ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ

*ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഡെമോ ഫലങ്ങളെല്ലാം ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ് ഉപയോഗിച്ച് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ജീനോമുകളിൽ നിന്നുള്ളതാണ്

1.LTR ഇൻസേർട്ട് ടൈം എസ്റ്റിമേഷൻ: മറ്റ് സ്പീഷീസുകളെ അപേക്ഷിച്ച്, വെയ്നിംഗ് റൈ ജീനോമിൽ LTR-RTs ഇൻസേർഷൻ ടൈമിൽ ഒരു സവിശേഷമായ ബൈമോഡൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ചിത്രം കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.ഏറ്റവും പുതിയ കൊടുമുടി ഏകദേശം 0.5 ദശലക്ഷം വർഷങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു.

ലി ഗുവാങ് et al.,പ്രകൃതി ജനിതകശാസ്ത്രം, 2021

2.ചയോട്ടിലെ ഫൈലോജെനിയും ജീൻ ഫാമിലി അനാലിസിസും (സെച്ചിയം എഡ്യൂൾ) : ചയോട്ടിനെയും ജീൻ കുടുംബത്തിലെ മറ്റ് 13 അനുബന്ധ ഇനങ്ങളെയും വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിലൂടെ, ചയോട്ടിന് പാമ്പുമായി (ട്രൈക്കോസന്തസ് ആൻഗ്വിന) ഏറ്റവും അടുത്ത ബന്ധമുള്ളതായി കണ്ടെത്തി.ഏകദേശം 27-45 Mya-ൽ പാമ്പിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ ചയോട്ടെ, 25±4 Mya-ൽ ചയോട്ടിൽ മുഴുവൻ ജീനോം ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ (WGD) നിരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടു, ഇത് cucuibitaceaeയിലെ മൂന്നാമത്തെ WGD സംഭവമാണ്.

Fu A et al.,ഹോർട്ടികൾച്ചർ ഗവേഷണം, 2021

3.സിന്റനി വിശകലനം: പഴങ്ങളുടെ വികാസത്തിലെ ഫൈറ്റോഹോർമോണുകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ചില ജീനുകൾ ചയോട്ടിലും പാമ്പാക്കയിലും സ്ക്വാഷിലും കണ്ടെത്തി.ചയോട്ടും സ്ക്വാഷും തമ്മിലുള്ള പരസ്പരബന്ധം ചയോട്ടും പാമ്പും തമ്മിലുള്ള ബന്ധത്തേക്കാൾ അല്പം കൂടുതലാണ്.

Fu A et al.,ഹോർട്ടികൾച്ചർ ഗവേഷണം, 2021

4.ജീൻ കുടുംബ വിശകലനം: G.thurberi, G.davidsonii ജീനോമുകളിലെ ജീൻ ഫാമിലി വികാസത്തെയും സങ്കോചത്തെയും കുറിച്ചുള്ള കെഇജിജി സമ്പുഷ്ടീകരണം, സ്റ്റിറോയിഡ് ബയോസിന്തസിസും ബ്രാസിനോസ്റ്റീറോയിഡ് ബയോസിന്തസിസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനുകളും വികസിപ്പിച്ചതായി കാണിക്കുന്നു.

Yang Z et al.,ബിഎംസി ബയോളജി, 2021

5. ഹോൾ ജീനോം ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ വിശകലനം: 4DTV, Ks വിതരണ വിശകലനം മുഴുവൻ ജീനോം ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ ഇവന്റ് കാണിക്കുന്നു.ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ ഇവന്റുകൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഇൻട്രാ സ്പീഷീസുകളുടെ കൊടുമുടികൾ.സ്പീഷിസേഷൻ ഇവന്റുകൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഇന്റർസ്പീഷിസിന്റെ കൊടുമുടികൾ.അടുത്ത ബന്ധമുള്ള മറ്റ് മൂന്ന് സ്പീഷീസുകളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, O. യൂറോപ്പിയ അടുത്തിടെ വലിയ തോതിലുള്ള ജീൻ ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷനിലൂടെ കടന്നുപോയി എന്ന് വിശകലനം സൂചിപ്പിച്ചു.

റാവു ജി തുടങ്ങിയവർ.ഹോർട്ടികൾച്ചർ ഗവേഷണം, 2021

ബിഎംകെ കേസ്

മുള്ളില്ലാത്ത റോസ്: ഈർപ്പം പൊരുത്തപ്പെടുത്തലുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനോമിക് ഇൻസൈറ്റുകൾ

പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: ദേശീയ ശാസ്ത്ര അവലോകനം, 2021

ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:

'ബസിയുടെമുള്ളില്ലാത്ത' (ആർ.വിച്ചുറൈനൻ) ജീനോം:
ഏകദേശം.93 X PacBio + ഏകദേശം.90 X നാനോപോർ + 267 X ഇല്ലുമിന

പ്രധാന ഫലങ്ങൾ

1.ഉയർന്ന ഗുണമേന്മയുള്ള R.wichuraiana ജീനോം നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത് ലോംഗ്-റീഡ് സീക്വൻസിംഗ് ടെക്നിക്കുകൾ ഉപയോഗിച്ചാണ്, ഇത് 530.07 Mb അസംബ്ലി നൽകുന്നു (ഏകദേശം 525.9 Mb ഫ്ലോ സൈറ്റോമെട്രിയും 525.5 ജീനോം സർവേയും 525.5 Mb ആയിരുന്നു) ഹെറ്ററോസൈഗോസിറ്റി 3% ആയിരുന്നു.BUSCO കണക്കാക്കിയ സ്കോർ 93.9% ആയിരുന്നു."ഓൾഡ് ബ്ലഷ്" (haploOB) മായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ഈ ജീനോമിന്റെ ഗുണനിലവാരവും സമ്പൂർണ്ണതയും അടിസ്ഥാന സിംഗിൾ-ബേസ് കൃത്യതയും LTR അസംബ്ലി സൂചികയും (LAI=20.03) സ്ഥിരീകരിച്ചു.R.wichuraiana ജീനോമിൽ 32,674 പ്രോട്ടീൻ കോഡിംഗ് ജീനുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.

2.മൾട്ടി-ഓമിക്സ് സംയുക്ത വിശകലനം, താരതമ്യ ജീനോമിക്സ്, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ്, ജനിതക ജനസംഖ്യയുടെ QTL വിശകലനം എന്നിവ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു, R. വിച്ചുറൈയാനയും റോസ ചിനെൻസിസും തമ്മിലുള്ള നിർണായക പ്രത്യേകത വെളിപ്പെടുത്തി.കൂടാതെ, QTL-ലെ അനുബന്ധ ജീനുകളുടെ എക്സ്പ്രഷൻ വ്യതിയാനം സ്റ്റെം പ്രിക്കിൾ പാറ്റേണിംഗുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ട്.

സിന്റനി അനാലിസിസ്, ജീൻ ഫാമിലി ക്ലസ്റ്റർ, എക്സ്പാൻഷൻ, കോൺട്രാക്ഷൻ അനാലിസിസ് എന്നിവയുൾപ്പെടെ Basye;s Thornless, Rosa chinensis എന്നിവ തമ്മിലുള്ള താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് അനാലിസിസ്, റോസാപ്പൂക്കളുടെ നിർണായക സ്വഭാവങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വലിയ വ്യതിയാനങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തി.NAC, FAR1/FRS ജീൻ കുടുംബത്തിലെ അതുല്യമായ വികാസം ബ്ലാക്ക് സ്പോട്ടിനെതിരായ പ്രതിരോധവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ട്.

സോങ്, എം., തുടങ്ങിയവർ."കുത്തുകളില്ലാത്ത റോസ്: ഈർപ്പം പൊരുത്തപ്പെടുത്തലുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനോമിക് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ"ദേശീയ ശാസ്ത്ര അവലോകനം, 2021;, nwab092.