 23 ജീനോമിക് ലോക്കുകൾ കണ്ടെത്തി, അവ ശക്തമായ തിരഞ്ഞെടുപ്പിലൂടെ കടന്നുപോയി, അവയിൽ രണ്ടെണ്ണം ക്യുടിഎൽ-മാപ്പിംഗിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ബോൾട്ടിംഗ്-ടൈം കൺട്രോളിംഗ് മേഖലയുമായി ഓവർലാപ്പ് ചെയ്തു.ഈ രണ്ട് പ്രദേശങ്ങളിലും പുഷ്പിക്കുന്നതിനെ നിയന്ത്രിക്കുന്ന പ്രധാന ജീനുകളായ BrVIN3.1, BrFLC1 എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നതായി കണ്ടെത്തി.ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം പഠനത്തിലൂടെയും ട്രാൻസ്ജെനിക് പരീക്ഷണങ്ങളിലൂടെയും ഈ രണ്ട് ജീനുകളും ബോൾട്ടിംഗ് സമയത്തിൽ ഉൾപ്പെട്ടിട്ടുണ്ടെന്ന് കൂടുതൽ സ്ഥിരീകരിച്ചു.

ചൈനീസ് കാബേജുകളിലെ ജനസംഖ്യാ ഘടന വിശകലനം

ചൈനീസ് കാബേജ് തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെക്കുറിച്ചുള്ള ജനിതക വിവരങ്ങൾ