മുഴുനീള mRNA സീക്വൻസിങ് -PacBio
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
● 3'- അവസാനം മുതൽ 5'- അവസാനം വരെ പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള cDNA തന്മാത്രയുടെ നേരിട്ടുള്ള റീഡ്-ഔട്ട്
● സീക്വൻസ് ഘടനയിൽ ഐസോ-ഫോം ലെവൽ റെസലൂഷൻ
● ഉയർന്ന കൃത്യതയും സമഗ്രതയും ഉള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ
● വൈവിധ്യമാർന്ന ഇനങ്ങളുമായി വളരെ അനുയോജ്യം
● 4 PacBio സീക്വൽ II സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമുകളുള്ള വലിയ സീക്വൻസിംഗ് കപ്പാസിറ്റി
● 700-ലധികം പാക്ബിയോ അധിഷ്ഠിത ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് പ്രോജക്‌റ്റുകളിൽ ഉയർന്ന പരിചയമുണ്ട്
● ബിഎംകെക്ലൗഡ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഫല വിതരണം: പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൽ ഇഷ്‌ടാനുസൃതമാക്കിയ ഡാറ്റാ മൈനിംഗ് ലഭ്യമാണ്.
● പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തിയാകുമ്പോൾ വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ 3 മാസത്തേക്ക് സാധുതയുള്ളതാണ്
സേവന സവിശേഷതകൾ
പ്ലാറ്റ്ഫോം: PacBio സീക്വൽ II
സീക്വൻസിംഗ് ലൈബ്രറി: പോളി എ- സമ്പുഷ്ടമായ എംആർഎൻഎ ലൈബ്രറി
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ വിളവ്: 20 Gb/സാമ്പിൾ (ഇനങ്ങളെ ആശ്രയിച്ച്)
FLNC (%): ≥75%
*FLNC: മുഴുനീള നോൺ-ചിമെറിക് ട്രാൻസ്‌സിപ്‌റ്റുകൾ
ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ
● റോ ഡാറ്റ പ്രോസസ്സിംഗ്
● ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് തിരിച്ചറിയൽ
● ക്രമ ഘടന
● എക്സ്പ്രഷൻ ക്വാണ്ടിഫിക്കേഷൻ
● ഫംഗ്ഷൻ വ്യാഖ്യാനം
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളും ഡെലിവറിയും
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ:
ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ:
| Conc.(ng/μl) | തുക (μg) | ശുദ്ധി | സമഗ്രത |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ജെല്ലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന പ്രോട്ടീനോ DNA മലിനീകരണമോ പരിമിതമോ ഇല്ലയോ. | ചെടികൾക്ക്: RIN≥7.5; മൃഗങ്ങൾക്ക്: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അടിസ്ഥാനപരമായ ഉയരം ഇല്ല |
ടിഷ്യു: ഭാരം(ഉണങ്ങിയത്):≥1 ഗ്രാം
*5 മില്ലിഗ്രാമിൽ താഴെയുള്ള ടിഷ്യൂകൾക്ക്, ഫ്ലാഷ് ഫ്രോസൻ (ദ്രാവക നൈട്രജനിൽ) ടിഷ്യു സാമ്പിൾ അയയ്ക്കാൻ ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.
സെൽ സസ്പെൻഷൻ:സെല്ലുകളുടെ എണ്ണം = 3×106- 1×107
*ശീതീകരിച്ച സെൽ ലൈസേറ്റ് അയയ്ക്കാൻ ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.ആ സെല്ലിന്റെ എണ്ണം 5×10-ൽ കുറവാണെങ്കിൽ5, ലിക്വിഡ് നൈട്രജനിൽ ഫ്രീസുചെയ്‌ത ഫ്ലാഷ് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു, ഇത് മൈക്രോ എക്സ്ട്രാക്ഷന് അഭികാമ്യമാണ്.
രക്ത സാമ്പിളുകൾ:വോളിയം≥1 മില്ലി
സൂക്ഷ്മജീവി:പിണ്ഡം ≥ 1 ഗ്രാം
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
കണ്ടെയ്നർ:
2 മില്ലി സെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (ടിൻ ഫോയിൽ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല)
സാമ്പിൾ ലേബലിംഗ്: ഗ്രൂപ്പ്+റെപ്ലിക്കേറ്റ് ഉദാ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
കയറ്റുമതി:
1. ഡ്രൈ-ഐസ്: സാമ്പിളുകൾ ബാഗുകളിൽ പായ്ക്ക് ചെയ്യുകയും ഡ്രൈ-ഐസിൽ കുഴിച്ചിടുകയും വേണം.
2. ആർഎൻഎ-സ്റ്റബിൾ ട്യൂബുകൾ: ആർഎൻഎ സാമ്പിളുകൾ ആർഎൻഎ സ്റ്റബിലൈസേഷൻ ട്യൂബിൽ ഉണക്കി മുറിയിലെ ഊഷ്മാവിൽ അയയ്ക്കാം.
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ആർഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കൽ
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
1.FLNC നീളം വിതരണം
ഫുൾ-ലെംഗ്ത് നോൺ-ചിമെറിക് റീഡിൻറെ (FLNC) ദൈർഘ്യം ലൈബ്രറി നിർമ്മാണത്തിലെ cDNA യുടെ ദൈർഘ്യം സൂചിപ്പിക്കുന്നു.ലൈബ്രറി നിർമ്മാണത്തിന്റെ ഗുണനിലവാരം വിലയിരുത്തുന്നതിലെ നിർണായക സൂചകമാണ് FLNC ദൈർഘ്യ വിതരണം.
FLNC റീഡ് ലെങ്ത് വിതരണം
2.ഒആർഎഫ് മേഖലയുടെ ദൈർഘ്യം വിതരണം പൂർത്തിയാക്കുക
പ്രോട്ടീൻ കോഡിംഗ് പ്രദേശങ്ങളും അനുബന്ധ അമിനോ ആസിഡ് സീക്വൻസുകളും പ്രവചിക്കാൻ ഞങ്ങൾ TransDecoder ഉപയോഗിക്കുന്നു, അതിൽ എല്ലാ സാമ്പിളുകളിലും അനാവശ്യമായ പൂർണ്ണമായ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് വിവരങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.
ORF മേഖല ദൈർഘ്യം വിതരണം പൂർത്തിയാക്കുക
3.KEGG പാത്ത്വേ സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം
PacBio സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റ സൃഷ്ടിച്ച പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സെറ്റുകളിൽ NGS-അധിഷ്ഠിത RNA സീക്വൻസിങ് ഡാറ്റ വിന്യസിച്ചുകൊണ്ട് വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ (DETs) തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും.ഈ ഡിഇടികൾക്ക് വിവിധ പ്രവർത്തനപരമായ വിശകലനങ്ങൾക്കായി കൂടുതൽ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയും, ഉദാ. കെഇജിജി പാത്ത്വേ എൻറിച്മെന്റ് വിശകലനം.
DET KEGG പാത സമ്പുഷ്ടമാക്കൽ -ഡോട്ട് പ്ലോട്ട്
ബിഎംകെ കേസ്
പോപ്പുലസ് സ്റ്റെം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിന്റെ വികസന ചലനാത്മകത
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോളജി ജേണൽ, 2019
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:
സാമ്പിൾ ശേഖരണം:തണ്ട് മേഖലകൾ: നാൻലിൻ895-ൽ നിന്നുള്ള അഗ്രം, ആദ്യ ഇന്റർനോഡ്(IN1), രണ്ടാമത്തെ ഇന്റർനോഡ്(IN2), മൂന്നാമത്തെ ഇന്റർനോഡ്(IN3), ഇന്റർനോഡ്(IN4), ഇന്റർനോഡ്(IN5)
NGS-ക്രമം:15 വ്യക്തികളുടെ ആർഎൻഎ ഒരു ബയോളജിക്കൽ സാമ്പിളായി ശേഖരിച്ചു.ഓരോ പോയിന്റുകളുടെയും മൂന്ന് ബയോളജിക്കൽ പകർപ്പുകൾ NGS ക്രമത്തിനായി പ്രോസസ്സ് ചെയ്തു
TGS-ക്രമം:തണ്ട് പ്രദേശങ്ങളെ മൂന്ന് മേഖലകളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു, അതായത് അഗ്രം, IN1-IN3, IN4-IN5.0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb, 3-10 kb എന്നിങ്ങനെ നാല് തരം ലൈബ്രറികൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓരോ പ്രദേശവും PacBio സീക്വൻസിംഗിനായി പ്രോസസ്സ് ചെയ്തു.
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
1.മൊത്തം 87150 മുഴുനീള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ തിരിച്ചറിഞ്ഞു, അതിൽ 2081 നോവൽ ഐസോഫോമുകളും 62058 നോവൽ ഇതര സ്പൈസ്ഡ് ഐസോഫോമുകളും തിരിച്ചറിഞ്ഞു.
2.1187 lncRNA ഉം 356 ഫ്യൂഷൻ ജീനുകളും തിരിച്ചറിഞ്ഞു.
3. പ്രാഥമിക വളർച്ച മുതൽ ദ്വിതീയ വളർച്ച വരെ, 995 വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ജീനുകളിൽ നിന്ന് 15838 വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ തിരിച്ചറിഞ്ഞു.എല്ലാ DEG-കളിലും, 1216 ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഘടകങ്ങളായിരുന്നു, അവയിൽ മിക്കതും ഇതുവരെ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടില്ല.
4.GO സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം പ്രാഥമികവും ദ്വിതീയവുമായ വളർച്ചയിൽ കോശവിഭജനത്തിന്റെയും ഓക്സിഡേഷൻ-റിഡക്ഷൻ പ്രക്രിയയുടെയും പ്രാധാന്യം വെളിപ്പെടുത്തി.
ഇതര സ്പൈക്കിംഗ് ഇവന്റുകളും വ്യത്യസ്ത ഐസോഫോമുകളും
ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഘടകങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള WGCNA വിശകലനം
റഫറൻസ്
ചാവോ ക്യു, ഗാവോ ZF, ഷാങ് ഡി, തുടങ്ങിയവർ.പോപ്പുലസ് സ്റ്റെം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിന്റെ വികസന ചലനാത്മകത.പ്ലാന്റ് ബയോടെക്നോൾ ജെ. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
