പ്ലാറ്റ്ഫോം | സീക്വൻസിങ് മോഡ് | അപേക്ഷകൾ |
ഇല്ലുമിന നോവ സിസ്റ്റം | SE50 PE50 PE150 PE250 | 1. മുഴുവൻ ജീനോമുകളും അതിവേഗം ക്രമപ്പെടുത്തുക 2. ലക്ഷ്യ പ്രദേശങ്ങൾ ആഴത്തിൽ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിന് സൂം ഇൻ ചെയ്യുക 3. നോവൽ ആർഎൻഎ വേരിയന്റുകളും സ്പ്ലൈസ് സൈറ്റുകളും കണ്ടെത്തുന്നതിന് ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് (ആർഎൻഎ-സെക്) ഉപയോഗിക്കുക, അല്ലെങ്കിൽ ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനത്തിനായി എംആർഎൻഎകൾ അളക്കുക 4. ജീനോം-വൈഡ് ഡിഎൻഎ മെഥിലേഷൻ, ഡിഎൻഎ-പ്രോട്ടീൻ ഇടപെടലുകൾ തുടങ്ങിയ എപിജെനെറ്റിക് ഘടകങ്ങൾ വിശകലനം ചെയ്യുക 5. അപൂർവ സോമാറ്റിക് വകഭേദങ്ങൾ, ട്യൂമർ സബ്ക്ലോണുകൾ, കൂടാതെ കൂടുതൽ പഠിക്കാൻ കാൻസർ സാമ്പിളുകൾ ക്രമീകരിച്ച് മനുഷ്യരിലോ പരിസ്ഥിതിയിലോ ഉള്ള സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ വൈവിധ്യം പഠിക്കുക |
● വിവിധ സ്പീഷീസുകളുള്ള ആയിരക്കണക്കിന് അടച്ച പ്രോജക്ടുകളുള്ള ഇല്ലുമിന സീക്വൻസിംഗ് പ്ലാറ്റ്ഫോമിലെ വിപുലമായ അനുഭവം.
● ചെറിയ ടേൺ എറൗണ്ട് സമയത്തോടുകൂടിയ മുതിർന്ന സീക്വൻസിങ് പ്രക്രിയ.
● ഡൗൺസ്ട്രീം ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലന സേവനങ്ങൾ പൂർത്തിയാക്കുക.
● കർശനമായ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണ സംവിധാനം: ഡാറ്റ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള കർശനമായ QC നിലവാരം.
സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോം & ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം | ഡാറ്റ തുക |
ഏകാഗ്രത
| വ്യാപ്തം | തുക | ക്യുസി ഫലം |
Novaseq സിസ്റ്റം, ജോടിയാക്കിയ അവസാനം 150bp | X≤30Gb | ≥1ng/μl | ≥20 μl | ≥20ഗ്രാം | യോഗ്യത നേടി |
30Gb < X≤100Gb | ≥1ng/μl | ≥25 μl | ≥30ഗ്രാം | ||
X>100Gb | ≥2ng/μl | ≥25 μl | ≥50ഗ്രാം |
ഏകാഗ്രതയ്ക്കും മൊത്തം തുകയ്ക്കും പുറമേ, അനുയോജ്യമായ ഒരു പീക്ക് പാറ്റേണും ആവശ്യമാണ്.
പ്ലാറ്റ്ഫോം
|
ഏകാഗ്രത
| വ്യാപ്തം | ക്യുസി ഫലം |
HiseqXten | ≥2.5nM | ≥20μL | യോഗ്യത നേടി |
NovaSeq 6000 S4 | ≥2nM | ≥30μL | |
NovaSeg 6000 SP | ≥2nM | ≥30μL |
RNA സാമ്പിളിന്റെ ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര വിലയിരുത്തൽ
പട്ടിക 1. ഡാറ്റ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ.
സാമ്പിൾ ഐഡി | ബിഎംകെഐഡി | റോ വായിക്കുന്നു | റോ ഡാറ്റ (ബിപി) | ക്ലീൻ റീഡുകൾ (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
ചിത്രം 1. ഓരോ സാമ്പിളിലെയും വായനയ്ക്കൊപ്പം ഗുണനിലവാര വിതരണം
ചിത്രം 2. അടിസ്ഥാന ഉള്ളടക്ക വിതരണം
ചിത്രം 3. ഡാറ്റ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിൽ വായിച്ച ഉള്ളടക്കങ്ങളുടെ വിതരണം