പ്ലാറ്റ്ഫോം | ലൈബ്രറി വലിപ്പം | സൈദ്ധാന്തിക ഡാറ്റ യീൽഡ് (ഓരോ സെല്ലിനും) | സിംഗിൾ-ബേസ് കൃത്യത | അപേക്ഷകൾ |
നാനോപോർ | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/സെൽ | 85-92% | എസ്വി കോളിംഗ്, ഡി നോവോ, ഫുൾ-ലെങ്ത്ത് സീക്വൻസിങ്, ഐസോ-സെക്, ജീൻ വ്യാഖ്യാനം, ഡിഎൻഎ മെഥിലേഷൻ കണ്ടെത്തൽ |
● വിവിധ സ്പീഷീസുകളുള്ള ആയിരക്കണക്കിന് അടച്ച പ്രോജക്ടുകളുള്ള PacBio സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോമിൽ 5 വർഷത്തെ പരിചയം.
● ഡ്യൂവൽ പ്ലാറ്റ്ഫോം ആർഎൻഎ/ഡിഎൻഎ സർട്ടിഫിക്കേഷനുള്ള ഓക്സ്ഫോർഡ് നാനോപോറിന്റെ ഔദ്യോഗിക പങ്കാളിയാണ് BMKGENE.
● സമ്പൂർണ്ണ ഉപകരണങ്ങളും മതിയായ സീക്വൻസിംഗ് ത്രൂപുട്ടും ഉള്ള സീക്വൻസറുകളുടെ മുഖ്യധാരാ മോഡലുകളുണ്ട്.
● നാനോപോർ പ്ലാറ്റ്ഫോമിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, 10-ലധികം മൃഗങ്ങളെയും സസ്യങ്ങളെയും കുറിച്ചുള്ള ഡെനോവോ ഗവേഷണങ്ങൾ അന്താരാഷ്ട്ര പ്രശസ്തമായ ജേണലുകളിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്.
സാമ്പിൾ തരം | തുക | ഏകാഗ്രത(ക്യുബിറ്റ് ®) | വ്യാപ്തം | ശുദ്ധി | മറ്റുള്ളവ |
ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ | ഡാറ്റ ആവശ്യകതയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; 260 nm-ൽ ഉയർന്ന പീക്ക്, മലിനീകരണമില്ല | ക്യുബിറ്റ്, ക്യുബിറ്റ്/നാനോപോർ ≤ 2 എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് ഏകാഗ്രത അളക്കേണ്ടതുണ്ട് |
മൊത്തം RNA | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;മലിനീകരണമില്ല | RIN മൂല്യം ≥7.5 |
ഡിഎൻഎ സാമ്പിളിന്റെ ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര വിലയിരുത്തൽ
പട്ടിക 1. ക്ലീൻ ഡാറ്റയിലെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ.
ബിഎംകെഐഡി | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | ക്ലീൻസംബേസ് | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
RNA സാമ്പിളിന്റെ ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര വിലയിരുത്തൽ
പട്ടിക 1. ക്ലീൻ ഡാറ്റയിലെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ.
ഫയലിന്റെ പേര് | ക്ലയന്റ് ഐഡി | ReadNum | അടിസ്ഥാനസംഖ്യ | N50 | ശരാശരി നീളം | പരമാവധി നീളം | ശരാശരി ക്സ്കോർ |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
ചിത്രം 1. റീഡ് ലെങ്ത് വിതരണം
ചിത്രം 2. ക്ലീൻ ഡാറ്റയുടെ ഗുണനിലവാര സ്കോർ വിതരണം
ചിത്രം 3. ക്ലീൻ ഡാറ്റയുടെ ദൈർഘ്യവും ഗുണനിലവാരവും സ്കോർ വിതരണം