ഡിഎൻഎ/ആർഎൻഎ സീക്വൻസിങ് -പാക്ബയോ സീക്വൻസർ
ഫീച്ചറുകൾ
PacBio സീക്വൻസറിൽ രണ്ട് സീക്വൻസിംഗ് മോഡുകൾ: തുടർച്ചയായ ലോംഗ് റീഡ് (CLR), സർക്കുലർ കൺസെൻസസ് റീഡ് (CCS)
| സീക്വൻസിങ് മോഡ് | ലൈബ്രറി വലിപ്പം | സൈദ്ധാന്തിക ഡാറ്റവിളവ് (ഓരോ സെല്ലിനും) | സിംഗിൾ-ബേസ്കൃത്യത | അപേക്ഷകൾ |
| CLR | 20Kb, 30Kb, മുതലായവ. | 80 ജിബി മുതൽ 130 ജിബി വരെ | ഏകദേശം.85% | ഡി നോവോ, SV കോളിംഗ് മുതലായവ. |
| സി.സി.എസ് | 15-20 കെ.ബി | 14 മുതൽ 40 ജിബി/സെൽ (തുടർച്ച II) 70 മുതൽ 110 ജിബി/സെൽ (റിവിയോ) സാമ്പിളുകളെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു | ഏകദേശം.99% | ഡി നോവോ, SNP/Indel/SV കോളിംഗ്, Iso-Seq, |
Revio, Sequel II എന്നിവയുടെ പ്രകടനത്തിന്റെയും സവിശേഷതകളുടേയും താരതമ്യം
| നിബന്ധനകൾ | സീക്വൽ II സിസ്റ്റം | റിവിയോ സിസ്റ്റം | വർധിപ്പിക്കുക |
| ഉയർന്ന സാന്ദ്രത | 8 ദശലക്ഷം ZMW | 25 ദശലക്ഷം ZMW | 3x |
| സ്വതന്ത്ര ഘട്ടങ്ങൾ | 1 | 4 | 4x |
| കുറഞ്ഞ റൺ സമയം | 30 മണിക്കൂർ | 24 മണിക്കൂർ | 1.25x |
| 30X HiFi മനുഷ്യ ജീനോമുകൾ / വർഷം | 88 | 1,300 | 1മൊത്തത്തിൽ 5x |
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
● വിവിധ സ്പീഷീസുകളുള്ള ആയിരക്കണക്കിന് അടച്ച പ്രോജക്ടുകളുള്ള PacBio സീക്വൻസിംഗ് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൽ 8 വർഷത്തെ പരിചയം.
● ഏറ്റവും പുതിയ PacBio സീക്വൻസിംഗ് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമുകളാൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, മതിയായ സീക്വൻസിംഗ് ത്രൂപുട്ട് ഉറപ്പുനൽകാൻ Revio.
● വേഗത്തിലുള്ള ടേൺ എറൗണ്ട് സമയം, ഉയർന്ന ഡാറ്റ വരുമാനം, കൂടുതൽ കൃത്യമായ ഡാറ്റ.
● നൂറുകണക്കിന് ഉയർന്ന സ്വാധീനമുള്ള PacBio അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളിൽ സംഭാവന ചെയ്തു.
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ
| സാമ്പിൾ തരം | തുക | ഏകാഗ്രത (Qubit®) | വ്യാപ്തം | ശുദ്ധി | മറ്റുള്ളവ |
| ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ | ഡാറ്റ ആവശ്യകതയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; 260 nm ൽ തെളിഞ്ഞ കൊടുമുടി,മലിനീകരണം ഇല്ല | ക്യുബിറ്റ്, ക്യുബിറ്റ്/നാനോപോർ = 0.8-2.5 എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് ഏകാഗ്രത അളക്കേണ്ടതുണ്ട്. |
| മൊത്തം RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;മലിനീകരണം ഇല്ല | RIN മൂല്യം ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
സേവന വർക്ക്ഫ്ലോ
സാമ്പിൾ തയ്യാറാക്കൽ
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
ക്രമപ്പെടുത്തൽ
ഡാറ്റ വിശകലനം
പ്രോജക്റ്റ് ഡെലിവറി
1.ഇൻ-ഹൗസ് ഡാറ്റ യീൽഡ്
63 CCS സെല്ലുകളിൽ നിന്ന് സൃഷ്ടിച്ച ഡാറ്റ (26 സ്പീഷീസുകളിൽ നിന്ന്)
| ഡാറ്റ-PacBio-CCS-15 Kb | ശരാശരി | പരമാവധി | മിനി | മീഡിയൻ |
| വിളവ് - ഉപവായനകൾ (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| പോളിമറേസ് N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| ഉപവിവരങ്ങൾ N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| ശരാശരി നീളം-പോളിമറേസ് | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| ശരാശരി ദൈർഘ്യം-ഉപരേഖകൾ | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| ശരാശരി ദൈർഘ്യം-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR സെല്ലുകളിൽ നിന്ന് സൃഷ്ടിച്ച ഡാറ്റ (76 സ്പീഷീസുകളിൽ നിന്ന്)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | ശരാശരി | പരമാവധി | മിനി | മീഡിയൻ |
| വിളവ് - ഉപവായനകൾ (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| പോളിമറേസ് N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| ഉപവിവരങ്ങൾ N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| ശരാശരി നീളം-പോളിമറേസ് | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| ശരാശരി ദൈർഘ്യം-ഉപരേഖകൾ | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.ഡാറ്റ ക്യുസി - ഡെമോഡാറ്റ വിളവ് സംബന്ധിച്ച സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
| സാമ്പിൾ | ccs സംഖ്യ വായിക്കുന്നു | മൊത്തം ccs ബേസുകൾ (bp) | ccs റീഡുകൾ N50 (bp) | ccs ശരാശരി ദൈർഘ്യം (bp) | ccs ദൈർഘ്യമേറിയ വായന (bp) | ഉപവായന അടിസ്ഥാനങ്ങൾ (bp) | ccs നിരക്ക്(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
